高校教师是从事教学活动和学术职业的特殊群体。在其教学生涯中，许多教师在职业道德、工作满意度和专业发展等问题上存在不同程度的困扰，这些问题如果处理不当，易导致教师群体或个体士气低落、固步不前、创造力锐减。[25]因此，针对不同高校学科与师资结构的不同，以及教师在教学发展与成长阶段中遇到的各种问题，不同教学发展中心采取不同的管理模式。
1.学术人员主导、行政人员支援的“直线—职能”式
从形式上来看，这类学术人员主导、行政人员支援的“直线—职能”式教师发展中心运行机制，设教师发展中心管理或指导委员会，由校长本人或学术高层担任主管，下设教师发展中心对教师发展层次把关，这也符合美国教师发展组织模式中的校园中心模式的许多特征。这样主要由学术人员主导、行政人员支援的系统，在行政力度的支持下，使中心在学校行政管理层次中处于较高位置。
2018年30 个国家级教师教学发展中心已经有22个中心采取学术人员主导、行政人员支援的“直线—职能”式管理模式，即中心由分管副校长或学术带头人任主任，有一名专职副主任，设学校教师教学发展专家委员会，由教师教学发展中心统领全校，对教师发展层层把关。这样的管理模式由学术带头人引导，行政负责人支持，在强有力的行政支持下，中心在学校居于较高管理层。中心设置又由“教学发展咨询委员会”和“业务部门”两个部分组成。教学发展咨询委员会为全校的教学发展咨询服务，主要负责提供中心发展规划建议，指导中心开展教学培训、教学交流、教学研究、咨询评价、示范辐射等工作。业务部门在咨询委员会的指导下，内设办公室、培训部、研究部、咨询评价部等部门。
例如：厦门大学教师发展中心为学校直属机构，设主任1人，由主管本科教学的副校长兼任；常务副主任1人；副主任2人；成员10人。这样，保证了中心在行政管理层中处于一个比较高的位置，在得到行政资源的强力支持下，中心的服务工作能够更有序和顺利地开展。中心由“学术顾问委员会”和“业务部门”两个部分组成。学术顾问委员会主要负责研究制订中心重大发展建设规划、中心教学人员选聘以及中心重大资金计划安排等决策，业务部门在学术顾问委员会指导下开展工作。业务部门内部设教学研究开发部、教学培训推广部、教学咨询交流部、教学质量保障部四个部门，开展中心的教学研究、培训、评估和咨询工作。这样，由校长设“学术委员会”主管对业务部门开展工作进行指导的中心运行在一定程度上提高了中心的管理层次，但是通常容易忽视中心人员的参与权和决策权。(www.xing528.com)
2.多个部门密切合作、相互配合的“矩阵组织”式
我国高等教育组织机构中的“矩阵组织”结构形式特征之一就是由多个部门组织机构合作进行组织管理。这类中心根据职能设置从全校各单位挑选相关职能的工作人员，这些人员既归中心负责人领导，人事关系又属于原来的部门。这种管理模式的优点在于调动全校有效资源，最大限度地利用学校人力资源，丰富中心的各项职能，以发挥高等学校综合性的优势。然而，其缺点在于领导关系的双重性导致工作效率不高，分工协调不明，容易产生矛盾。2012年，30个国家级教师教学发展中心中，有16个中心采取“矩阵组织”的管理模式，即中心由多个部门组织机构合作进行组织管理。2018年只有8个中心采取此种形式。
例如：北京理工大学教学促进与教师发展中心属于学术与教学服务机构，设主任1人，副主任3人，工作人员7人配合教务处进行教学质量评估，以教育研究院为依托开展教师发展研究和咨询服务。中心由三支队伍组成：工作指导委员会——由教学副校长，教育研究院、教务处、人事处、国际交流合作处、现代教育技术中心、工会等部门负责人组成，负责中心顶层设计、统筹规划和工作指导；专家委员会——由校内外、境内外、不同学科专业的教学名师、著名学者共23人组成，负责中心的督导咨询、教师培训、教学研究等工作；日常工作机构——由教育研究院、教务处、人事处、现代教育技术中心等专兼职人员组成。这样中心通过和各个职能部门共同参与，密切配合，相互合作，开展教师发展工作，从而达到资源的合理利用。[26]
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