穿山位于桂林市区漓江的东岸，漓江的支流——小东江的旁边。穿山由5座峰组成，是峰林平原上的一个连座石峰，平地拔起148米。北峰和西峰紧依小东江，中峰突起，东峰和南峰与塔山相望（图3-10）。与该地区很多其他的石峰一样，穿山发育在产状相对来说是水平的融县组灰岩中，高出漓江和小东江阶地50米。山体由上泥盆统融县组中上部亮晶砂屑灰岩夹云质灰岩和白云岩组成。穿山位于南溪山背斜的东南翼，岩层呈单斜状，倾向南东110°，倾角小于15°。主要断裂走向为北西320°，此外北西350°和近东西向两组节理非常发育。穿山的洞穴承袭断裂和节理发育，明显地受到构造控制（朱学稳等，1988）。
图3-10 穿山地形位置图
穿山山体洞穴化程度高，以横向洞穴为主，有自然洞道30个，以标高145～185米的洞穴数目最多，且规模大。最底部洞穴的发育表现为脚洞；第二层洞穴的相对高度为20～30米，包括一个大的潜水带洞穴通道，它贯穿了石峰，即通常所说的穿洞；第三层洞穴相对高度为40～50米，就是通常所说的月岩，它同样也贯穿了石峰，并包含一个潜水带通道及一个后期的渗流带下切，在高度约50米处。沉积学研究表明，穿山石峰洞穴沉积物与同时期河流沉积物不同，似乎起源于多种成因。最老的沉积物出现在月岩，是由重力堆积、泥石流状沉积物组成，而其基质由冲积、崩积和风蚀颗粒组成。在上层洞穴所采集的样品与月岩的样品大致相似，但这两个最高层洞穴的沉积物与下面的脚洞和穿洞沉积物极为不同（P.A Bull等，1990）。
若以相对高度而论，大致可将洞穴分为几个发育阶段：①现代枯水位附近，最大洪水位以下；②现代枯水位上5～20米；③现代枯水位上20～40米；④高出枯水位40米以上（图3-11）（朱学稳等，1988）。
在这些洞穴中，沉积物最丰富、最具观赏价值的便是穿洞，穿山因此而得名。穿洞包括大厅、曲折环回的通道、狭窄的裂隙，通道总长度达3488米。这里的方解石具有良好的沉积条件，产生市区较为少见的岩溶地貌奇景，包括千姿百态的钟乳石、四连体石盾、长达1.5米的鹅管、卷曲般的石枝、石花或石毛。穿山岩经过一年的定期观测，洞内空气温度为21±1摄氏度，相对湿度均在90%以上，特别是缝隙处经常保持潮湿状态，这种环境有利于石枝的生长（朱学稳等，1988）。石盾（cave shield）是由略具承压性质的裂隙水从裂口流出时形成的。多出现于洞壁及洞顶，有时可见数盾连生。石枝（curlstone）是由饱含碳酸钙的水从洞壁或钟乳石的毛细管状细孔渗出而沉积的，可成水平方向或向上弯曲。石花（cave flower）为呈丛花状散布在洞壁或其它洞穴堆积物表面的雾滴水沉积形成。穿山洞的“四连体石盾”还荣获大世界吉尼斯纪录，堪称世界溶洞一绝，在桂林的游览溶洞中，它以独树一帜的溶洞景观为世人瞩目。然而，随着环境的变化，如洞穴滴水的减少或者滴水携带地表污染物的增加，加上一些人为的破坏，一些原来令人叹为观止的景观已经退化或消失，如卷曲的石枝停止发育或者颜色变黑。这些事实说明，桂林名山的一石一物都是来之不易的，是大自然亿万年的杰作，一旦毁坏就不复存在，必须加强保护，并向群众普及保护意识。
位于第三洞穴层的月岩，南北贯通，长约28米，宽和高分别约为12米，如当空皓月，称为月岩（图2-47，图3-12）（P.A Bull等，1988），或题为“空明”，故穿山又有空明山之名。根据洞穴内沉积物的古地磁研究，穿山的洞穴大约形成于90万至160万年前（威廉姆斯等，1986）。它们曾经是由一条大的地下河塑造而成的一个洞穴系统的一部分，在峰林发育过程中被解体呈残留部分。穿山半山腰洞穴的流痕、波痕清晰地记录了洞穴的发育过程及古水流方向及古水流方向（图3-13）。
图3-11 穿山洞穴发育示意图
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图3-12 月岩穿洞
明代俞安期诗云：“穿石映圆辉，明明月轮上。树影挂横斜，还如桂枝长。”月岩自古以来为文人骚客游历踏足的胜地。南宋嘉定十五年（1222年），桂州通判胡伯圆于岩上题刻《月岩》榜书。南宋端平三年（1236年），静江知府赵师恕等人题刻十余件，其中的“江作青罗带，山如碧玉簪”依稀可见。2001年6月21日，中华人民共和国国务院公布桂林“月岩石刻”为全国重点文物保护单位。
塔山在漓江的东岸、小东江西畔，与穿山隔江相望，海拔194米，相对高度44米。塔山为漓江中的一座小孤峰。山上有明朝修建的古塔，古塔为八边型七层结构，高13.3米，北面嵌佛像，称寿佛塔。“塔山清影”是桂林山水的另一幅杰作（图3-14）。
图3-13 穿山洞穴内的波痕
图3-14 “塔山清影”
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