“五四”运动后，《新青年》同人分道扬镳，一派主要从事政治，一派主要从事学术文化活动，胡适、钱玄同属于后者。
1919年8月，胡适在《新潮》发表《论国故学》，主张“用科学的方法去做国故的研究”。12月1日，在《新青年》第7卷第1号发表《“新思潮”的意义》，提出“研究问题，输入学理，整理国故，再造文明”。胡适的主张得到了钱玄同的全力支持，他们首先致力的工作是“辨伪”。
中国人有制造伪书的传统，也有辨伪的传统。自汉以后，即不断有辨伪著作问世。1920年10月，胡适让顾颉刚整理清人姚际恒的《古今伪书考》，胡适自己则准备编辑《古今伪书续考》。1921年1月，钱玄同致函胡适，建议他收集古今辨别伪书的著作，自王充起至崔述止，编辑刊行[172]。同月，胡适收得崔述的《东璧遗书》，认为他是“二千年来的一个了不得的疑古大家”[173]。钱玄同完全同意胡适的看法，致函胡适说：
我以为推倒汉人迂谬不通的经说，是宋儒；推倒秦汉以来传记中靠不住的事实，是崔述；推倒刘歆以来伪造的古文经，是康有为。但是宋儒推倒汉儒，自己取而代之，却仍是“以暴易暴”，“犹吾大夫崔子”。崔述推倒传记杂说，却又信《尚书》、《左传》之事实为实录。康有为推倒古文经，却又尊信今文经——甚而至于尊信纬书。这都未免知三五而不知一十了！[174]
钱玄同鼓励胡适用新方法来进行研究，绍述并光大前人的事业。他说“若足下做上几年‘仿泰西新法，独出心裁的新国故党’，我敢预言必大有造于国故界也”。
同年9月18日，钱玄同在中央公园遇见胡适。这时，胡适新自上海回京。二人见面，分外亲热，寒暄之后，迅速谈到了中国古代的经书。钱玄同说：
我以为章炳麟师治经，笃信刘歆伪古文固非，但是他的治经方法甚为不错。他只是把经典当作一种古书看，不把彼当做什么圣经看。他对于经典持评论的态度，不持崇拜的态度。这都是正当的。
按照儒学保守派的观点，经书体现着先王和圣贤的精义，是中国人民必须遵循的典则。章炳麟把“经典”当作古书看，反映出近代的理性精神。钱玄同又谈道：
我们对于《尧典》、《皋陶谟》只应作为古史看，不必于此中〈寻〉孔丘的微言大义看。不信《尧典》诸篇之事迹为真，则惟有下列之两种讲法尚可言之成理：（一）他们本是古代官书，所叙事功多是铺张粉饰，不可据为实录；（二）他们也是孔丘后人之所伪造，其价值等于《大禹谟》、□□之类。[175]
胡适非常赞同钱玄同的意见。(www.xing528.com)
同月19日，钱玄同见到顾颉刚。顾正在胡适影响下收集辨伪资料，计划出版《辨伪丛刊》。他告诉钱玄同，已以书名为纲，将前人对于诸子的辨伪之说抄成一书，钱玄同极为欣赏这一工作，连声称：“这样办法很好。”[176]但是，钱玄同自己的兴趣则在辨伪经。他认为：经“自来为学者所尊崇，无论讲什么，总要征引它，信仰它，故《伪经辨证集说》之编纂尤不容缓”[177]。
1922年1月，北京大学决定设立研究所，下设自然科学、社会科学、国学、外国文学四门。2月11日，国学门第一届委员会成立，蔡元培为当然委员长，李大钊、沈兼士、马裕藻、朱希祖、胡适、钱玄同等任委员。3月21日，国学门开会，决定创办《国学季刊》，推胡适为编辑委员会主任，钱玄同等10人为委员。11月，胡适将所作《发刊宣言》请钱玄同审阅，该文声称：“‘国学’在我们的心眼里只是‘国故学’的缩写，中国的一切过去的文化、历史都是我们的‘国故’，研究这一切过去的历史文化的学问就是‘国故学’，省称为‘国学’。”钱玄同认真地阅读了这篇《宣言》，并曾“指出几处毛病”，请胡适改正[178]。
《国学季刊》于1923年1月出版，横排，采用新式标点符号，表现出和“国粹派”不同的新姿态。钱玄同热心支持这一刊物，并期望它多登一些“离经叛道”、“非圣无法”的文章。当时，顾颉刚在上海商务印书馆任编辑。2月9日，钱玄同致函顾颉刚，嘱他为《季刊》作文。顾早有这个意思，他想写一篇《层累地造成的中国古史》。2月25日，顾颉刚致函钱玄同，告以该文大意。该函第一次提出，禹是九鼎上铸的一种动物，大约是蜥蜴之类。4月27日，顾颉刚再次寄函钱玄同，详细地阐明了他的“古史说”。一、时代愈后，传说的古史期愈长；二、时代愈后，传说中的中心人物愈放愈大。5月25日，钱玄同复函顾颉刚，从文字学的角度说明禹是蜥蜴的说法难以成立，但热烈赞美他的“古史说”，希望顾“用这种方法常常考查，多多发明，廓清云雾，斩尽葛藤，使后来学子不致再为一切伪史所蒙”[179]。信中，钱玄同详尽地阐述了他对中国古史，特别是“六经”的看法。钱玄同认为：一、孔丘无删述或制作“六经”之事；二、《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》本来是各不相干的五部书；三、“六经”的配成，当在战国之末。钱玄同并进一步说明，《诗》是一部最古的总集；《书》似乎是“三代”时候的“文件类编”或“档案汇存”；《仪札》、《周札》均是伪书；《易》是古代的诗；《春秋》是“断烂朝报”，在“六经”中最不成东西。他说：
我们要看中国书，无论是否研究国学，是否研究国史，这辨伪的工作是决不能省的。“六经”在古书中不过九牛之一毛，但它作怪了二千多年，受害的人真是不少了；它作怪时用的许多法宝之中，“伪书”和“伪解”就是很重要的两件，我们不可不使劲来推翻。[180]
顾颉刚的观点受到了刘掞藜、胡瑾等人反对，双方在胡适主编的《读书杂志》上展开辩论，6月25日，钱玄同发表《研究国学应该首先知道二事》，支持顾颉刚。他提出，要敢于疑古，对于“六经”，应该持“质疑”、“纠谬”两种态度，断不可无条件地信任[181]。
这次讨论历时9个月，在《读书杂志》共发表了8万字的辩论文章。1924年2月22日，胡适发表《古史讨论的读后感》一文，支持顾颉刚和钱玄同。文章说：
如果我们的翻案是有充分理由的，我们的翻案只算是破了一件几千年的大骗局，于人心只有好影响，而无恶影响。即使我们的论据不够完全翻案，只够引起我们对于古史某部分的怀疑，这也是好的影响，并不是恶影响。[182]
顾颉刚、钱玄同、胡适的疑古辨伪工作极大地震动了中国学术界。1926年，顾颉刚将有关文章，结集为《古史辨》第一册，由朴社出版。钱穆评论说：“《古史辨》不胫走天下，疑禹为虫，信与不信，交相传述。三君者或仰之如日星之悬中天，或畏之如洪水猛兽，纵横于四野，要之凡识字之人几于无不知三君者。”[183]
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