1918年11月，胡适因母亲病故，回乡奔丧，次年1月返京。同月22日钱玄同日记云：
适之此次来京，路过南京、上海，不知怎样，捱了人家的骂，一到就和独秀说，有人劝我，为什么要同这班人合在一起，适之自己也发了多……
这段日记没有写完就被钱玄同涂去，看来钱玄同不愿记下《新青年》同人中正在萌发的矛盾。1月24日日记又云：
午后三时半农来说，已与《新青年》脱离关系，其故因适之与他有意见，他又不久将往欧洲去，因此不复在《新青年》上撰稿。
如果说，胡适和刘半农之间还是私人矛盾，那么，胡适和李大钊、陈独秀之间的矛盾则反映出政治上的分野了。1月27日，钱玄同日记云：
《新青年》为社会主义的问题已经内部有了赞成和反对两派的意见，现在《每周评论》上也发生了这个争端了。
胡适与李大钊之间关于问题与主义的争论发生于1919年7月，钱玄同的这则日记表明，《新青年》同人间的内部争论要比这早得多。
自第6卷第1号起，《新青年》成立编辑委员会，由陈独秀、钱玄同、高一涵、胡适、李大钊、沈尹默轮流编辑，由李大钊编辑的第6卷第5号成为马克思主义研究专号。胡适不赞成这种做法，提议刊物由他一个人来编。10月5日，《新青年》同人在胡适寓所集会，钱玄同日记云：(www.xing528.com)
下午二时至胡适之处，因仲甫函约《新青年》同人今日在适之家中商量七卷以后之办法，结果仍归仲甫一人编辑。
1920年2月，陈独秀为逃避北京政府拘捕，迁居上海，《新青年》也随之在沪出版。5月1日，出版《劳动节纪念专号》。9月，第8卷第1号刊出“《俄罗斯研究》专栏”，译载苏俄革命理论和实际情况的有关资料。此后，陆续发表文章，和梁启超、张东荪等开展“社会主义论战”，这样，胡适和陈独秀之间的矛盾就逐渐尖锐起来。1921年1月11日，钱玄同致函鲁迅和周作人，对胡、陈二人“已到短兵相接的时候”表示惊讶。他声明“于此事绝不愿为左右袒”，“若问我的良心，则以为适之所主张者较为近是”，但是，胡适反对谈“宝雪维几”（Bolshevism），钱玄同也不以为然。他认为：“马克思啊，‘宝雪维几’啊，‘安那其’啊，‘德谟克拉西’啊，中国人一概都讲不上。”[168]1月19日，钱玄同日记云：
接守常信，知仲、适两人意见冲突。盖一则主张介绍劳农，又主张谈政，一则反对劳农，又主张不谈政治，其实是猪头问题罢了。
20日，钱玄同访问李大钊，讨论胡、陈二人冲突[169]。22日，胡适写信给李大钊、鲁迅、钱玄同等人，征求对《新青年》前途的意见，钱玄同表示说：
玄同的意见，和周氏弟兄差不多，觉得还是分裂为两个杂志的好。一定要这边拉过来，那边拉过去，拉到结果，两败俱伤，不但无谓，且使外人误会，以为《新青年》同人主张“统一思想”，这是最丢脸的事。[170]
当时，陶孟和主张停办，钱玄同表示和李大钊一样，绝对地不赞成。他说：“《新青年》这个团体，本来是自由组合的，即此〔使〕其中人彼此意见相左，也只有照‘临时退席’的办法，断不可提出解散的话，极而言之，即使大家对于仲甫兄感情真坏极了，友谊也断绝了，只有他一个人还是要办下去的。我们也不能要他停办。”29日，钱玄同致函胡适，重申上述意见。他说：“与其彼此隐忍迁就的合作，还是分裂的好。”又说：“即《新青年》若全体变为《苏维埃俄罗斯》的汉译本，甚至于说这是陈独秀、陈望道、李汉俊、袁振英等几个人的私产，叫做《新青年》，我们和他们全不相干而已，断断不能要求他们停版。”[171]
事情的发展正如钱玄同所言，《新青年》继续按陈独秀的方针出版，而胡适则于1922年5月7日，另办《努力周报》。
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