如上述，钱玄同早年就羡慕社会主义和无政府主义，但是，很奇怪，当陈独秀和胡适因在赞成或反对社会主义这一问题上发生分歧，《新青年》内部因而分裂时，钱玄同却站到了胡适一边。
根据钱玄同日记所述，分歧始于1918年1月，爆发于1919年10月李大钊将《新青年》第6卷第5号编为《马克思主义研究专号》时。冲突的结果是改变《新青年》第4、5、6三卷所实行的轮流编辑制，仍如此前各卷一样，归陈独秀一人编辑[69]。1920年，陈独秀先后出版《劳动纪念节专号》和《俄罗新研究专栏》，陈、胡分歧加剧，双方“短兵相接”。“一则主张介绍劳农，又主张谈政；一则反对劳农，又主张不谈政治。”[70]从思想自由的理念出发，钱玄同认为“统一思想”是“最丢脸的事”[71]，反对胡适“不谈宝雪维几（Bolshevism）”的意见，主张陈独秀等人可以谈，《新青年》可以任由陈独秀办下去，办成《苏维埃俄罗斯》的汉译本也无不可[72]。但是，他认为中国人的程度不够，要改良中国政治，首先要改良中国社会，改变中国人的思想，“好好地坐在书房里”，“请几位洋教习”来教“做人之道”，“等到略有些‘人’气了，再来推翻政府”。[73]因此，他明确表示，“布尔什维克”主义“颇不适用于中国”[74]。
钱玄同之所以有上述看法，固由于他从早年起，就反对“强凌弱，众暴寡”[75]。但更重要的原因则在于，他觉得中国人“专制”、“一尊”的思想过于强烈，有关传统过于深厚，会发生“学术专制”、“思想压迫”的可怕状况。1920年9月25日，他致函周作人说：“我们实在中孔老爹学术思想专制之毒太深，所以对于主张不同的论调，往往有孔老爹骂宰我，孟二哥骂杨、墨，骂盆成括之风。”[76]1922年4月8日，再致周作人函说：“我近来觉得改变中国人的思想真是唯一要义。中国人‘专制’、‘一尊’的思想，用来讲孔教，讲皇帝，讲伦常……固然是要不得，但用它来讲德谟克拉西，讲布尔什维克，讲马克思主义，讲安那其主义，讲赛因斯……还是一样的要不得。反之，用科学的精神（分析条理的精神），容纳的态度来讲东西，讲德先生和赛先生等固佳，即讲孔教，讲伦常，只是说明他们的真相，也岂不甚好。我们从前常说‘在四只眼睛的仓神菩萨面前刚刚爬起，又向柴老帅的脚下跪倒’，这实在是狠危险的事。”[77]他神往于中国古人所幻想的“万物并育而不相害，道并行而不相悖”的宽阔而自由的世界，只要不“有害于社会”，个人的各种信仰、崇拜、爱好都可以听其自由[78]。1926年3月14日，钱玄同致函周作人称：“我的谬见，总觉得还是‘太丘道广’些好。”“三民主义也好，好政府主义也好，‘苏’制也好，无政府主义也好（只要比曾琦略为不讨厌些，也就可以容纳）；国语也好，方言也好；汉字暂且维持也好，注音字母也好，罗马字母也好；规规矩矩的文章也好，放屁放屁的文章也好；赞美《马太福音》的第五章也好，反对基督教也好；到天安门前去痛哭流涕也好，在爱人怀里做‘狄卡丹’也好。”[79]又说：“若有人肯研究孔教与旧文学，鳃理而整治之，这是求之不可得的事。即使那整理的人，佩服孔教与旧文学，只是所佩服的确是它们的精髓的一部分，也是狠正当，狠应该的。但即使盲目的崇拜孔教与旧文学，只要是他一个人的信仰，不波及社会——波及社会，亦当以有害于社会为界——也应该听其自由。”[80]钱玄同认为，天下最可厌的事便是“清一色”，不能大家都做“千篇一律，千言万语只是一句话”的文章，“要它驳杂不纯些才好”[81]。(www.xing528.com)
20年代的钱玄同主张改变五四时期“排斥孔教，排斥旧文学”的绝对态度，但是，他仍然坚持，“很鲜明的‘浑’不得不反对”，例如“鼓吹复辟，鼓吹文言，鼓吹向孔丘与耶稣叩头”[82]。1925年5月，当他读到章太炎主编的《华国》杂志第38期时，不胜愤愤，认为“‘敝老师’的思想的的确确够得上称为昏乱思想”，“其荒谬之程度远过于梁任公之《欧游心影录》，不可不辞而辟之。”他致函胡适，希望他出来做“思想界的医生”，为思想界注射“防毒针和消毒针”，不仅写《中国哲学史》、《中国佛学史》、《国语文学史》一类著作，而且尤其希望他写《评东西文化及其哲学》、《科学与人生观序》一类文章。他谦虚地自称：“钱玄同是‘银样镴枪头’，心有余而力没有（还配不上说‘不足’），尽管叫嚣跳突，发一阵子牢骚，不过赢得一班猪猡冷笑几声而已，所以不得不希望思想、学问都狠优越的人们来干一下子。”[83]同年，当章士钊出任北京政府教育总长，攻击白话文，企图恢复文言的一统天下时，钱玄同奋然再起，组织反击，致函胡适说：“现在古文妖焰太盛了，这种‘反革命’的潮流，实有推翻它之必要。”[84]不久，反章斗争胜利，钱玄同又著文宣布：“章行严去矣，后之来者，要是也像他那样做浑蛋们的代表，也像他那样，要凭借官势来统一思想，不管他是张三或李四，阿猫或阿狗，亡国大夫或兴国伟人，绅士或暴徒，我还是与对待章行严一样，反抗他，攻击他。”[85]
思想自由与思想斗争相辅相成。没有思想自由，就会窒息新机，使社会和文化趋于僵化、停滞；但是，没有思想斗争，也会使谬种流传，真理不彰，无法除旧布新，推动社会和文化向更高层次的发展。当然，这种思想斗争，凭借的是真理自身的力量，而不是凭借权势或其他。争论双方都应该是平等的。
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