由于找不到充分的谋反证据，清政府定不了宁调元的罪，他的案子就挂了起来。
在长沙狱中，宁调元辛勤读书写作，并与傅尃、高旭等人唱和通信。1907年冬，当他从傅处得悉高旭准备出版《神交集》时，曾将一批稿件寄给《国粹学报》的邓实，请他转交高旭。1908年4月，《神州日报》出版一周年，高旭写了八首诗以为庆祝，诗云：
数枝健笔抵戈矛，震撼魔王唱自由。东亚风潮勤鼓吹，青年有责振神州。
麟经一卷纪宗周，天丧斯文是用忧。砥柱中流原不易，要当戮力此神州。
中原时事叹无鸠，收拾河山仗俊俦。旭日柳开扬异彩，万千气象壮神州。
——《神州八章为〈神州日报〉一周年纪念而作也》
同月，宁调元从报上读到了这八首诗，顿生空谷足音之感，于是也写了八首诗相和，其中二首云：
鹊巢盘踞任鸣鸠，困苦王孙孰与俦？文字有灵重祷祝，国魂复苏返神州。
峨峨八岳足高游，路险难兮愁复愁。最后成功争一簧，共将热血染神州。
——《哀蝉音问隔绝一年，顷于报端见所作〈神州八绝〉，慨然和之，即为〈神州日报〉周年纪念，未审哀蝉见之，以为何似也》(www.xing528.com)
可以看出，不论是唱，还是和，都表现了那个时代青年革命党人的一腔爱国热情，也表现了那个时代进步作家对文学作用的重视，他们渴望以自己的创作为振兴神州服务。这以后，高旭又写了四首绝句寄给宁调元，其一云：
幾复风微忆昔贤，空山时往听杜鹃。支撑东南文史局，堪与伊人共此肩。
——《寄怀太一湘中》
这首诗要求宁调元和自己共同支撑东南文史的局面，可以看作是对宁调元参加南社的邀请书。宁调元读高诗后，欣然作诗相答：
钜艰当世几人肩？夜雨魂销蜀道鹃。幾复风流已千古，后生莫漫拟前贤。
——《接哀蝉书并寄怀诗四首，即次韵以答之》
同时，宁调元又在信中告诉高旭，自己应傅尃之约，已写就了《南社序》。他并建议，出版机关刊物《南社》时可不必列插画和文选，而应“添论著一门，专为列代诗运之盛衰及其源流；添传记一门，专为列代诗人作小传；此外则词话、诗话不可少也”[9]。关于杂志的原则，他主张“保神州之国粹”。尽管宁调元对孔学采取激烈的批判态度，但是，在对中国传统文化的态度上，他也无法摆脱盛行一时的国粹派的影响。
由于陈去病远在汕头及其他原因，《南社》一直未能出版。5月31日，宁调元致函高旭，询问主持《南社》其事者“约有几人”[10]，6月23日，再次寄书高旭，要求在《南社》出版后“幸速寄我一阅为感”[11]。7月，他又一次寄书高旭，告以拟发展张汉英、唐群英两位女性为社员，并问：“稿已编定否？出版有期否？”[12]宁调元此时虽然是清政府的阶下囚，但整个身心都在系念着革命和革命文学事业。
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