追悼秋瑾事毕，陈去病即应邀赴绍兴府中学堂任教。绍兴是秋瑾的故乡，也是光复会的大本营。当年，秋瑾曾经和徐锡麟一起在这里办过大通学堂，培养了一批革命力量。陈去病到绍兴后，通过学生宋琳将这批人联络起来，组织了一个革命团体，名叫匡社，意在以匡复中华为志。匡社的成立，为后来的越社打下了基础。
在绍兴期间，陈去病除去古轩亭口祭奠秋瑾外，还去宋高宗、孝宗、光宗、宁宗、理宗、度宗等六个皇帝的陵墓祭扫。他想起了北方的崇祯皇帝的陵寝，不胜伤感。5月8日，在杭州教书的刘三写了一首诗给陈去病，邀他来共同祭扫抗清英雄张煌言墓，诗云：“为扫南屏苍水墓，有人号哭过江来。”陈去病读后，很受感动，立即发信给高旭和柳亚子，要他们同来张煌言墓前一哭，兼吊秋瑾。这时，陈去病已经得到章太炎、刘师培二人反目成仇的消息，因此在信中说：
刘、章结果，弟数年前早料到，盖两人皆经生，铿铿好辩，不肯服输，匪若吾侪终不忍以意气坏大局也。好兄弟而如此，能无泫然？所愿吾侪当日凛凛，无蹈此覆辙，而自破其贞盟也。
信中，陈去病并告诉高旭，他所起草的《南社叙》将托柳亚子抄写寄呈，但刊行则须要见面后商量再定。
5月24日，陈去病赶到杭州。这一天，是南明永明皇帝被清兵杀害之日。当时，陈去病“南向哀号”，写成《永明皇帝殉国实纪》一文，他称这一天是“吾朱明皇帝亡国之最后日”，又是“吾皇汉民族永堕于奴隶牛马之第一日”。陈去病不了解，从进入阶级社会之日起，汉族中的劳动人民早就是奴隶牛马了。辛亥革命时期的革命党人大多对民族压迫敏感，而迟钝于阶级压迫，陈去病即是一例。文章表示，有剥必有复，有因必有革，号召革命党人掌握时机，响应正在云南河口等地发动的起义。他相信：“我高祖、列宗、永明诸皇帝在天之灵，必阴相佑之，以策成功。”[8]7月4日（六月初六日）是秋瑾牺牲一周年纪念。陈去病准备在西湖再次召开追悼会，秋社同志徐自华、姚勇忱、褚辅成等革命党人纷纷集中西湖。旗人贵翰香闻讯，奔告浙江巡抚增韫。增韫准备派人缉拿。这时，正赶上革命党人陈陶怡回国，刚到上海，就因刘师培夫妇告密，被端方派人逮捕。一时风声紧张，陈去病接受姚勇忱等人的建议，准备南下汕头暂避。行前，他回到故乡同里，安排家事，又特意赶到黎里，向柳亚子告别。他写成了六首绝句，向南社诗人索和，诗云：
耿耿旄头灿九天，汉家残社几曾延？祝宗祈死浑无效，又向尘寰过一年。
欲为苍生赋《大哀》，侧身且向粤王台，会看丹荔黄椒候，万里炎荒披发来。
1907年生日，陈去病与邓实等人聚会时，曾有“祈死无灵”之句，眼看生日又快到了，而所事无成，还要被迫逃亡，陈去病很悲愤，因此，又有“祝宗祈死浑无效”之句。柳亚子读后，不以陈去病的情绪为然，写诗慰勉道：
残山剩水哭黄天，妖鸟余腥总蔓延。赖有义熙元亮在，中原不数羯羌年。
元龙湖海本无家，绝业千秋计未差，便使此身终异域，要留文字辨夷华。(www.xing528.com)
复社逃盟总旧因，网罗遗佚替传真，祝宗莫便轻祈死，文献东南要此人。
——《巢南初度将及感成六绝和韵》
柳亚子希望陈去病珍重，坚持以文字反清，即使终老南荒绝域，也要坚持初衷。“文献东南要此人”，这里有着对陈去病的殷切期待。赠诗之外，柳亚子还写了一首《金缕曲》，为陈去病壮行。其下半阕云：
罗浮天半山如掌，算从今飞书草檄，未须悲怆。战血南天烽火地，应有遗踪可访。
广东是宋、明末代的血战之地，兴中会成立以后，革命党人又在这里多次起义。柳亚子鼓励陈去病为义军“飞书草檄”，并访寻宋、明遗址。
8月，陈去病抵达汕头，参与《中华新报》的编辑工作。编余之暇，他果然不负柳亚子所期，奋力写作。9月22日，他在一个海岛上祭悼南明的隆武皇帝，有诗。10月13日（九月十九日），是明末抗清英雄顾咸正、刘曙、钱旃、夏完淳等人牺牲之日，他又有诗。这些诗，他都寄给了柳亚子等人，柳亚子等人也纷纷和作，拟议中的南社机关刊物虽然尚未出版，但诗笺却沟通了彼此之间的情怀。
陈去病在《中华新报》的工作卓有成效，该报迅速成为革命党人在岭南的一块重要宣传阵地。11月，光绪皇帝和西太后相继去世。当月，陈去病去香港，与云南、广东各省革命党人相见于中国日报社。归途中，他兴奋地赋诗道：“北极腥风动，南天热血多。吾曹应有事，努力砺征戈。”然而，正当他奋发图强，准备有所作为的时候，突然接到徐自华的电报，浙江巡抚增韫勒令平毁西湖秋墓。于是，陈去病立即束装北返，企图挽救。12月7日，陈去病与浙江革命党人张恭相晤于上海。当晚，张恭被捕。
张恭被捕仍是刘师培夫妇告密的结果，这两个叛徒为了向端方邀宠，一次又一次地出卖自己的同志和友人。危险的是陈去病等仍然没有任何觉察。几天后，徐自华等设宴为陈去病洗尘，居然还邀请刘师培夫妇出席。一直到1909年夏天，南社同人们才识破了这一对叛徒夫妇的真面目。
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