在胡汉民、汪精卫、朱执信等离日后，《民报》在大部分时间内由章太炎主持。《中国日报》等除在政治上指责章太炎“叛党”外，也对章太炎的《民报》编辑工作进行了指责。这些指责，反映了《检举状》公布后孙中山一派人的愤激情绪，也反映了他们对章太炎长期积郁的不满。
（一）指责章太炎不参加对《新民丛报》的论战。《中国日报》说：“章与梁启超同办《时务报》以来，与保皇党之关系未尝断绝，《新民丛报》之《儒术真论》即章手笔。当《民报》与《新民丛报》笔战之时，战斗皆精卫、汉民、悬解（朱执信）、寄生（汪东）诸君任之，章以与梁启超交厚故，未有一文之助力。”[212]在革命派中，章太炎是最早批判梁启超和康有为的人，但是在《民报》和《新民丛报》论战时，章太炎确实不大积极，他觉得胡汉民、汪精卫的文章“辞近诟谇”[213]，当梁启超通过徐佛苏出面建议停止辩驳的时候，章太炎主张“许其调和”[214]。
（二）指责章太炎提倡佛学，背离孙中山的“三大主义”和《民报》的“六大主义”。《中国日报》说：“章炳麟以其一知半解、干燥无味之佛学论，占据《民报》全册之大部，一若以《民报》为其私有佛学之机关报也者。……由是各地阅者以《民报》主张佛学甚于本来之六大主义，多辞退不阅。”《公益报》也说：“足下弗悟，甫执文权，即叛《民报》本来宗旨之六大主义……所主张阐发民族、民权、民生之大问题者，足下偏摭拾一二佛经，为佛氏传教。”[215]章太炎在主持《民报》期间，发表过不少推崇佛学的文章。在这些文章中，既表现了章太炎改造佛学，寻求一种新的世界观，使之为民主革命服务的积极企图，也表现了他所承受的佛学唯心主义和虚无主义的消极影响。然而，佛学虽有某些精华，但这些精华却包裹在艰深烦琐的教义中。它不能也不应该成为革命党人的精神武器。章太炎撇开卢梭《民约论》等一类西方民主主义文化，也撇开业已为革命党人所接受的孙中山“三大主义”，在《民报》上大肆推崇佛学，这就走上了一条错误的道路，也脱离了革命党人和广大群众。当时，四川革命党人铁铮就曾指出，佛学是“迂缓之学”，“上智之士犹穷年累月而不得，而况欲使普通之一般国民皆能明之以振起其气概！”[216]日人梦庵也针对章太炎的《大乘佛教缘起说》指出：“此《缘起说》足以济度恶劣政府乎？足以建设共和乎？佛教之平和思想，死于千载之上，曷得抱亡骸为维持新世界、新真正之平和之具？”“《民报》之作此佛报者，抑出于何意乎？《民报》宜作民声，不宜作佛声也。”[217]应该承认，这些意见有一定道理。但章太炎性格执拗，对于佛学的嗜好也太深，先后发表《答铁铮》、《答梦庵》二文，继续坚持必须大力宣扬佛学，这就使革命党人很失望。应该说，孙中山等之所以热情扶助《中兴报》，而对《民报》态度消极，这是一条重要原因；续刊《民报》时之所以排除章太炎，这也是一条重要原因。关于后者，《公益报》曾明白宣示：“顾同人之光复《民报》，志在发挥公理，非求泄发私怨也；志在宣扬民意，非求传播佛声也。故《民报》光复，不能使足下与闻，亦不欲以狂妄之夫再尸要地，以碍同志团体之进行也。”[218]
（三）指责章太炎提倡无神论，攻击基督教。《中国日报》说：“基督教素重人权自由主义，故内外同胞之主张民族、民权、民生三大主义者，以基督教徒为多。乃章炳麟创为无神论，以排斥耶稣之道，以致内外同志多疑《民报》为排斥耶稣之机关报，摇惑人心，莫此为甚。”[219]革命派这里所说的基督教，指的是16世纪欧洲宗教改革运动中产生的“新教”。在当时，它代表新兴资产阶级的利益；在近代，殖民主义者曾利用它作为对外侵略的工具。章太炎批判基督教，主要目的在于反对帝国主义对中国的文化侵略。《中国日报》注意了团结基督教徒投入民主革命，但是却看不到章太炎批判基督教的积极意义，也看不到章太炎提倡无神论的积极意义（虽然章太炎的无神论并不彻底），这在理论上是短视浅见的。
（四）指责章太炎批判《新世纪》，伤害同志感情。《中国日报》说：“法国《新世纪》与《民报》同属革命党之机关报，原应同心戮力，以谋国事，乃章炳麟以个人私怨，竟借《民报》为攻城之具，日向《新世纪》宣战，第24号有《规新世纪》之文，占全册之半，伤害同志之感情，徒贻外人之笑柄。”[220]辛亥革命前中国宣传无政府主义的杂志有两个：一为东京的《天义报》，创办人为刘师培、何震；一为巴黎的《新世纪》，创办人为吴稚晖、李石曾、张静江。两个杂志各有特点：前者和国粹主义纠结难分，带有很大的封建性；后者则对国粹主义持批判态度，反对封建文化的色彩较浓。章太炎受过刘师培无政府主义的影响，但对《新世纪》则始终深恶痛绝；在和刘师培决裂之后，即以《新世纪》为靶子对无政府主义进行批判。他先后发表过《排满平议》、《四惑论》、《驳中国用万国新语说》、《规新世纪》等文。这些文章，并没有抓住要害，但他公开宣布“无政府主义者，与中国情状不相应”[221]，总的来说反映了思想上一个方面的进步。
章太炎对《新世纪》的批判也有缺点。还在中国教育会时期，章太炎和吴稚晖之间就因事不和，章太炎到日本后，又听人说吴稚晖在《苏报》案中曾向清吏俞明震告密，因此，多次在《民报》上发表指责吴稚晖的公开信，这些指责，并没有提出有力的证据，某些地方却给人以骂大街的印象。其次，《新世纪》当时还是革命队伍中的一翼，他们公开声明：“种族革命党与社会革命党今日之作用同，而其主义不同，然此不同者，固无碍其同为革命党也，无碍其协力以图最近之革命也。”[222]因此，对《新世纪》可以批判，但必须掌握一定的火候，有所节制。在《台湾人与〈新世纪〉记者》一文中，章太炎说：“《新世纪》记者阳托名于无政府而阴羡西方琛丽”，“此曹无耻，复倍蓰于立宪党人”，“犹槟榔屿之少女，聚歌沙丘以求新牡，昨者方为甲者所掠，而有今日，复愿为乙者、丙者所掠”。[223]这些地方，从内容到语言都显得过火了。(www.xing528.com)
（五）指责章太炎“挑动日人之恶感情”，导致《民报》停刊。《中国日报》说：“《民报》出版以来，日政府绝不干涉，乃章炳麟倡言恢复台湾、朝鲜之议，又鼓吹暗杀，以挑动日人之恶感情，遂致有停止发行之命令。使章当日立论如第12号以前，则《民报》至今犹存也。”[224]《公益报》也说：“所主张中日国民联合者，足下明知社会党为当时日本内阁所忌，乃必发挥社会主义，撄其忌以种封禁之祸因。”[225]日本政府禁止《民报》第24号发行的原因很复杂，既和清政府的多次交涉有关，也和日本内阁更递、政策改变相连。西园寺内阁时代，采取一种“法兰西宽大政策”，结社、言论、出版都相对自由，社会主义运动发展迅速。1908年7月，西园寺内阁被撤换，更替上台的桂太郎内阁对社会主义运动采取严厉镇压政策。《民报》虽因鼓吹暗杀的部分言论和日本社会党人中的无政府主义派别——“直接行动”派相呼应，为桂太郎内阁所忌，但是，把《民报》出版中断的原因归结为章太炎的过激言论所致，仍然是简单的、片面的。
章太炎的《民报》编辑工作有功绩，也有严重的过失。《中国日报》等完全抹煞前者，而将后者夸大，把章太炎说成《民报》罪人，这是极不恰当的。在双方都感情冲动而充满敌意的时候，对于彼此的是非功过很难作出实事求是的评价。
此外，革命党人在评论中还接触到了章太炎的性格问题。《公益报》说：“足下复骄恣溢盈，竟成跋扈，托有神经病，为鱼肉侪辈，蛮气一发，动肆用武，致与无赖伍。年来若张继、黄兴二君，皆于谈次间，足下无头无脑即以老拳相向。自余东京同志，无故受足下之野蛮意气者，大不乏人。”[226]以学识渊博长于弄文的书生，却经常“无头无脑”对同志“以老拳相向”，《公益报》的指责似乎和人们印象中的章太炎不类，但这是有旁证的。1912年，有人回忆说：“迨后清廷肆虐，委托日本政府停止《民报》出版，于是太炎搁笔，饭碗为碎。当时克强先生拟运动日廷取消停止出版，卒以经费匮乏，亦罔效。太炎则贫如乞儿，夜不得食，乃日迫克强先生，一言不合，辄以盥器遥击，克强先生额为之破，卒含笑谢之。”[227]一方是盛怒而以脸盆“遥击”，一方是“额为之破”而“含笑”道歉，两人的性格鲜明如见。
章太炎的这种性格特点使他很难与别人共事。《公益报》说：“同志宽洪包容，均付之一笑……然因是而冷同志之心，何止千百。昔日东京同志，皆节提所费，踊跃资助《民报》者，感情既淡，而《民报》经济界之情形，亦受其影响。”[228]这里说章太炎的粗暴举动冷了“千百”同志之心，固有夸大，但是，它对革命党人之间的团结不利则是显然的。
历史是通过人的活动体现的，创造历史的是具有各色各样鲜明性格的人们，因此，对历史发生作用的就不仅有经济、政治、思想诸因素，有时，也有个人性格的原因，虽然，它并不起决定作用。
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