同盟会中无政府主义派别的出现反映出革命派内部政治、思想上的深刻矛盾。但是，除个别人与之稍有辩驳外，并没有形成一场是非明辨的论战。
从孙中山一面看，他对无政府主义的破坏性认识不足。曾经有人提醒他：无政府主义“其性质与同盟会之民生主义迥殊”，但孙中山却回答说：“无政府论之理想至为高超纯洁，有类于乌托邦，但可望而不可即，颇似世上说部所谈之神仙世界。吾人对于神仙，既不赞成，亦不反对，故即以神仙视之可矣。”[93]
从“社会主义讲习会”一面看，由于张继出走，章太炎、陶成章和刘师培之间不睦，这个派别也已处于涣散状态，无法继续活动，更无力从思想上、理论上对同盟会进行新的攻击。除刘师培外，无政府主义的旗号也逐渐收了起来。
自1908年下半年起，同盟会内部矛盾的焦点转为经费问题。
章太炎等人在东京掀起的风潮严重地伤害了孙中山的感情，自此，他将全部心血和热情都浇注到了南洋方面。1907年8月，孙中山积极支持同盟会新加坡分会创办《中兴日报》，使之成为宣传革命和与改良派论战的新阵地。他不仅亲自为该报撰稿，过问编辑、财务、招股等事，而且多次表示，《中兴报》的文章议论“颇惬人心”[94]，“于大局甚为有关”[95]，维持《中兴报》乃“吾党在南洋之极急务”[96]，要求南洋各地同志积极支持。
在此同时，孙中山又积极整顿南洋各地同盟会，并酝酿将它改组为中华革命党[97]。1908年秋，他在新加坡建立同盟会南洋支部，订立分会总章十六条及通信办法二条，委胡汉民为支部长，统一领导南洋各地同盟会分会，以期互相联络，“协力相扶，同心共济”[98]。通讯办法规定：各团体间至少每两个月互相通讯一次，住址有移换时，须即时通知南洋支部，如有新团体成立，即由南洋支部发信通知。这样，南洋支部实际上变成了一个与东京总部并峙的中心。
和南洋相反，东京同盟会总部愈来愈涣散，《民报》的问题也愈来愈多。
《民报》在归章太炎编辑后，逐渐倾向于谈国粹，说佛理。孙中山、胡汉民离日后，原主要撰稿人朱执信、汪精卫等也陆续离日，《民报》谈佛理的文章逐渐增多。1908年2月印行的第1号居然以首要篇幅刊登《大乘佛教缘起说》。有读者批评其为不作“民声”，而作“佛声”[99]。这种不满当然不会是个别的，因此，销数锐减，“印刷房饭之费，不足自资”[100]，窘迫得开不了伙。章太炎有时就靠啃几块“麦饼”过日子[101]。其后，章太炎曾写过五六封信，打过三四次电报，呼吁南洋方面接济，据说，“或无复音，或言南洋疲极，空无一钱，有时亦以虚语羁縻，谓当挟五六千金来东（相）助，至期则又饰以他语，先后所寄，只银圆三百而已。”[102]
为了维持《民报》出版，陶成章准备亲往南洋招股。对此，孙中山及东京部分革命党人均加劝阻，理由是“南洋同志甚少，且多非资本家”，“必无效果”，建议在东京另筹[103]。陶成章没有听取这一意见，于1908年8月南行。
陶成章南行的目的有二：除为《民报》募捐外，还要为筹备中的五省革命协会募集经费。到南洋后，陶成章向孙中山要求拨款三千元作为《民报》印刷费，并要求增加股款及维持费。据有关人士回忆，“孙中山四处张罗，无法筹措，乃出其手表等物，嘱往变款，以救燃眉之急”，陶成章因此发生误会，与孙中山“争持不休”[104]。此外陶成章又要求孙中山为他筹款5万元，以便“回浙办事”。对此，孙中山“推以近日南洋经济恐慌，自顾不暇，断难办到”[105]。陶成章要求为他写介绍函去各地募捐，孙中山同意了[106]。
“南洋经济恐慌”并非完全是孙中山的托词。自1907年黄冈之役起，至1908年5月河口之役止，孙中山共在南方边境发动了六次起义，用去近20万元，南洋华侨中有力捐款的同盟会员大都已成强弩之末；加上河口之役后，六七百名起义战士被法国殖民当局解除武装，强行押送至新加坡，又需要解决他们的生活出路问题，经济更形拮据。10月16日，孙中山致檀香山同志函云：“党中财政日困，虽香港一隅，或得檀埠同志之接济，而他方则无法可设也。”[107]信中所言，应是事实。
由于在经费上没有得到孙中山的积极支持，陶成章决计“独自经营”[108]。他制订了章程，开始以浙江同盟分会江、浙、皖、赣、闽五省革命军布置决行团为名进行筹饷。章程中，陶成章特别说明：“本光复会，由来已久。乙巳夏，由总会长蔡、湖南分会长黄，从舆论众望，请孙中山先生为会长，开会日本东京，改名同盟会，而以本会附属之。但该时浙江内地，势力异常扩张，章程发布已久，更改为难，故内地暂从旧名。然重要事务员，均任同盟会职事，故又名浙江同盟会分会。”又称：本会“以浙江为根基”，“以江、浙、皖、赣、闽五省为本会办事区域”。[109]这一章程突出地夸张光复会的作用。它绝口不提兴中会，把成立在前的华兴会说成是光复会的湖南分会，把光复会说成是同盟会的母体，并将“办事区域”扩大到浙江以外的东南各省，显然，都是在为重新打出光复会旗号作准备。
南洋是同盟会的根据地。从兴中会起，孙中山就在南洋活动，当地华侨对同盟会是熟悉的，光复会则还是一个陌生的名词。因此，在一段时期间，陶成章还不得不仰仗孙中山和同盟会的威望。筹饷章程中，陶成章特别声明“本会既为同盟会分会，故本章程订定后，移知东京总部及南洋支部”，所得款数“亦移知东京总会及星洲分会”。[110]但是，陶成章的募捐活动却一直进行得很不顺利。11月，陶成章去到缅甸仰光，在《光华日报》上发表记述秋瑾、徐锡麟起义的《浙案纪略》以为宣传，临行时募得千元。12月6日，到槟榔屿，该地办事人声称，按章程，必须孙中山之人来运动方可，仅邀集三四人，认捐三百元。1909年1月23日，到坝罗，正值《中兴报》代表到埠演说，言“《中兴报》事紧要”，并声言，“陶君来此，不过来游历而已，并非筹款而来”，因此，亦仅认捐三百数十元[111]。至当年4月底，各地认捐总数不足三千元，且多未兑现。陶成章怀疑孙中山在“暗中设法播弄”，开始攻击孙中山。他在致李燮和函中说：“弟自去岁南来，迄今已历九月，所希望之目的，全然未达。”又说：“弟本不说中山坏事，盖犹为团体起见，不得不稍留余地，至是逼弟无可奈何，不得不略陈一二已。”[112]其间，陶成章曾向孙中山索取介绍函至各地收款，为孙中山拒绝[113]。
光复会的传统活动地点在江、浙，陶成章在南洋“独自经营”，明显地造成了和南洋支部争夺群众和影响的对垒局面。如果说，东京的倒孙风潮表现为对个人的不满，“社会主义讲习会”的建立表现为思想上的分歧，这以后就进一步发展为组织上的对立了。
离开坝罗后，陶成章活动于勿里洞、吧城、谏义里、文岛等地（均为今印度尼西亚属地），酝酿新的倒孙风潮。
还在1909年5月间，陶成章就在文岛等地散布流言，声称孙中山将各处同志捐款攫为己有，河口起义所用不过千余元，等等[114]。8月，陶成章去到槟港，结合李燮和、柳聘农、陈方度、胡国梁等七八人，以东京南渡分驻英、荷各属办事的川、广、湘、鄂、江、浙、闽七省同志的名义起草了一份《孙文罪状》，声言孙中山在“同盟会初成立之际，彼固无一分功庸”；“在两广内地，固无一毫势力”；“既得势，彼乃忘其所自始”，“谎骗营私之念萌，而其毒其祸，遂遍及于南洋各埠矣”。《罪状》称，“罄南山之竹，书罪无穷；决东海之波，流恶无尽”，指责孙中山有“残贼同志之罪状”五条，“蒙蔽同志之罪状”三条，“败坏全体名誉之罪状”四条，并表示，“恶莠不全，则嘉禾不长”，共提出要求九条，其主要者为：
1.开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外。
2.另订章程，发布南洋各机关，令其直接东京总会。嘱令南洋支部章程一概作废。
3.公举办事二人，前往南洋各埠演说，收拾人心，揭破孙文诡谋，使其无立足之地。
4.再开《民报》机关。
5.兼于民报社内，附设旬报，凡《中兴报》之所至，亦踪寻之而往。(www.xing528.com)
陶成章、李燮和等声称，只要开除了孙文，发表《罪状》，“事必大有可为，无论将次者开办不至蒙害，即令既破败者，热心之人尚多，犹堪收效在桑榆也”。此外，《罪状》并诬蔑孙中山在香港、上海汇丰银行贮款20万元；其兄在九龙起造屋宇，用款不足，孙中山电汇款项助建云云[115]。其后，陶成章便带着这份《罪状》赶赴东京，要求同盟会本部开会讨论。
在东京的“倒孙风潮”之后，孙中山即不大过问同盟会本部和《民报》的工作，这是事实，但是，《罪状》大部分属于诬陷。它得到了少数江浙人的支持，却遭到了黄兴等的坚持拒绝。黄兴一面向陶成章作调停、劝说，一面和谭人凤、刘揆一联名发表长达千余言的致李燮和等公函，逐条为孙中山申辩。
黄兴的调停、劝说、申辩都没有能打动陶成章。在公布《罪状》的要求被拒绝后，陶成章便决定自行发表。他在致胡国梁函中表示：“与中山已不两立”，“不若由二三人出面发表之，从此分为两歧罢了”。[116]其后，便由陈威涛、魏兰将《罪状》油印百余份，寄给了南洋各报。
革命的首要问题是分清敌我，陶成章等把孙中山视为敌人，不顾大局，不顾影响，恶意诬陷，这是一个极为严重的错误。
陶成章等人的行动迅速影响了章太炎。在公布《孙文罪状》的同时，章太炎也刊发《伪〈民报〉检举状》，再次参加了对孙中山的攻击。
《民报》于1908年10月遭日本政府封禁，1909年秋，黄兴在林文等帮助下筹备恢复。因为对章太炎主持时的《民报》不满，黄兴邀汪精卫到东京任编辑；又因避免日本政府干涉，托名以巴黎《新世纪》为发行所。
恢复《民报》本来是陶成章等在《孙文罪状》中提出来的“善后办法”，但是，他坚持不能替孙中山“虚张声势”，必须以革除其总理职务为先决条件[117]。自然，这也遭到了黄兴的拒绝。因此，他便支持章太炎出面反对。章太炎由于多年困苦维持《民报》，一旦恢复，却被排斥在外，因此，大动肝火。他指责续刊《民报》为伪《民报》，在《检举状》中攻击孙中山“背本忘初，见危不振”，并主观武断地说：“夫孙文怀挟巨资，而用之公务者十不及一，《民报》所求补助，无过三四千金，亦竟不为筹画，其乾没可知已。”[118]没有任何根据，一个想当然的“可知已”就定了孙中山“乾没”巨资的案！
对孙中山的公开诽谤为保皇派提供了炮弹。不久，南洋《总汇报》发表了《伪〈民报〉检举状》。其后，保皇派大规模地开展了对孙中山的攻击，各种秽词如水般泼来。他们辱骂孙中山为“马骗”、“棍骗”，诬蔑其“假借革命名目，以为衣食饭碗之计”，是：“孙文腔中，何尝有一滴爱国之血，眼中何尝有半点爱国之泪，心中何尝有分毫爱国之思，不过口头禅焉耳！”[119]
和陶成章、章太炎相呼应，当时在法国的张继则写信给孙中山，要求他“退隐深山”，或“布告天下，辞退同盟会总理”。[120]
这样，就出现了第二次倒孙风潮。
敌人的辱骂、镇压并不可怕，可怕的是同营垒人的反诬和倒戈。长期以来，孙中山把实际领导起义的责任交给黄兴等人，而以在华侨中募集起义经费为己任。陶、章这两份材料的公布对孙中山工作所造成的困难是可想而知的。为了破坏孙中山赴美募捐，陶成章等甚至冒名作信，将攻击材料寄发美洲各华字日报，10月22日孙中山与王子匡函云：“近接美洲来信，谓有人托同盟会之名，致书各埠，大加诋毁于弟，不留余地，该处人心颇为所惑云。此事于联络华侨一方面，大有阻碍矣！”[121]但他毫不灰心，一面要求吴稚晖在巴黎《新世纪》上撰写长文，“加以公道之评判”[122]，一面对张继严正指出：“此时为革命最衰微之时，非成功兴盛之候，是为弟冒艰危、茹困苦以进取之时代，非退隐之时代也。”他并愤愤地说：“同盟会及太炎至今未自认过，则弟已不承认为彼等之总理者久矣。前去两年，两广、云南起兵，皆奉革命党本部之名义，并未一用同盟会名义也。”[123]
经历种种挫折而革命之志不挠，这是孙中山作为一个伟大人物的突出优点，但是，因章太炎等少数人而迁怒于同盟会，仍然是以感情代替了理智。在很长一段时期内，东京同盟会员处于群龙无首的状态，国内各地同盟会分会也无人领导，在这方面，孙中山不无责任。
1910年2月，孙中山在旧金山建立同盟会分会，在誓词中将同盟会会员改称中华革命党党员，开始实现其酝酿已久的打算。同年秋，抵达槟榔屿后，又通知南洋各地同盟会分会，一律照改[124]。但由于同盟会已在群众中留下深刻的影响，事实上难以执行，不久也就作罢。
得道多助，失道寡助。陶成章对孙中山的攻击激起了革命党人的义愤。东京方面，黄兴等决定不和章太炎计较，只在即将续刊的《民报》上登一启事，宣布章为“神经症之人”。他要孙中山“海量涵之”，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒”[125]。为了给孙中山赴美活动扫除障碍，黄兴又函知美洲，指出有人从东京发函攻击孙中山，“用心险毒，殊为可愤”，要求美洲同志乘孙中山到美机会，同心协力，以谋团体之进步，致大业之成功[126]。
安南方面，中国革命党人发表《河内公函》，详述发动云南、广西起义的情况，针对陶成章的诽谤，一一予以驳斥[127]。
南洋方面，革命党人焚毁了陶、章散发的印刷品[128]，派人调查，发现孙中山在九龙的家除几间旧房外，别无所有；孙中山的哥哥孙眉自己盖了草房子在那里种地。于是，将实情公布，真相大白[129]。
多年来，同盟会在其内部分歧中，既无同志式的讨论，又无思想上的必要交锋。现在交锋了，这对于澄清真相、维护孙中山的威望来说都是必要的，但是，这种交锋无助于填平双方感情上的巨大鸿沟。
在倒孙风潮的掀起者中间，刘师培的叛徒面目此时已经暴露。1908年冬，刘师培回上海后即出卖了同盟会会员张恭，不久，又投入端方幕中。1909年8月，端方由两江调直隶，报上发表了随员名单，刘师培赫然在内。在此情况下，人们不得不思考，和刘师培一度关系极为密切的章太炎是什么人？他为什么对孙中山如此攻击不遗余力呢？在未经冷静分析的情况下，东京革命党人公布了章太炎致刘师培、何震五函，指责章太炎为端方侦探。11月30日，《中兴日报》发表《章炳麟与刘光汉之关系历史》及《为章炳麟叛党事答复投书诸君》等文。12月，孙中山得悉保皇派报纸发表了章太炎的《伪〈民报〉检举状》，认为章太炎“破坏党事之心已不留余地”，要求吴稚晖将章太炎致刘师培、何震五函的笔迹照片寄给他，“以证明太炎之所为，庶足以破其言之效力”[130]。不久，香港《中国日报》、巴黎《新世纪》、旧金山《美洲少年报》先后发表了这五封信，《中国日报》声称章太炎受端方委任，担任解散革命党及充常驻东京之侦探员，《新世纪》指责章太炎以“万金出卖一革命”[131]。
将章氏五函的问题一下子提到如此的高度，当然也严重伤害了章太炎的感情。刚愎自用又极易冲动的章太炎对此的态度是可想而知的。
在第二次倒孙风潮中，思想分歧退居次要地位，但是，双方的关系则由彼此猜忌、怨憎发展为互相敌视和进行势不两立的攻击，分裂成为不可避免的了。
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