革命进程中总难免有光明与阴暗两面。辛亥革命之后，当年献身于革命的先行者热衷于阐扬功烈，而对于这一进程中的不光彩的方面，大都不愿涉及，或语焉不详。因此，在讨论同盟会的分裂与光复会的重建时，清理这一事件的过程是首要的工作。
1907年初，孙中山与黄兴曾因国旗图式问题发生争执。孙中山主张沿用兴中会的青天白日旗，黄兴则认为青天白日旗与日本旗相近，“有日本并华之象”，必须迅速毁弃[1]。争论中，黄兴坚决毁弃青天白日旗的主张使孙中山很激动，他厉声说：“仆在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈仆可也。”[2]这样，黄兴也因而激动起来，他发誓要退出同盟会。
情感冲动常常驱使人走向歧途。冷静下来之后，黄兴接受了孙中山的方案，他致书胡汉民说：“余今为党与大局，已勉强从先生意耳！”[3]
尽管国旗风波没有使孙黄关系破裂，但是，却在孙中山和宋教仁之间投下了阴影。宋教仁本来就认为孙中山“待人作事，近于专制跋扈”，当他得知此事后，就更增加了不满，从而萌发了“早自为计”的念头[4]。3月1日，他向孙中山辞去同盟会庶务干事一职。同月23日，偕白逾桓等离开东京赴奉天运动绿林武装。
对孙中山的不满使宋教仁以后一度参加了倒孙的行列，但在当时，还仅限于两人间；去奉天之后，宋教仁仍然使用中国同盟会孙文、黄兴的名义进行活动[5]。因此，在同盟会的内部矛盾中，国旗图式问题只是一个小序曲。
对同盟会分裂具有决定意义的事件是孙中山接受日本政府赠款问题。
清朝政府镇压了萍、浏、醴起义之后，感到对革命力量不可忽视，追寻“祸本”，认为出于流亡在日本的孙中山，因此，通过驻日公使杨枢等出面交涉，要求日本政府逮捕并引渡孙中山[6]。日本西园寺内阁对此采取两面政策，即一面向清朝政府表示，同意驱逐孙中山出境，一面又力争不得罪中国革命党人。日本政府通过内田良平、宫崎寅藏等对孙中山说：清廷要求日本把孙中山抓起来，日本政府考虑不抓，但孙中山必须迅速离日，否则不能保证安全[7]。同时，日本政府并资助五千元[8]，另一日本股票商人铃木久五郎也资助一万元，作为孙中山离日的经费。当时，孙中山因急需一笔款子去中国南方发动，以便趁热打铁，适应萍、浏、醴起义所带动的革命高涨形势，便接受了这两笔资助。
除赠款外，日本政府还通过内田良平出面为孙中山饯行。2月25日，内田良平在赤阪区三河屋设宴，应邀者有孙中山、章太炎、宋教仁、胡汉民、刘师培、汪东、宫崎寅藏、清藤幸七郎、和田三郎等人[9]。3月5日，孙中山偕胡汉民及日人萱野长知等南下。事后数日，西园寺内阁才通知清朝政府，已经驱逐孙中山出境。清朝政府立即大肆宣扬，炫为外交上的胜利。
对日本政府的态度，孙中山是满意的。他觉得，“各国政策无论如何文明，其对于与国必重于对民党，但日本政府两方面皆存好意，庶几平等相待”，“殷勤备至”[10]。他完全没想到，此事却在同盟会中激起了巨大的风波。
铃木久五郎资助一万元一事章太炎是知道的，孙中山曾从中提取二千元交章太炎作为《民报》经费[11]，章太炎嫌少，认为一万元应全部留下，但对日本政府资助五千元一事，章太炎等则一无所知。孙中山离日后，这一情况为参加同盟会的日本人平山周、北一辉、和田三郎等探悉，首先和中介人宫崎寅藏等吵了起来。接着，张继、章太炎、刘师培、谭人凤、田桐等也得知了这一情况，并传闻孙中山临行时的宴会就是一去不复返的保证，云云[12]。张继等认为孙中山“受贿”，“被收买”，“有损同盟会的威信”，便闹了起来，张继破口大骂，声言“革命之前，必先革革命党之命”[13]。章太炎把挂在《民报》社的孙中山照片撕下来，批上“卖《民报》之孙文应即撤去”等字。他以为孙中山在香港，便把照片和批语寄去，以羞辱孙中山[14]。可能为此事他还写过声讨性的檄文[15]。刚到日本不久的刘师培也同声附和[16]。他们一致要求罢免孙中山的同盟会总理职务。
在这一事件中，北一辉起了挑动和扩大矛盾的作用。他原是日本新瀉佐渡地方一个酿酒业主的儿子，因家庭破产而倾向于当时流行的社会主义思潮。1906年出版《国体论及纯正社会主义》一书。同年11月加入宫崎寅藏、和田三郎等组成的革命评论社。不久，又经宫崎介绍，加入同盟会。他认为孙中山是西欧主义者，因而，憎恶孙中山，接近章太炎、宋教仁等人。在其所著《支那革命外史》一书中，他自述说：“当时所发生之内讧，诸友皆以发生于不肖入党数月之后，因而归罪于不肖之行动。然而不肖方以彼等各自之色彩逐步趋向鲜明为快，深希彼等各自贯彻其思想之所向，因此敢于置不肖一身之毁誉于不顾也。”[17]从这段叙述不难看出，北一辉当时并不以同盟会的团结为重，而是强烈期望分歧加大。他又说：“以孙君英美化之超国家观视之，当其被逐时，日本政府赠予之数千金，未尝不可视为对亡命客所给予之国际怜悯，然以太炎国粹主义之自尊心视之，则深以孙君率留学生离去而不示威为憾，且认为孙君实不应密收金钱，如丧家狗之被逐，太炎之所以逼使孙君辞去总理之理由，亦可使人理解者也。”[18]《支那革命外史》一书写于1914年，虽然事隔已久，偏袒章太炎等人的感情仍然很强烈。
平心而论，双方都有其不当之处。
从孙中山一方看，他对西园寺内阁的两面政策缺乏认识，这是事实。但是，当时中国革命党人以日本为活动基地，日本政府并未采取明显的敌视态度，因此，自然不应采取率领留学生“示威”一类轻率的做法。孙中山处理不当的地方是：在接受日本政府赠款问题上没有和大家商量，并说明有关情况。(www.xing528.com)
从张继等一方看，他们反对孙中山接受西园寺内阁的赠款可能不无道理，但是，孙中山接受赠款是为了南下起义，他们视此为“受贿”是错误的，由此大吵大闹，提出革孙中山的命，要求撤换其总理职务尤其错误。章太炎的做法更是一种人身侮辱，是只图一时痛快、不顾后果、严重伤害同志关系的行为。
屋漏偏逢连夜雨。当东京的倒孙风潮正闹得沸沸扬扬的时候，又传来了黄冈、七女湖起义失败的消息。这是孙中山离日后领导的第一次军事行动，它的失败使同盟会的内部矛盾犹如火上加油，反对孙中山的人日益增多。张继等催逼同盟会庶务干事刘揆一召集大会，罢免孙中山，改选黄兴为总理。刘揆一认为孙中山接受赠款是为了供应黄冈、七女湖起义急需，当时，孙黄二人正在筹划于广东发动新的起义，“万一因总理二字而有误会，使党军前途，顿生阻力，非独陷害孙黄二公，实不啻全体党员之自杀”[19]。因此，力排众议。张继于盛怒之下，和刘揆一扭打起来。与此同时，刘师培则进一步要求改组同盟会本部。他自己想当同盟会领导人，并企图援引北一辉与和田三郎为本部干事，也遭到刘揆一的拒绝，因此，北一辉也对刘动了武[20]。
一波未平，一波又起。同年6月17日，为筹备在广东钦、廉二府同时起义，孙中山派萱野长知赴日购械。在宫崎寅藏协助下，共购得村田式快枪二千支，每支带弹六百发，计划运至白龙港起岸，供革命军使用。村田式在日本已经落后，在中国尚不失为先进武器。但章太炎却认为不能使用，吵吵嚷嚷地说：“这种式子在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白地丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏它！”[21]当时，宋教仁已被张继从奉天叫回东京[22]，他支持章太炎，并联络了同盟会本部的一些人，以《民报》社名义用明码打电报给香港《中国日报》，说是“械劣难用，请停止另购”[23]。因而，购械计划搁浅。
在倒孙风潮中，陶成章支持张继、章太炎等。据当时人回忆说：“其时党人购买枪械靠日本浪人介绍代购”，“章太炎先生与陶公均主宁可少购，购必精良”，“而孙黄二人但求其多而价廉，认为械多可张大声势”，“陶于争论时坚持尤力，因与孙黄失和，我彼时耳闻其事，曾于日比谷昌口医院访陶时有‘大家不要争夺领袖’的话，陶闻言即谓：‘年轻人不要胡说’，但言词之中却嫌孙先生武断”。[24]这里所说的“争夺领袖”虽被陶成章斥为“胡说”，但证以上引其他史事，当是事实。
倒孙风潮中支持张继、章太炎等的还有谭人凤、田桐、白逾桓等，但他们的表现不那样突出，以后的表现也不尽相同。
钦廉起义由孙中山亲自策划。他联络了当地抗捐的民团，联络了在清军中任职的同盟会员赵声和郭人漳，并派黄兴和王和顺归国领导。原以为只要武器一到，立即可以组成一支“声势甚大”的军队，然后收两广，出长江，汇合南京、武昌的新军，形成破竹之势，“革命可收完全之效果也”[25]。及至王和顺攻克防城，武器不到，孙中山自觉失信于起义同志和当地团绅，极为恼火，便由胡汉民出面致函同盟会本部，“力责之”，表示要执行党中纪律。不久，又派林文回东京，禁制章太炎和宋教仁，令其以后不得再干预军事问题[26]。9月，孙中山致函宫崎寅藏，谴责平山周、北一辉、和田三郎等“不顾公义”、“破坏团体”、“侵入内部，几致全局为之瓦解”。他将运动日本各方面的任务交给了宫崎一人，表示“不特平山、北、和田数子，不可使之闻知”，连同盟会本部及《民报》社中人，亦不必与之商议[27]。在同盟会的内部分歧中，北一辉等起了恶劣的作用，孙中山完全应该采取断然措施。但是，专任宫崎一人，却危险地表现了抛开同盟会本部和民报社的意向。
由于东京同盟会本部的混乱状态日益严重，刘揆一写信告知黄兴，又写信给冯自由、胡汉民，引用“万方有罪，罪在一人”的譬语，要求冯、胡劝孙中山向东京同盟会本部引咎谢罪。对此，孙中山复函谓：“党内纠纷，惟事实足以解决，无引咎之理由可言。”[28]他表示可以辞去总理一职，但必须在同盟会本部及章太炎承认不是之时[29]。刘揆一要孙中山“引咎”，意在以孙中山的高姿态来平息越来越盛的倒孙风潮，但这是一种息事宁人的糊涂做法，孙中山对此表示拒绝是正确的。但是，他没有及时采取积极措施来分辨是非，增强团结，而是等待“事实”的解决，要求同盟会本部及章太炎“承认不是”，这就不仅将分歧的种子保留了下来，而且以感情代替了理智。
在孙中山复函刘揆一的同时，黄兴也复函称：“革命为党员生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得有成功，乞勿误会而倾心拥护，且免陷兴于不义。”[30]孙中山是当时中国革命民主派的一面旗帜，黄兴以其正确态度维护了孙中山的威信，也维护了同盟会的团结。但是，他也没有做更多的工作来消除矛盾。
由于黄兴拒绝出任同盟会总理，东京的倒孙风潮暂时平息下来了，但双方的对立情绪仍然存在。这年7月6日，光复会会员徐锡麟在安庆发动起义失败，清吏在审讯时问及行刺是否为孙文指使，徐锡麟答道：“我与孙文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”[31]在同盟会成立后，徐锡麟始终拒绝加入同盟会，他与孙中山“宗旨不合”的情况早已存在，但是，“不配使我行刺”云云，显然由于倒孙风潮的影响，它反映了光复会领导人对孙中山远非一般的不满。
历史上的政治斗争不乏借题发挥的例子，倒孙风潮可以说就是如此。它借助于几个具体问题爆发出来，其中隐藏的是深刻的思想分歧。
倒孙风潮的主力是张继、章太炎、刘师培、陶成章，他们当时都在不同程度上接受了日本社会主义运动中正在流行的无政府主义思潮的影响。
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