俄国驻华公使廓索维慈照会外务部，声称京外各报，登载中俄交涉事，“肆意诋毁，摇惑人心，请设法抑止”[161]。同时，日本驻华代理公使也照会外务部，反对中国人民普练民团。照会说：“近来奉吉各处商民，啸聚日多，日夜操练，名为防匪，实系排外，若不即时查禁，恐又肇拳匪之祸，务请设法解散，以遏乱萌。”[162]
清政府秉承帝国主义的意旨。3月1日，外务部致电各省督抚，指责外间报纸关于片马、伊犁的交涉“言多失实”，又指责留日学生的举动“摇惑人心，牵动全局”，要求各省督抚“解释谣言，严密防范，勿任酿成事端”。[163]同时，汪大燮也密电外务部，声称东京留学生“其势汹汹，不可复遏，诚恐激成暴动，关系大局，请转致学部、陆军部设法预防”[164]。其后，清政府学部、陆军部、政务处纷纷致电各省督抚，要求“切实查禁”，“严加防范”，甚至声色俱厉地表示：“嗣后倘有前项情事，惟各该主管是问。”[165]在清政府的严词督责下，各省督抚及有关官吏纷纷照办。
首先是控制舆论。早在2月下旬，两广总督张鸣岐就根据清政府新近公布的报律，出示禁止各报登载中英、中俄、蒙藏交涉各事，违者罚款，或将记者监禁六个月[166]。3月初，汉口某报登载留日学生来电，湖广总督瑞澂立命巡警道传谕各报馆，不准刊登有关函件，违者按律究罚[167]。
其次是禁止开会集议。瑞澂称：“边务交涉，朝廷自有主持，岂容无知学生开会干预。”[168]陆军部要求各省陆军学堂严禁学生预闻。保定陆军学堂有几个学生试图开会，竟被诬以“将据火药库作乱”[169]而遭逮捕。
清政府尤为恐怖的是结社。当时，清政府虽已颁布结社律，但那不过是一种装饰。保界会向清政府申请立案时，清政府即以“国家政事不准干预”为理由，通电各省禁止[170]。对于敢死团，清政府更为惶恐，密电江督，“严查团内主名，速行驱散”[171]。4月27日黄花岗起义后，驻日使馆向清政府报告，“广东革党起事，确系国民会主谋”，要求拿办归国代表，于是，皇族内阁立即电令各省严防国民会员至内地“煽惑”，并查禁国民军[172]。但是，这些禁令并未起多大作用，运动还是在一些省份内得到了发展。
东北 留日中国国民会派赴东三省的代表王葆真（卓山）、金树芬（鼎勋）于4月下旬抵达奉天后，即从事公开和秘密两方面的活动。公开活动有：会见东三省总督赵尔巽，联络谘议局、教育会、商会、农会各团体，组织体育会及国民会奉天总会，同时又注意团结满族、蒙古族爱国人士。他们还在旗籍人士广铁生、关天生的积极支持下，创办《国民报》。秘密活动有：会见陈干、商震、刘艺舟等同盟会骨干，决定分头联络同志，促进革命运动[173]。9月14日，国民会吉林分会成立，以蒙古族人士庆山、杨梦龄为会长，满族人士松毓为副会长，金树芬为干事长[174]。
福建3月中旬，福州城乡大量出现速办团练的传单，陈述英、法、俄侵略中国的危急形势，声称“在今日欲求自保之道，莫如筹办乡团”。传单还要求“乡乡有团，人人能兵”，“由一乡而一县，由一县而一府，由一府而一省”，形成乡团的大联合。22日，福建商务总会召开特别大会，议决仿照上海办法，筹办福州商团公会，规定每一商号至少须出一人入会操练。[175]26日，闽县城镇自治联合会提议市区组织商团，近郊组织体操会，乡村组织农团[176]。4月7日，上海福建学生会急电福州《建言报》，声称各国在巴黎密议瓜分中国，要求故乡父老“速办民团，图死抗”。此后，《建言报》连续发表《呜呼福建》，《再告我福建同胞》等文章，号召福建人民行动起来，拯救福建[177]。5月上旬，留日国民会代表孙容居等30人及福建旅沪同乡会、学生会代表等结伴归闽，访问谘议局议长及常驻议员。22日，谘议局、教育总会、商会、实业协会等团体集会，议决用个人名义签禀呈递闽督，请求速办民团。(www.xing528.com)
在各方倡议下，厦门体育会、建宁府体育会、福州商团、霞浦团练筹备会、福建团练期成会等先后成立。
浙江6月上旬，留日学生代表俞景朗、詹麟来、吴玉、李砥、李复真及旅沪同乡代表许开甫等回浙，访问谘议局议长沈钧儒。15日，在法学协会集会，决定组织全浙国民尚武分会，推沈钧儒起草章程。该会发起人除沈钧儒外，还有同盟会员陈训正、许炳堃、褚辅成及地方知名人士经亨颐等[178]。30日，该会召开成立大会，以徐班侯为会长，褚辅成为副会长；上海国民总会代表章梓、陈其美自沪莅会，以示支持。
全浙国民尚武分会要求各府州县普遍设立学团、商团、工团、农团。成立会后，俞景朗、李砥、吴玉、陈训正等分赴绍兴、台州、湖州、衢州、宁波、嘉兴、严州、金华、嘉善、石门等地活动，陆续建起了一部分国民尚武分会和民团。
运动发展得较为顺利的还有山东、江苏等省。留日山东国民分会所派代表丁惟汾、颜仲文于6月1日抵达济南，遍访绅学各界，先后在谘议局、教育总会等处召开谈话会，决定成立山东国民分会。江苏由于工商业、教育业较为发达，因此，无锡、南通、苏州、宜兴、江都、丹徒、丹阳等地普遍建立了国民分会、商业体操会、体育会、商团体育会一类组织。此外，运动在云南、广西、广东、湖北、直隶等省也有不同程度的反应。
海外华侨积极支持国内反帝运动的发展。3月份，秘鲁侨商何贺民等致电粤商自治会称：秘报盛传瓜分中国，侨民震悼，迄速电复，并分呈各界[179]。同月，横滨华侨致电北京资政院及各省谘议局，声称“列强无理要求，南北进兵据扰”，要求“筹策对待救亡”。[180]5月28日，横滨富商张泽广、缪菊辰、邓浩辉等人发起召开在日华侨大会，邀请李肇甫、马伯援、夏重民等参加，呼吁创设国民军，并募集经费。侨商们表示：“能救中国者，吾辈愿生死供养之。”[181]同月下旬，泗水华侨散布传单，主张“有力者出力，有财者出财，联合各省民团，倾覆恶劣政府”[182]。6月初，泗水书报社发起筹集救亡捐，以之作为国民军的后盾[183]。不少华侨表示：“区区军费，当竭力相助。”
上述事实说明，只要帝国主义的侵略存在，只要清政府坚持媚外卖国政策，那么，中国人民的反帝爱国运动就必然是不可阻遏的。在拒英、拒法、拒俄运动之后不久，保路运动又以更大的规模爆发，并且迅速演变为推翻清王朝的全国性武装起义。
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