在拒俄运动的第一阶段，主要还是改良派在活动；到了第二阶段，运动发展为革命派和改良派的联合行动，革命派对运动进程的影响日益显著。随着运动的深入，革命派和改良派之间的分歧愈益明显。斗争也日趋尖锐。
1903年4月27日的张园拒俄会，据改良派的报纸说：“因有二人演说之词不合众意，众人有上前驳诘者。”[52]又说：“有一党人及野蛮浮薄之学生等，专以败坏秩序为事”，“肆意骚扰”。[53]显然，这是指革命派对于改良派的斗争。不久，改良派的机关报《中外日报》机关发表论说，含沙射影地攻击革命派在拒俄运动中的主张“不合时势”，是什么“人方病寒而投之以治热之药”。[54]针对这种挑衅，激进的《苏报》指出：张园拒俄会是爱国集会，表现了中国人民“国家思想之萌芽”，应该“引而进之”，不应该消极指责。又指出：《中外日报》的态度是一种“保守”思想，其主笔是“素与康、梁为缘者也”。[55]
戊戌变法后，革命派曾企图争取改良派共同反清，改良派中的某些人如梁启超等也曾虚与委蛇，显示出一副要与革命派合作的样子。他们之间的分歧发展为公开论战，拒俄运动中的斗争是一个环节。冰炭不相容。当时曾有人投函《苏报》，要求双方“晤谈”或“函商”，遭到《苏报》的明确拒绝。[56]在国民公会问题上，改良派和革命派的斗争就更加白热化了。最初，国民公会标榜“无所谓派别”，它的报名地点既设在爱国学社，又设在《新民丛报》上海支店，是革命派和改良派的联盟。然而，在发展进程中，康有为的门徒龙积之和国民公会发起人之一冯镜如把它改名为国民议政会，力图纳入“立宪”运动的轨道。他们竭力宣扬：“皇上者中国之皇上”，计划以7月9日为陈请慈禧归政光绪的日子。龙积之等人的企图受到了邹容的坚决抵制，邹容带头痛骂冯镜如，爱国学社学生纷纷脱会，迫使国民议政会无形解散。[57]
感受到革命派的威胁，改良派的枪头就逐渐指向革命派了，这以后，他们也还谈沙俄等帝国主义对中国的侵略，但主要是为了吓唬清朝政府，同时也吓唬革命派，为其改良主义的政治主张服务。《中外日报》发表过一篇题为《论政府当求消化乱党之法》的论说，说是革命党兴起的原因就在于：清朝政府任凭沙俄占据东三省，于是革命党就认为政府没有顾惜土地与悯恤人民之心，想造反了。为政府计，应该“锐意维新”，这样，革命党就会“消化”，“普天之下悉是甘雨和风”了。[58]在另一篇题为《革命驳议》的论说里，改良派扬言：一搞革命，就要发生内乱，外国人就会乘虚而入，沙俄以“平乱”为借口侵占东北就是前车之鉴。文章耸人听闻地批判革命派道：“奈何欲自启乱机，而勾引外人，使其瓜分吾宇耶？”[59]你想革命吗？一顶卖国主义的帽子就甩过来了。
与改良派针锋相对，革命派指出，小小变法只能起欺骗和装饰作用，解决不了挽救中国危亡的问题。至于帝国主义的干涉也并不可怕，只要革命思想能普及全国，“人人挟一不自由毋宁死之主义”，那就可以和侵略者相周旋，即使不幸被强敌所屈服，但黄河伏流，一泻千里，总有消灭帝国主义“殖民政略”的一天。[60]改良派惧怕帝国主义，不敢革命；革命派不那么怕帝国主义，所以敢于革命。但是，怕根未净，总觉得打起来不是帝国主义的对手，因而不敢坚决反帝。
改良派宣扬光绪“圣明”，清朝政府可以依赖；革命派就以清朝政府丧地辱国、镇压拒俄运动、投降沙俄为例说明其不可依赖。1903年时章太炎指出：清王朝的“满洲故土”已经被沙俄抢走了，不能把丧失国土的罪魁捧出来当元首[61]。1904年初，孙中山也指出：东北是清朝的“发祥之地”，这样的地方都丢了，发展下去，必然是“日削百里，月失数城，终底于尽”。要挽救国家的危亡，必须“发奋为雄，大举革命”，“倾此残腐将死之满清政府”。针对改良派畏惧帝国主义干涉的懦夫心理，孙中山还指出：“我愈畏缩，则彼愈窥伺”，叩头、乞怜不能阻止帝国主义的侵略。他以清朝政府为例说：“清国帝后今日日媚外人矣”，“媚外人之中又与俄为最亲暱矣，然而据其发祥之地者则俄也”。[62](www.xing528.com)
不同人从同一事件中常常会引出不同的结论：沙俄侵夺我国东北，改良派由之引出的是中国不能革命，革命派由之引出的是中国必须革命。
谁掌握真理，谁就将赢得群众。拒俄运动期间，革命派和改良派的斗争还只是一次前哨战，但是，胜负却很快就有了分晓。
1904年底，日本《万朝报》译载德国一家报纸的议论，提到一项世界商业统计表已经承认我国长城以北为沙俄的势力范围，因此，在留学生中引起了极大骚动，改良派乘机活动，再度企图将拒俄运动引入“立宪”的轨道。先是由梁启超的一个门徒出面召集四川留学生开会，提出了一份《要求归政意见书》，共六条，要求慈禧太后归政光绪，宣布立宪，召还康有为，并决定推张澜为“伏阙上书”的代表。
1905年初，中国留学生就《要求归政意见书》展开大辩论。结果，大多数人反对。福建、安徽、贵州、直隶四省同乡会批评其为“不切时势，无补时局”，江西同乡会批评其为“徒事喧嚣，毫无实际”，两广同乡会在留学生会馆贴出了“两粤学生全部大反对川策六条”的标语，广西同乡会则明确宣告：“抵御瓜分之策，以革命为宗旨。”[63]
改良派遭到了一次惨败。这次辩论预示了《民报》时期革命派对改良派辩论的大胜。
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