长期以来，由于受传统的计划模式局限的影响，高校和科研院所的合作制度上弊端明显。具体表现为，科研计划由自上而下指令，容易导致知识产品和市场需求、社会需求的衔接不畅，致使学科结构缺乏市场弹性，学科方向和科研活动死板僵化；导致高校与科研院所的行政化；科研工作多头分离，科技项目重复投入，学科点和实验室、设备等重复建设，缺乏对科研工作的统一规划和通盘考虑，资金、人才和硬件资源利用率低下，存在诸多浪费。高校与科研院所多短期合作，缺乏长期持续的合作创新机制，其中包括激励机制、知识产权保护机制、科研合作规划机制和市场运作机制、人才培养与流动机制等，科研人员缺乏创造性和积极性。仅靠政府的财政拨款制度非常单一，致使高校与科研院所的科研活动很大程度上由政府财政推动，加上高校与科研院所机构数量庞大、结构臃肿、人员冗多，给政府财政带来沉重的压力。
某科研院所D老师表明了以下观点：[54]
科研成果转化率低是过去实行计划经济体制所残留的特有的问题。不彻底改变我国对高校和科研院所的科研管理制度就不可能从根本上解决这一问题。我国对高校和科研院所的管理沿用对行政机构的管理办法，导致科研活动的低效率，极大地挫伤了科技人员的积极性。过去科技体制上的一些改革也并未从根本上改变国家对科技体制管理的实质，而只是对管理的方式作了一些调整。尽管科研拨款制度已经进行了些许改革，但许多纵向和自选课题数年，甚至十数年一贯地得到经费的支持，因人设事的性质很明显。这种科研课题所产生的科技成果从来源上就很难具备转化为现实生产力的可能性。
科研体制的改革对公共科研院所的科研活动导向带来了一系列尚待解决的问题：首先是继续承担理论研究，尤其是基础理论研究的科研单位与高校之间的关系问题。科研体制改革导致科研院所和高校创新活动的各自定位出现了一些重叠，这与高校近年来积极推进研究事业以及与企业合作创新的倾向有重要联系，导致科研院所与高校研究定位的分界线不甚清楚。地方科研院所和中科院所属的科研院所在科研经费投入结构上和工科高校较为接近，而中科院直属部门的研究开发支出结构则在师范类高校和综合性高校之间，尤其是和综合性高校更加接近。(www.xing528.com)
其次是高校和科研院所在研究功能上的错位竞争问题。即一些继续承担基础研究的科研院所，在创新分工中和高校科研活动之间的分工关系问题。对于一些仍然隶属于政府相关部门的大型科研院所而言，目前的研究定位有很强的不确定性，主要的矛盾在于这些院所的长期发展目标和现实的经费来源方式上的矛盾。这些科研院所在我国创新体系中主要承担提供产业共性技术的跟踪和研发的角色，为产业的长期发展构建一个提供共性技术创新的平台，保证相关产业的长期技术竞争力。但是，在科研经费的投入方式上，经过改革，国家在科技平台建设的资金投入形式主要以项目投入为主。科研机构作为主要成员参与到这类项目合作中，由于研究项目一般具有针对性强、时效性强等优点，往往要求以“短、平、快”的特点产生成果，这些成果一般为产业的具体某项技术创新而服务，与科技创新平台提供产业共性技术研发的目标任务存在矛盾，与平台（基地）建设的持续、稳定发展目标有较大的差距，项目合作难以兼顾共性技术的共用性和前瞻性。但科研项目合同的收益总是不够弥补创新体系为实施项目研发而投入的所有研究成本。这是因为有关基础研究的投入，是进入市场竞争的一个前期准备，是脱离市场环境实施的非市场导向型研究。属于类似公共产品提供的阶段，这部分投入需要政府公共财政的支持。而以应用研究为职能的科研院所如何在比较短的时间内，以较小的代价实现市场化的转轨正是亟待解决的问题。
某科研院所行政人员赵坤（化名）老师谈到了创新资源配置低效、不合理的原因：[55]
长期以来，研究开发的经费大多是针对具体研究开发项目来确定和投入使用的，条件建设也必然围绕该项目来开展，因而科技条件建设缺少国家、区域的整体布局。我们院绝大多数大型仪器设备购置费、实验室建设费和运行费都直接来自于公共财政。虽然从表面上看，是研究院占用了国有资产，但是从深层次看，是研究开发管理制度改革不到位，市场机制在创新资源的形成和利用过程中没有能够充分发挥作用。试想，如果单位的大型仪器设备完全是自筹资金或贷款购置的，而又必须返本付息，则还会存在如此惊人的重置和闲置现象吗？
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