学习型区域建立的学习网络，高校和企业间的互动学习合作是知识创新的重要来源。在我国目前的国家创新体系中，以科技部为核心的一系列政府部门全面主导的各类科技发展和创新资助项目从某种形式上为高校和企业之间提供了一个创新合作的平台，但是就企业的创新主体作用而言，这个平台的形式还是有不少欠缺，没有从创新的技术方向和成果的形式上充分引入企业的需求，以及根据市场的变化进行动态性的调整。从“863计划”到目前各类科学基金项目的安排，基本上是一个自上而下的合作平台。虽然高校和企业通过一些重大项目和工程实现了相关创新活动的合作，为企业带来了经济效益，但是双方之间自发的合作以及长期性的互动机制仍然有诸多的不足。
正如某高校科技处马华（化名）老师所说：[41]
我们的高校在科技成果转化和高新技术产业化工作中虽然取得了一些成绩，但高校服务于经济建设的潜力和优势未能充分发挥，距离我国国民经济和社会发展对高校的要求还有差距。高校和企业合作缺乏健全的协调制度，致使研究、开发、生产被分割成块，实行多头管理，尽管这样做分工明确，但三者却不能很好地相互衔接起来，这样整体创新能力就无法发挥出来，值得注意的是在创新的过程中，开发这一环节连接了科研和生产，因此成为创新的关键环节，但这一关键环节恰恰成为薄弱环节，这使得高校尽管科学研究硕果累累，但却大量沉积，无法实现转化，制约了高校参与国家，乃至区域创新体系建设中所发挥的作用。
我国在过去几十年来形成的科研状况是，数十万高层次的研究人员主要集中在高校，但是没有很好地利用这深厚的创新资源。企业与高校之间欠缺科学、高效的互动合作机制，这个问题成为目前我国创新体系中亟待改进的环节。科研项目的立项很多是上级部门下达的，没有基于企业实际需求的信息汇总，因此较多科技成果也不是企业所需要的。缺少有效、快捷的制度体系和平台，便于为高校自身的研究成果寻找转化市场和合作企业。一些企业苦于无法找到自己想要的东西，这导致了大量的科技资源浪费。
缺乏科学的、有前瞻性的长期规划和高效率的实施措施，企业自身无法很好地吸收外部的科研成果。我国高校与相当数量的企业之间的合作层次依然很低。通常依据来自科技部等有关部门科研基金的拨付项目，合作以研究课题的形式或创建科研项目小组，然后遵照专项课题的需要，建立课题小组，其成员选自高校和合作企业，合作于项目或者课题完成、结题上报后结束。这种临时、短期性的合作模式没有持续性，具有非常突出的缺陷。高校与企业合作缺乏长效、持续的机制，之间就很难形成稳固的创新网络。短期的项目合作往往只能解决企业面临的短期技术难题，或者就是为满足一些项目申请必须有企业之外的研究机构参与的特定要求而临时聘请科研人员。处于双方主观意愿的不强烈，以及合作平台和服务机构的欠缺，三方之间的人员交流仅限于课题或者项目的进行过程中，自发的交流和沟通不强，往往导致科研成果与企业要求的市场性不符合，这个局面反过来影响到高校的科技成果转化，对促进产业的技术升级构成了一定的障碍。
就企业内部而言，创新能力很大程度上受到企业制度上存在的出资人不到位、产权不明晰、组织和管理不对称、法人治理结构不健全等的制约和束缚。就外部环境而言，主要涉及一系列的制度安排，其中最主要的是与创新直接相关的风险管理制度、奖励制度、知识产权制度、税收制度、科技咨询和服务体系以及不直接相关的分配制度、金融制度等。
从高校与企业合作的深度来看，联合开发是最有效的，既有助于企业更快地获得高校的创新知识，推动自身的基础研究水平，也促进了高校更高效地实现理论成果的应用导向推进和市场导向的产品开发。不过目前这种方式应用得并不广泛，原因在于三方各自内部对创新成果认定方式存在差异，彼此的工作绩效考核模式也是各不相同，加上缺乏很好的创新风险管理措施，导致各方之间在具体的利益共享和风险分担方式上往往无法达成共识，影响了联合开发方式的发展。
企业把技术攻关项目委托给高校完成是当前经常存在的合作方式。由于项目委托合作方式的局限性，合作过程中企业和高校间欠缺主动沟通与协调，高校最终的成果往往不能合乎企业的需要。高校的研究能力建设没有真正地考虑市场发展的需要，高校的教学和研究导向与企业界的实际需求和市场要求之间存在差距，高校对企业仅仅是“外脑”，虽然理论知识很新，但对市场运作的机制并不了解，企业将项目交付给高校，很自然地就认为他们应该能够作出符合企业要求的成果。
学习型区域内高校和企业彼此间获得自身创新和发展所需的互补性资源需要一系列科学制度的支撑，通过制度创新融合高校科研体系和企业生产体系。我国高校往往只重视科研项目的申请、立项、鉴定等过程，对科研成果完成后，如何迅速地转化为现实生产力的问题却忽视了。结果，我们看到的是每年高校完成的课题研究不少，但是真正实现成果转化、取得较好经济效益的却不多。传统科研管理体制在高校成果转化方面缺乏主动性和积极性，不利于社会生产力的发展和进步。(www.xing528.com)
某高校科技处的梁薇（化名）老师就表达了类似上述观点的意见：[42]
高校不仅是我国重要的教育中心，而且是我国重要的科研中心，有着很强的科研实力和很好的科研平台，拥有一大批科技成果，但是高校的一大特点是基础研究承接周期长、见效慢。由于制度原因，长期以来高校科研成果的价值大多单纯以获得国家经费的多少、发表论文数量和所获奖励级别等来确定。这种评价体系仅体现科技成果的技术价值，而忽略了市场价值，结果导致科研单纯追求学术价值而与市场需求脱节，也使得高校巨大的创新潜力没有发挥出来。
我国由于种种历史和现实、体制和机制的原因，知识创新和技术创新之间的关系十分松散，始终缺乏造就企业自主创新的驱动力。企业发展的目标在于追求生产利润、获取经济效益。挣得更多的财富是企业技术创新的内部推力，在激烈的市场竞争中生存和取胜是企业技术创新的外部强制力。而我国市场机制尚不完善，企业的市场主体地位没有完全确立，因此企业的技术创新缺乏根本动力。高校追求高质量的知识成果，可往往由于来自市场的压力和激励不足，科研始终与企业生产缺乏联系。上述这些情况，都是高校与企业合作平台没有建立，企业技术创新能力薄弱的原因。
国际经验显示，核心技术的产生需要大投资、实施长期研发机制。许多企业产权界定不明，管理机制不完善，因而欠缺创新的能力和积极性。许多没有政府资金扶持的中小型高科技企业由于企业规模不大，研发队伍也形成不了规模，因此欠缺技术创新的能力；中小型企业抵制风险能力不强，发展前景难以预料，因而欠缺长期研发的战略；技术、特别是核心技术的研发需要大量、长期、持续的资金投入，而相当部分的企业缺乏足够的资金支持。
目前，我国实行的是科技、教育和经济分立的创新管理体制，大学、科研院所和企业分属教育、科技和经济多个部门管理，各部门间缺乏有效协调。科技、教育、经济发展的结构不平衡，体制改革的不协调配套，不仅造成了我国科技资源的分散设置，而且导致了机构重叠、政出多门和各自为政，使得创新体系呈现多角分散的局面。
高校与企业合作创新缺乏动力，知识转移的措施不灵活、机制欠缺，技术应用转化能力薄弱，转化成果缺乏核心竞争优势。根本原因在于，现行高校体制封闭，院系学科资源分割，科技研究、教育培训与企业生产之间没有建立起密切的沟通交流通道，高校与企业之间优势互补、利益共享、紧密合作、共同发展的合作机制没有真正形成，现有的各种合作形式大多是政府行政推动的结果，市场利益机制对各创新主体结合的推动作用没有很好发挥出来，所以高校与企业的合作总体上表现为外部板块式的黏和，而不完全是内在的有机融合，高校与企业协同创新的规模效应和制度优势还未能有效发挥出来。
高校普遍没有建立完整规范的知识产权管理和保障制度，既造成了知识产权受侵占，又削弱了专利转化的积极性。高校未建立规范的知识产权保护和管理制度，导致教师个人或与高校合作的企业对高校所拥有的知识产权不是通过依法的程序取得，而是随意进行处置，对高校知识产权的侵占现象屡见不鲜。
由于学校普遍缺乏规范的知识产权转让制度，也缺乏由专业人员组成的技术转移机构提供的专业服务，使得教师个人或学院要么对其研发的技术成果不经过学校的管理部门而自行转让，要么面对需耗费大量时间进入自己所不熟悉的应用转化领域或知识成果转移及许可的漫长商务谈判，出于风险和转化成本而停止转化。
目前，高校和企业都在相对封闭的体系中进行技术发展和创新活动，在社会整体性信息透明度不高和信息传达机制不完善的情况下，尚缺乏针对技术创新活动的一个提供创新的需求和供给情况的信息平台以及成果产生后的传播与推广机制。这个条件的缺乏导致创新价值链各个环节之间的衔接有误，甚至是价值链内的创新信息的传递和市场化的过程出现中断，创新价值链的最终价值就无法实现。形成这个局面的原因是多方面的，主要成因是目前没有在以基础研究为主导的创新价值链的创造过程中建立灵活的纽带，科学技术与市场需求脱节的现象仍然存在。
我国长期存在着企业与高校合作效率不高的状况，已经成为创新体系发展中一个非常突出的问题。其背后的实质在于产业系统内的技术进步和高校的科研发展之间的矛盾，两者之间彼此脱节的现象的重要原因是经济、科技在两个相对封闭的系统内各自推动科技进步。由于前者是产业系统内的，主要依赖企业投入资金，以市场为导向，顺应产业发展的规律。而后者是在科研系统内的，依照科研体制的规律进行，带有自上而下的行政色彩，没有完全走出自身的小循环，更没有全面进入经济社会发展大循环体系之中。因此，高校科研与企业生产没有形成汇集点，产生出两条平行线，科研和市场效益根源上发生脱节。高校的研发活动，通常只注重技术指标的领先性和相关参数的合理性，倾向于单一的技术研究导向，欠缺对市场规律和需求的准确把握，致使最终成果缺乏市场竞争能力；不少科技成果虽然技术水平很高，可是无法应用于产业规模化生产。这些是多年来科技成果转化率不高的根本原因，也是高校的科研成果无法实现“技术转移”，而企业的技术进步需求无法从高校获得帮助的根本原因。高校与企业合作必须从市场，特别需要挖掘区域的市场特点，自下而上的建构创新体系，提升自主创新能力。
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