学习型区域创新能力较高应具有以下诸方面的表现：“科研投入高，作为学习型区域的研发投入占GDP的比例一般在2%以上；科技进步贡献率高达70%以上；自主研发能力强，通常对外科技倚赖率低于30%；创新产出高。”[6]
数据显示，我国整体创新能力不强，“我国科技成果转化率长期在20%～30%之间，与发达国家的40%～60%相比差距不小；我国科技进步贡献率是30%左右（发达国家在60%以上，美国高达80%），对国外引进技术的依存度是54%左右，拥有的三方专利数还很少；我国人均劳动生产率仅为日本的1/26，美国的1/25，德国的1/20”[7]。我国科研创新能力，截至2004年，位居世界中流，处于49个主要国家中的第24位。国家创新能力欠缺制约了学习型区域的发展。
学习型区域的发展需要高质量的高等教育。“1999年，我国高等学校实行了大扩招，规模扩张使高校办学基本条件出现下滑，全国普通高校生均预算内事业费（公用经费加入员经费）由1998年的6775元下降到2005年的5376元，有些高校不到1500元。由于公用经费不够，一些高校教学仪器设备、图书明显不足，部分地方高校办学条件紧张，有的高校甚至不具备正常办学的基本条件。”[8]2005年，全国普通高校在校生人数比1998年增长了4.6倍，但是专任教师人数只增长了2.4倍。高校扩招，一方面，普及了高等教育，使高等教育走向大众化；另一方面，却使高等教育质量受到一定影响，高校发展的现状不能满足学习型区域对于知识生产主体，尤其是核心主体高校的质量要求。
另外，某高校科技处的吴军（化名）老师，表达了这样的观点：[9]
虽然科教兴国战略实施了多年，一方面，政府协助高校提升了创新能力，这是我们科技工作者的共识；另一方面，政府的一些措施也有些欠妥或不合时宜的地方，可能妨害我们高校进一步提高办学质量和创新能力。现在，政府比较强调高校搞科研，要建设研究型大学，没有从整体上重视高校作为一个兼具教学的办学实体的发展战略问题，所以教学与科研两张皮的问题开始越来越突出，教学、科研、社会服务三者疏离和割裂的情况，缺乏科学、及时的战略机制将高校的人才培养、科研创新有效整合起来，妨碍了高校带动社会创新理想目标的实现。
目前，高校内部资源分类及其差别化定位上存在不合理问题。一是一些高校在学校发展定位上缺乏个性，目标不明，模式趋同，学科同构；二是盲目攀高现象较为普遍。一些学校不顾自身实际水平和资源特色，都宣称要建设成为综合性的世界知名大学。
随着我国进入大众化高等教育发展阶段，高校科技资源相对集中的趋势更加明显，高等学校呈现出多层次、多类型、多元化办学的新格局。在此背景下，高校分层定位显得更加重要。
一般而言，要求每一所高校都承担科学研究任务，并将科研成果作为评估高校办学质量的重要标准未免矫枉过正。作为与精英教育相契合的“研究与教学统一”的办学原则，并不具备普适性。因此，以不同资源特色、学科专业优势和不同区域特点实行学校定位，才是可取的原则。另外，高校普遍推进科研规模，科研资源的分散会导致传统研究型大学在区域创新发展上无法发挥优势和潜力，这既不利于高等教育的多样化和可持续发展，也不利于特色化学习型区域的建设。(www.xing528.com)
学习型区域需要以高校为核心的高质量知识生产，但这离不开政府的战略支撑。长期以来，一些深层次的矛盾和问题并没有妥善解决。其一，高校是办学主体，应独立为其教学、科研及社会服务活动负责，然而高校主要还是依据政府的指令进行办学，缺乏完全的自主权，这是妨碍高校依据自身办学规律和市场规律提高学术水平、办学质量和办学效益的根本原因；其二，当今高校发展主要依赖自身的体制创新和拓宽与社会合作的路径，政府通常将新增加的教育支出用于基础教育和所谓世界一流大学的建设。
在国家主导的经济体制下，高等教育借以运行的逻辑起点是国家发展规划与计划，高校只是整个规划与计划中的组成内容，“高等学校自身计划只不过是政府及教育主管部门的宏观计划的分解，高等学校只需对政府及主管部门的计划负责”[10]。
从形势发展看，社会主义市场经济体制已经确立，知识经济的挑战日益凸显，以往高校赖以生存的环境已经发生很大改变，高校以往的优势在今天的大环境下日益凸显出自身的弱点和缺陷，这些弱点和缺陷严重制约着区域创新体系的优势发挥，以及高校在建构区域创新体系和学习型区域建设中的主力军作用。
作为独立社团，高校应根据市场和社会的需求反应设计自己的行动，而现实是高校主要面对政府而不是社会。换言之，高校与社会之间的资源输出入是通过政府实现的。虽然政府的计划行为在不断地弱化，但基本运作制度并没有根本改变。
湖北省教育厅编志办的L同志亲身经历了政府对高校并校的历史干预过程，他说：[11]
在“共建、调整、合作、合并”八字方针指导下，高校合并形成高等教育改革的一个高潮。不可否认，高校之间合理的归并对于发展有诸多有利之处，如有利于高校资源的共享和优化配置。但在高校合并、搬迁的运作过程中，政府、特别是地方教育行政管理干预过多，过于强调长官意志，教育研究部门的决策咨询也一定程度上以教育行政部门的主管领导的意见为转移，教育部门对合并的热情很高，学校没有充分的自主权。政府部门的过多干预，为高校科研创新带来诸多负面影响。
按照市场经济的运行规则，政府对于高等教育的管理应以宏观管理为主，“政府的作用不是设法把它们（高等学校）管住，而是进行宏观调控和协调，从而为基层创造良好的环境和条件，使它们能够生动活泼、主动地得到发展。”[12]实际情况是，政府行政行为并有根本改变，宏观调控也不力，致使高等教育条块分割突出、层次结构失调，高等学校和专业科类重复设置、专业过窄，低水平、低效益、不能适应现代科技、经济、社会发展对人才培养的要求，不利于学校提高办学水平和教育质量，也不适应社会主义市场经济体制下专门人才供求社会化以及行业变化和人才流动的需要，不仅造成国家有限资源的浪费，而且限制了我国整体高等教育的发展，极大地阻碍了高等教育的创新，使高校不能有效服务于经济社会，更无法带动地方经济社会的发展，学习型区域的建设。
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