借鉴德国高等教育理念是蔡元培多年的夙愿，《大学令》凝结了他关于高等教育的构想，凸显了高等教育的主体地位。但无奈处于一个政局动荡的时期，随着辛亥革命果实被袁世凯窃取，蔡元培愤然辞职，《大学令》等关于高等教育的法规制度也成了一纸空文。直到1917年，蔡元培出任国立北京大学校长后，他的借鉴德国大学理念的理想，才部分得以在国立北京大学付诸实施。
民国初年的国立北京大学，是一所封建官僚习气严重的学校，学生对研究学问毫无兴趣，从预科毕业后，“多入法科，人文科者甚少，入理科者尤少。盖以法科为干禄之终南捷径也”。学生平时放荡冶游，考试则熟读讲义，不问有无学问，只争分数多寡。考试结束，即将书籍束之高阁，毫不过问。对于教师，不问学问造诣，只看其官衔地位。凡在政府部门有地位的人来兼课，虽常常请假，年年发旧讲义，学生也对其表示极大欢迎，图的是毕业后可借师生关系提携。[28]
时任北洋政府教育总长的范源濂感到要把国立北京大学办成真正的国家最高学府，必须要有一位德高望重的教育家来担任校长，无疑蔡元培是最理想的人选。他在给蔡元培的电报中写道：
国事渐平、教育宜急。现以首都最高学府，尤赖大贤主宰，师表群伦，海内人士，咸深景仰。用特专电敦请我公担任北京大学校长一席，务祈鉴允，早日归国，以慰瞻望。[29]
此时的蔡元培正在德国留学，这也是他人生中第二次求学德国。很多友人规劝蔡元培不要入国立北京大学这个是非之地，但蔡元培力排众议，毅然北上。1916年12月26日，蔡元培被正式任命为国立北京大学校长。1917年1月4日，他就任国立北京大学校长，开始了对国立北京大学的改革。
（一） 学术本位
强调学术在大学中的突出地位，是蔡元培改革的核心。受德国大学理念影响，蔡元培认为，大学和学术是一个国家、民族安身立命的基础，他在国立北京大学的一次演讲中说道：
一个民族或国家要在世界上立得住脚，而且要光荣的立住，是要以学术为基础的。尤其是，在这竞争激烈的20世纪，更要依靠学术。所以学术昌明的国家没有不强盛的；反之，学术幼稚和知识蒙昧的民族，没有不贫弱的。德意志便是一个好例证：德人在欧战时力抗群强，能力固已可惊；大败以后，曾不十年而又重列于第一等国之林，这岂不是由于他们的科学程度特别优越而建设力强所致么？[30]
19世纪，德国的史学泰斗蒙森就把大学、军队等量齐观，认为他们是德国民族振兴的关键性因素。赴德学习的经历使蔡元培更加坚信学术可以兴国。如果重视学术、发展学术，中国也能如德国一样走向富强。1917 年，蔡元培在国立北京大学就职演说中明确指出：“大学为纯粹研究学问之机关……在大学，则必择其以终身研究学问者为之师，而希望学生于研究学问以外，别无何等目的。”[31]蔡元培强调国立北京大学学术化的发展目标，并基于这种学术至上的办学理念，开始构建高等大学学术本位的高等教育模式。
1.扩充文理、废科设系
蔡元培将学术分为“学”与“术”，他认为：“学与术可分为二个名词，学为学理，术为应用。各国大学中所有科目，如工商、如法律、如医学，非但研究学理，并且讲究适用，都是术。纯粹的科学与哲学，就是学。学必借术以应用，术必以学为基本，两者并进始可。”[32]“学”与 “术”既有区别又有联系。但对于大学办学而言，蔡元培主张应采取德国大学办学的理念，强调学术的非功利性，他说：“今人肄业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也。……果欲达其做官发财之目的，则北京不少专门学校，入法科者尽可肄业法律学堂，入商科者亦可投考商业学校，又何必来此大学？”[33]在这样的指导思想下，国立北京大学进行了两方面的重大改革。
其一，扩充文理两科，使其渐臻完备；移法科于预科校舍，并入北洋大学法科，适当时机令其独立为法科大学；商科所授内容太单薄，先改商业学，隶法科之下，待以后逐步发展成商业专门学校；工科所涉科目，与北洋大学同，两校相距较近，设科完全相同，势必浪费，工科并入北洋大学。[34]经过此番改革，国立北京大学成为包含文理两科的综合性大学。蔡元培扩充文理的做法与其在 《大学令》关于文理两科的学理思想是一致的，他说：“大学只需文理科，以其专研学理也。而其他医、农、法诸科，皆为应用起见，皆偏于术，可仿德国理、工、商高等学校之制，而谓之高等学校。”[35]很显然，蔡元培关于学术分校、分类办学的思想是从德国现代大学理念中演化而来的。
其二，为了使学生获得全面、广博的知识，蔡元培提出了沟通文理、废科设系的主张。他说：“融通文、理两科之界限：习文科各门者，不可不兼习理科中之某种；习理科者，不可不兼习文科之某种。变通现有文、理两科各设学长之制。”[36]蔡元培认为，就科学本身而言，文理科存在着紧密联系，“文理是不能分科的。例如，文科的哲学，必植根于自然科学，而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学和美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理的人文方面，应属文科，而地质地方等方面属理科。历史学自史以来属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科”。近代科学的发展依赖于各学科之间的渗透与融合，无论从科学自身的角度还是从人才培养的角度，都应打破文理分科的严格限制。基于此，1919年，国立北京大学正式废去文、理两科，设立数学、物理、化学、地质学、哲学、中文、法文、德文、俄文、史学、经济、政治、法律共13个系。
沟通文理，实施通才教育一直是西方自由主义教育思想所倡导的核心理念，国立北京大学沟通文理、废科设系的主张正是通才教育理念在实践中的重要体现。
2.延聘 “纯粹之学问家”
蔡元培认为，要想培养学生的学术兴趣，首先要有一批真正有思想、有学问的教师。“聘延纯粹之学问家，一面教授，一面与学生共同研究，以改造大学为纯粹研究学问之机关。”[37]
“学诣为主”是蔡元培甄选教师的标准，他聘请 《新青年》主编陈独秀为文科学长，聘请胡适、刘半农、周树人（鲁迅）、杨昌济、马叙伦、陈垣、李大钊、徐悲鸿等任文科教授。这些教师的学识和在所研究领域的成就迅速扭转了国立北京大学文科的学风。在理科，蔡元培聘请夏元瑮为学长，同时聘请李四光、冯祖荀、颜任光、李书光、秦汾、俞同奎、翁文灏、葛丽普等一批年轻的科学家到理科任教授。法科的教员，过去多由政府官员兼任。蔡元培到任后，极力增加专任教员，聘请马寅初、陶孟和、周鲠生、高一涵、陈启修等国内学者到法科任教授。经过此番调整，国立北京大学的教师队伍名家会聚，学术氛围日渐浓厚。蔡元培后来回忆：“自陈独秀君来任学长，胡适之、周豫才（鲁迅）、刘半农、周岂明 （周作人）诸君来任教员，而文科革命、思想自由的风气，遂大流行。理科自李仲揆 （李四光）、丁巽莆（丁燮林）、王抚五（王星拱）、颜任光、李书华诸君来任教授后，内容始以渐充实。”法科“直到王雪艇（王世杰）、周鲠生 （周览）诸君来任教授后，始组成正式的法科，而学生亦渐去猎官的陋见，引起求学的兴会”[38]。
蔡元培延聘教员，不仅看重教师的学问造诣，更以“积学而热心”为标准，“延聘教员，不但是求学问的，还要求于学问上很有研究的兴趣，并能引起学生的研究兴趣的”。在蔡元培看来，只要学术造诣深，且对学术具有极强的学术热情，不分其政派、学历、年龄、资历、国籍都可以到国立北京大学任教。遵循这样的兼容并包、不拘一格的原则，一时间国立北京大学延揽了很多名流学者。例如，在政治派别方面，既有提倡新文化运动的新派学者，如陈独秀、鲁迅、胡适、钱玄同等，也有旧学著名人物，如黄侃、陈汉章、陈介石、马裕藻等。在年龄方面，既有白发苍苍的老者，也有风华正茂的年轻人，如崔适（67岁）、辜鸿铭 （62岁）、叶瀚 （57岁）、陈汉章 （54岁），而徐宝璜只有25岁，梁漱溟只有24岁。就学历而言，既有新时代的博士，也有旧时代的进士，还有没有大学学历的人，如年仅24岁的梁漱溟，不但没有大学学历，且投考国立北京大学未被录取。只因其在 《东方杂志》上发表了《究元决疑论》一文，就被蔡元培聘为讲师，在国立北京大学教授印度哲学。
“延聘纯粹之学问家”的聘用理念使国立北京大学教师面貌焕然一新。“据一九一八年的统计，全校二百多教员中，教授的平均年龄只有三十多岁，甚至有二十六七岁的教授。”[39]这批教员思想活跃、富于革新，为国立北京大学带来了朝气。所谓“纯粹之学问家”，即是以知识、学术为本位的学者，这个群体是现代大学形成的必要条件。马克思·韦伯说：“如果对这种聘用教员时的非学术目的做出让步，特别是偏离应该尽可能任命杰出的人这一基本原则的话，那么，最终会导致大学的道德权威的削弱。”[40]熟悉西方大学发展史的蔡元培坚持学术至上、唯才是用的原则，聘用一批学术水平高、积极热心的教师聚集于国立北京大学，彻底改变了国立北京大学的学术风气。
3.创建学术体制
现代高等教育体制的建立，不仅意味着高等教育机构的建立、管理体制的形成，还意味着学术体制的建立。学术活动不仅仅是纯知识的活动，也是一种社会性活动，因此需要制度性的基础和保障条件。学术活动的体制性因素大致包括学术研究机构、学术规范、学术刊物、学术团体、学术人员的培养和学科体系等方面。[41]蔡元培深受德国经典大学观影响，重视学术研究在国立北京大学的指导意义。蔡元培初到国立北京大学时，大多数师生对于学术毫无兴趣，官本位思想盛行：将国立北京大学视为拥有特权阶层的证明，学生读书志不在求学，而在于获取功名。为了扭转这种官本位的价值取向，实现“改造大学为纯粹研究学问之机关”，蔡元培通过多种渠道在国立北京大学构建新的学术体制，这些改革与创新起到了开拓性的示范效应，影响了中国学术的现代化转型。
（1）设立研究所
从19世纪初起，科学研究成为德国大学的本质特征，大学既是科学研究的重要场所，也是高深科学教育的机构。大学科学研究的突出地位，促成了德国大学浓厚的科学氛围和科学规范的建立。蔡元培熟谙德国的大学及科学研究体制，他深知德国大学的成功不仅在其观念，还在其相应的研究所制度。蔡元培说：“德国大学并无何种学士、硕士之阶级；大学生希望毕业者，于相当时期，提出问题，得一种研究所导师承认，即可入所研究，预备博士论文，毕业时即得博士学位。吾国学位制度尚未颁布，将来或采美国制，即大学毕业生进研究院者，始有预备博士论文之机会，此制较为齐整，自可采用；惟大学既设研究院以后，高年级生之富于学问兴趣，而不以学位有无为意者，可采德制精神，由研究所导师以严格的实验，定允许其入学与否，此亦奖进学者之一法。”[42]蔡元培认为，在中国学术制度尚未健全时，为了使毕业生和教员能获得学术研究的机会，必须要设立研究所，使其成为 “教授、留校毕业生与高年级学生的研究机关”[43]。
蔡元培出任国立北京大学校长后，即开始实施在大学内部设置研究所的构想。1917年11月，《北京大学日刊》第一号公布了国立北京大学 《研究所通则》和《研究所办法草案》。《研究所通则》规定：
各研究所任务如下：（一）研究学术；（二）研究教授法（本校及中小学校定教案，编教科书）；（三）特别问题研究；（四）中国旧学钩沉；（五）审定译名；（六）译述名著；（七）介绍新著；（八）征集通讯研究所；（九）发行杂志；（十）悬赏征文。
《研究所通则》依据《大学规程》中 “各以其所研究的专门学命名”的办法，拟设九门研究所：国文学、英文学、哲学 （以上文科）、数学、物理学、化学（以上理学）、法律学、政治学和经济学（以上法科），并为国文学门、哲学门、心理与伦理学两门、理科各门、法科法律门、政治学门、经济学门等规定了各自的研究范围和领域。各教员及研究员在经主任议员认可后，可自由选择十项任务中的种类。研究所教授当自择专题，每月做论文一篇，或公开讲演，或作月刊材料或别刊小册，具听教授之便。[44]
《研究所办法草案》规定各研究所研究办法分研究科、特别研究科和本科月会三项。研究科由教员制定所任研究科目，并在每学年初待各研究员择定资源研究科目后，随时制定书籍供其自行参考。每项研究科需每周或每两周开会一次，会上由本科教员讲演其心得，本科研究员亦得讨论质问。特别研究科由研究员自择论题（需经主任许可），或由研究科各教员拟定若干题目供前者选择。各研究员在确定选题后可自行研究，并随时请教本科各教员，由后者指示参考书及商榷研究办法，以所得结果写论文一篇。论文完成后，交本科研究所各教员公共阅看，由后者开会决定是否收受 （通过）。所收受之论文由本研究所交付大学图书馆保存或节要采登月刊，未经收受者由各教员指出应修改之处，发还各研究员重新修改。本科月会由本门教员及研究员每月开会一次，内容为一到两名研究员报告其特别研究成果（论文材料之一部分），报告完毕由各教员和各研究员自由讨论。该草案还规定了研究员主科与副科认定标准。凡研究员特别研究论题所在题目为其主科；主科之外可选择一门副科，其范围可以是本门之一种，如哲学门中专门治伦理学者，可选择中国哲学史作为副科。研究员在主科特别研究论题之外，也可以将主科中的研究科作为副科，但在将副科选为研究科后，不能再做特别研究。[45]
从《研究所通则》和《研究所办法草案》两项规程可以看出，这是“一组旨在培养中国第一流研究生的计划”[46]。在 《研究所办法草案》中呈现的研究生培养方式，正是19 世纪中叶由德国柏林大学首创的 “习明纳法”（Seminar）。可见，无论是国立北京大学建立研究所的构想还是研究所实施的主要培养方法，仍是以德国大学研究所制度为蓝本。国立北京大学研究所几经改组，到1920年将各研究所归并为四门：国学研究所 （凡研究中国文学、历史、哲学之一种专门知识者属之）、外国文学研究所 （凡研究德法英俄及其他外国文学之一种专门知识者属之）、社会科学研究所（凡研究法律、政治、经济、外国历史、哲学之一种专门知识者属之）、自然科学研究所（凡研究物理、化学、数学、地质学之一种专门知识者属之）。[47]遗憾的是，由于受经费和师资的限制，除国学研究所外，其他三门研究所均告夭折。1922年1月成立的北京大学研究所国学门，是在广泛吸收西方大学研究所经验基础上建立起来的，承担了培养学术研究人才的目的，取得了不俗的成绩。蔡元培曾盛赞国学研究所的办学成绩：“三年以来，赖主任沈兼士先生的主持与国学门委员会诸先生的尽力，搜集、整理、发表，均有可观的成绩，我们虽然自己不满意的点，还是很多，然而这种研究，绝不是徒劳的事。我们已经可以自信，若能广筹经费，多延同志，来此共同研究，将来学术上的贡献，一定可以增进。”[48]国学研究所彰显了现代大学研究所的特色，成为中国近代规范研究机构的典范，对中国新学术体制的建立产生了深远的影响。继国立北京大学之后，民国时期多所大学也纷纷建立起专门的国学研究机构，如清华大学国学院、燕京大学国学研究所等，这种示范效应促进了学术研究组织化、制度化的发展。正如学者陈以爱所言：“透过观察国学门的组织、学术活动及学术成就，又显示出现代学术研究所具有的趋向——组织化和制度化——最终将对中国学术发展带来巨大的影响。”[49]
（2）出版学术刊物
随着西学东渐进程的加深，西方的学术体制逐渐被国人所接受，其主要的标志就是学术期刊的出现。直到蔡元培执掌国立北京大学时，中国几乎还没有学术性的刊物。基于对德国和欧洲的了解，蔡元培视学术研究为各项改革的核心。为了在师生之间、学者之间搭建学术学习、学术交流的媒介，国立北京大学于1917年开始创办学术刊物。
《北京大学日刊》是北大最早创办的学术刊物，该刊于1917年11月16日发刊，以沟通全校信息、收登师生讨论驳难的学术文章为宗旨。1919年1月，在蔡元培直接推动下，《北京大学月刊》开始发刊，成为 “本校教职员学生共同研究学术、披露心得之机关”，由各系系主任轮流编辑。蔡元培对《北京大学月刊》寄予了很高的期望，亲自参与了发刊词、征稿启事，到版式启事、聘请编辑通知和出版合同的起草。蔡元培认为， 《北京大学月刊》宗旨有三：第一，尽大学教师研究学问、弘扬学术之职责。大学作为学术研究机关要从事研究，并发表研究的成果，以“贡献于吾国之学者，若世界之学者”。第二，破学生专己守残之陋见。拓宽学生的知识面，促进学生与教师在知识方面的交流。第三，展示国立北京大学学术研究的丰富内容，释校外学者之怀疑。[50]由此可以看出， 《北京大学月刊》旨在促进大学内部的学术交流以及展示国立北京大学的学术成就，加强与外部的学术沟通。
之后，鉴于《北京大学月刊》内容广泛而庞杂，蔡元培在1922年提出建议， “以研究所四学门为基础，每一学门出一种杂志”，[51]即分别出版国学、外国文学、自然科学和社会科学四门杂志。在此基础上， 《国学季刊》《自然科学季刊》《社会科学季刊》《文学季刊》应运而生。其中，《国学季刊》自1923年创刊后，迅速成为国立北京大学乃至全国国学研究的重要阵地。
继《北京大学日刊》《北京大学月刊》发行后，国立北京大学又陆续创办了《理科大学月刊》《数理杂志》《新闻周刊》《劝学》《国民》《新潮》《国故》等刊物。这些学术期刊的创办激发了国立北京大学师生学术研究的热情，提高了国立北京大学学术研究水平，成功营造了学术本位的良好学术氛围。
对蔡元培鼓励创办学术刊物的做法，吕思勉在 《蔡孑民论》一文中写道：
在他支持北京大学以前，全国的出版界，几乎没有什么说得上研究两个字的（自然指书店而言，但私人自行刊印，在此时代，根本不会发生什么影响），不是肤浅的政论，就是学校的教本，或者很浅近的参考用书。当这时代，稍谈高深学术，或提倡专门研究，就会被笑为不合时宜。……还记得民国八九年之间，北京大学的几种杂志一处，若干种的书籍一经印行，而全国的风气，为之幡然一变。从此以后，研究学术的人，才渐有开口的余地。专门的高深的研究，才不为众所讥评，而反为其所称道。后生小子也知道专讲肤浅的记诵，混饭吃的技术，不足以语于学术，而慨然有志于上进了。这真是蔡孑民先生的不朽的功绩。[52]
借助出版学术刊物，国立北京大学很快形成了学术共同体，通过在学术刊物发表研究成果、质疑问难，进一步促进了学术共同体的交流与发展，成为学术体制建立的有力支撑。
（3）创建学术团体
专业的学术团体是现代学术体制的重要组成部分。蔡元培认为，构建学术团体，可以改变学生的观念，促进师生之间的学术交流。在国立北京大学就职演说中，他指出：“若徒志在做官发财，宗旨既乖，趋向自异。平时则放荡冶，考试则熟读讲义，不问学问之有无，惟争分数之多寡；试验既终，书籍束之高，毫不过问，敷衍三四年，潦草塞责，文凭到手，即可借此活动于社会，岂非与求学初衷大相背驰乎？ 光阴虚度，学问毫无，是自误也。”[53]因此，大学生应 “抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨，诸君肄业于此，或三年，或四年，时间不为不多，苟能爱惜光阴，孜孜求学，则其造诣，容有底止”[54]。
为了改变学生的求学观念，蔡元培积极倡导创办学术社团。著名史学家顾颉刚曾回忆在国立北京大学参与学术社团的经历：“北大学生本来毫无组织，蔡先生来后就把每班班长招来，劝他们每一系成立一个学会。许多班长退下来踌躇道‘这件事怎么办呢？’因为同学间实在太散漫了。但靠了蔡先生的敦促和领导，以及学校在经费上的帮助，许多会居然组织起来了。不但每系有会，而且书法研究会，画法研究会，音乐会，辩论会，武术会，静坐会……一个个成立起来，谁高兴组织什么会就组织什么会，谁有什么技艺就会被拉进什么技艺的会。平时一个人表现自己能力时很有出风头的嫌疑，可是到了这个时候，虽欲不出风头而不可能了。校中尽是消遣的地方。打牌听戏的兴致也就减少了许多。”[55]
《北京大学史料》显示，从1917年到1927年，国立北京大学创办的学生社团有近60个，其中学术型社团20多个，如国文学会、历史学会、哲学会、地质学会、数学会、心理学会、数理学会、生物学会、经济学会、教育研究会、新闻研究会、马克思主义研究会、雄辩会、音乐会、书法研究会、技击会、学术演讲会、画法研究会、阅书报社、行知会、平民教育演讲团、国民社、新潮社、国故月刊社、社会主义研究会等。遵循思想自由的原则，蔡元培对学术社团一直采取支持鼓励的态度。很多时候，他还会帮助学术社团的成员聘请知名学者来指导社团工作，如请国内著名学者梁启超、章太炎、陈启修、钱玄同、李大钊、马寅初、李四光、李书华、徐悲鸿、萧友梅及美国的杜威、英国的罗素、德国的杜里舒、法国的维勃召尔、苏联的耶尔朔夫、日本的福田德三等到国立北京大学的一些社团做学术演讲，有的还帮助作专门指导。[56]在蔡元培的倡导下，国立北京大学的学生学术社团逐渐走向成熟，师生间质疑问难、争辩切磋，形成了浓厚的学术研究氛围，对转变国立北京大学的校风，推动国立北京大学乃至全国大学的学术研究起到了重要的作用。
在学术本位理念下，国立北京大学教师视学术研究为天职，学生不再是“熬资格”，而是在“教员指导下自动地研究学问”，国立北京大学 “为学问而学问的精神蓬勃一时”。[57]学术研究的最终目标是提高思考力，获得学术的不断提高，因此，德国大学倡导“不再以博览群经和熟读百家为能事，却要求学生掌握科学原理、提高思考能力和从事创见性的科学研究”，[58]这样大学才能实现服务社会、提高学术的双重效用。蔡元培以学术为本位，扩充文理、延聘“纯粹之学问家”、构建新的学术体制等举措正是践行 “以教授高深学术，养成硕学闳材，应国家需要为宗旨”的现代大学理念。
（二） 学术自由
奉行学术自由的理念是19世纪德国大学最明显的标志，也是德国大学为世界所效仿的重要原因之一。鲍尔生说：“有的国家虽然以其政治上的自由而自豪，但其大学中的思想和研究却受到教会和国家的限制，或受到僵化的大学制度及公众偏见的影响；而在德国，大学成为思想自由的堡垒，它是如此自由，除了理性本身，不服从任何教条，任何成规。”[59]学术自由具体体现在教师的教学自由与学生的学习自由。对教师而言，学术自由意味着在其职业范围内有权讲授他所认为正确和好的内容，因为科学的真理非法律所裁决的对象；对学生而言，意味着有权利根据自身的需要选择适合自己的课程与授课教师。
德国大学学术自由的特质给蔡元培留下了深刻的印象，他曾高度赞扬德国大学自由的理念：“德意志帝政时代，是世界著名开明专制的国家，他的大学何等自由。”[60]蔡元培在商务印书馆出版的 《教育大辞典》中写有 “大学教育”一条，其中论及思想自由原则时指出：“大学以理想自由为原则。……近代思想自由之公例，既被公认，能完全实现之者，厥惟大学。大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之约束，亦不受任何著名学者之牵制。”[61]
为此，蔡元培在国立北京大学的改革中主张：大学，应是囊括大典、网罗众家的学府，“无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展”[62]。这即是 “循思想自由的原则，取兼容并包主义”[63]。“兼容并包”即意味着实施学术自由，允许不同学派自由发展。大学是学术研究的机构，而学术研究本身就意味着争鸣探讨。在学术自由的风气下，蔡元培执掌的国立北京大学会聚了各派学者，呈现出百家争鸣的学术景象。
1.学术平等
在蔡元培看来，学术无尊卑，都是平等的，学术平等是学术自由的基础原则：(www.xing528.com)
各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。吾国承数千年学术专制之积习，常好以见闻所及，持一孔之论。闻吾校有近世文学一科，兼治宋、元以后之小说、曲本，则以为排斥旧文学，而不知周、秦、两汉文学，六朝文学，唐、宋文学，其讲座固在也；闻吾校之伦理学用欧、美学说，则以为废弃国粹，而不知哲学门中，于周、秦诸子，宋、元道学，固亦为专精之研究也；闻吾校延聘讲师，讲佛学相宗，则以为提倡佛教，而不知此不过印度哲学之一支，借以资心理学、论理学之印证，而初无与于宗教，并不破思想自由之原则也。[64]
在蔡元培的推动下，学术平等的原则被国立北京大学师生所公认。对这种学术平等的认可，胡适曾有过这样精辟的描述：在北京大学，学问是平等的，“发明一个字的古义，与发明一颗恒星，都是一大功绩”[65]。他还曾经在《国学季刊》“发刊宣言”中说：“今日民间小儿女唱的歌谣，和 《诗》三百篇有同等的位置；民间流传的小说，和高文典册有同等的位置。”[66]
正是遵循学术平等、兼容并包的理念，一时间国立北京大学众多名师荟萃。以文科为例，讲史学的，有信古派（陈汉章）、疑古派（钱玄同、胡适、沈尹默）、甲骨考古派（王国维）、唯物史学派 （李大钊）；讲文学的，有文言派 （黄侃、陈介石、刘师培）、改良派 （朱希祖）、白话派 （胡适、周作人、鲁迅、刘半农、陈独秀）；讲语言文字学的，有旧派 （黄侃）、有新派（钱玄同、刘半农）；讲经学的，有今文经派 （崔适）、有古文经派 （陈汉章等）。[67]蔡元培说：“凡物之判断力，均随其思想为定，无所谓绝对的。一己之学说，不得束缚他人；而他人之说，亦不束缚一己。”[68]这种纯粹以学问为目标，以知识为本位的学术观点正是奠定国立北京大学学术自由的基础。
在当时的国立北京大学，尽管派别林立，但依然做到“万物并育而不相害，道并行而不相悖”，呈现出学术自由、百家争鸣的可喜局面。顾颉刚在《蔡元培先生与五四运动》一文中回忆道：
那时北大不但聘请左派和激进派人士李大钊、陈独秀当教授，请西服革履的章士钊、胡适当教授，还聘身穿马褂、拖着一条长辫的复辟派人物辜鸿铭来教英国文学，甚至连赞助袁世凯称帝和筹安会发起人之一的刘师培，也登上了北大教坛。蔡先生主校以后，许多学者名流来到北大，一时人才云集，面目一新。像鲁迅（周树人，教中国小说史）、钱玄同（教音韵学）、吴梅（教戏曲史）、刘半农（教新文学）等，都来到北大教书。李大钊、陈独秀和他们一起，高举科学与民主的旗帜，与封建主义思想文化展开斗争，为轰轰烈烈的五四运动开拓了前进的道路。[69]
此外，为了实现教育教学上与世界高等教育发展同步，蔡元培期望国立北京大学教师“不但世界的科学取最新的学说，就是我们本国固有的材料，也要用新方法来整理他”[70]。因此，聘任具有海外留学经验以及外国专家学者成为北京大学遴选教师的重要标准。1917年至1927年期间先后活跃在国立北京大学讲坛上的归国留学生有以下学者。
文科：留日陈独秀、李大钊、陈大齐、周作人、周树人、孟森、刘文典；留德顾兆熊、肖友梅、杨昌济；留英章士钊；留法刘半农、谭熙鸿；留美、德张星烺；留法、德徐悲鸿；留美蒋梦麟、胡适、黄振生、陈衡哲、李祖鸿、余上沅、何炳松。
理科：留英李四光、何育杰、王星拱、石瑛、丁文江、王兼善；留法李书华、李石曾、丁续贤；留德胡钧、朱家骅；留美任鸿隽、秦汾、何杰、王仁辅、罗惠侨、金涛、王烈、颜任光；留比利时翁文灏。
法科：留美马寅初、王宠惠；留日高一涵、陈启修、康宝忠；留英、法王世杰；留日、英、法周鲠生。[71]
如果再把清末民初进入国立北京大学工作的留学生计算在内，在20世纪20年代，国立北京大学具有海外留学经验的教师近百人，约占教员总数的一半以上。同时，国立北京大学还延请世界知名专家学者到校任教讲学，杜威、罗素、泰戈尔、爱因斯坦等国际顶尖学者都曾来国立北京大学讲学。
思想自由、兼容并包的办学原则，让国立北京大学会聚了众多一流学者，不同的学术流派在这里碰撞，不同的思想在这里交融，国立北京大学学子真正领略到了何为学术、何为大学。正是依托蔡元培构建的学术体制，国立北京大学形成了具有独立主体人格的知识分子团队，制度、经济上的保障将他们的隐形内在的知识分子人格引发出来，使之显性化，成为时代的引领者，成为近代真正意义上的大学人群体。
2.教学自由
教师有教的自由，学生有学的自由，这是德国大学学术自由观念的具体化与制度化。德国大学的求学经历让蔡元培对此极为认同，并在后来国立北京大学的整顿与改造中，将这种自由的理念引入教学过程中。
蔡元培不仅倡导学术平等，允许不同学派并存，而且允许教员自由讲学。他指出：“大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵掣。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨同时并行。”[72]教师教的自由主要体现在教师可以根据自己的标准选择讲课的内容，而不必受到政治、政党、宗教等因素的限制。蔡元培不但容许一些有学术专长的旧派学者继续在国立北京大学上课，同时还允许把马克思主义作为专门学术课程讲授。当时的国立北京大学学生梅恕曾回忆说：“在当时北大的老师中，有无政府主义者，如李石曾先生；有后来成为共产党的如文科学长陈独秀和李大钊；还有保皇党，如辜鸿铭先生。所以说，蔡先生主张思想自由，只要学有专精，足为传道授业，不管他的思想如何，北大都能容纳他的讲学。”[73]马征在 《教育之梦——蔡元培传》中也曾对此有生动的描绘：当时的北大“形成了各派并存，百家争鸣的新局面，学术思想空前活跃，研究、讨论之风盛极一时，尤其是五四前后，文、理、法各科几乎每周都举办学术讲座，专家学者各显神通。讲堂里学术交流更是生动活泼，提倡白话文的与维护文言文的大唱对台戏，宣传唯物论与主张唯心论的亦论争不停。据资料记载，在北大三院礼堂里是留美博士胡适用资产阶级学术观点在讲授《中国哲学史》，在北大二院礼堂里则是旧学渊源深厚的孔教派教员梁漱溟在大发宏论。两人的课都安排在星期六下午，让学生自由选择。在文字学上黄侃是旧国粹派，钱玄同是新（白话）派，两人观点针锋相对，谁也不肯服谁，各讲各的。有一次钱玄同在讲课，对面教室黄侃也在讲课，黄正摇头晃脑地高声大骂钱的观点如何荒谬，不合古训；而丝毫不在乎这些的钱玄同，则你讲你的 ‘之乎者也’，他依然理直气壮地讲自己的‘的了吗呢’。可见何等生动活泼”[74]。
在当时国立北京大学的课堂上，既有讲马克思主义思想的，也有讲凯恩斯的，还有讲文学革命的，当然也有讲国故的。一些从海外归来的教师更是将最新的世界前沿的知识搬到了课堂上，诸多教材都直接采用各国科学最新成果。例如，物理系三、四年级的《近代物理》课，内容大多选自居里夫人在巴黎大学讲授的最新材料。还有的教师干脆把自己的学术研究融入课堂讲授，教学过程成为学术研究的延伸和组成部分。《冯友兰自述》中有这样的论述：教师“所教的课，就是他的研究题目，他可以随时把研究的新成就充实到课程的内容里去，也可以用在讲课时所发现的问题发展他的研究。讲课就是发表他的研究的机会，研究就是充实他的教学的内容。这样，他讲起来就觉得心情舒畅，不以讲课为负担；学生听起来也觉得生动活泼，不以听课为负担。这样，就把研究和教学统一起来了。说‘统一’，还是多了两个字。其实它们本来就是一回事”[75]。
蔡元培认为，倡导学术自由，一个重要的目的就是“令学生有自由选择的余地”。为此，国立北京大学实施了选科制。自由选课是德国大学为了保障学生学习的自由，激发学生的学术兴趣而开创的一种教学管理制度。蔡元培引入选科制之后，国立北京大学教学风气发生了根本转变。冯友兰曾这样描述选科制：“蔡元培到北大以前，各学门的功课表，都定得很死。既然有一个死的功课表，就得拉着老师讲没有准备的课，甚至他不愿讲的课。蔡元培到北大后，选修课加多了，功课表儿就活了，学生个人有个人的功课表，说是选修课也不很恰当，因为这些课并不是有一个预定的表，然后拉着老师们去讲，而是让教师们说出他们的研究课题，就把这个课题作为一门课，对于教师来说功课表真是活了。”[76]这种选科制的实行，既为教师们开辟了教师讲授个人专长的条件，也为学生自由选择、发展个性提供了平台。当时有这样的说法，说国立北京大学有三种学生，一种是正式学生，是经过入学考试进来的；一种是旁听生，虽然没有经过入学考试，可是办了旁听手续得到许可的；还有一种是偷听生，既没有经过入学考试，也不办旁听手续，自由来校听讲的。有些人在国立北京大学附近租了房子长期住下，当偷听生。自由出入课堂、自由听课，这种现象在当时国立北京大学是极为普遍。据梁漱溟回忆，“哲学系在当时是最重要的系，自由听讲的人极多，除了照章注册选修这一哲学课程外，其他科系的学生，其他学校的学生，甚至壮年中年的社会好学人士，亦来入座听讲。他讲儒家思想一课，来听讲的通常总在二百人左右。初排定在红楼第一院某教室，却必改在第二院大礼堂才行。而胡适之讲课，其听讲的人比这还要多”[77]。国立北京大学这种自由学习的风尚吸引国立北京大学学子徜徉于学术殿堂，为学问而学问的精神蓬勃一时。
学术自由是现代大学的基本特征，是西方大学发展到近代的精神本质。中世纪大学的产生奠定了学术自由的基础，19世纪柏林大学的建立标志着学术自由走向自觉。在蔡元培的竭力推进下，国立北京大学循 “思想自由、兼容并包”的精神，践行了现代大学的“学术自由”理念，使国立北京大学由原来的官僚养成所变成真正的学术之府，既实现了高等教育理念的国际化转型，也奠定了中国近代大学精神的根基。后来的清华大学、南开大学、东南大学等一批现代化大学的崛起，无不吸收了蔡元培学术自由的思想，这也成为中国现代大学创办的思想源泉。
（三） 教授治校
“教授治校”作为一种现代大学管理理念源于中世纪大学，巴黎大学是中世纪大学中典型的“教师大学”，即由教师来负责管理学校事务。这种管理方式为英国牛津大学和剑桥大学所继承，后经德国柏林大学发扬光大。柏林大学给教师以充分的自由，校长虽然象征着行政权力的代表，但不能干预学校学术权力的实施。在校政事务上，更是充分发挥教授群体的智慧，进而形成了被世界各国高等教育争相效仿的“教授治校”的民主管理制度。
蔡元培曾三度负笈德国，对德国大学实施民主管理的做法极为推崇。德国各大学，或国立，或市立，而其行政权集中于大学之评议会。评议会由大学校长、大学法官、各科学长与一部分教授组成之。[78]校长和各科学长均由教授会选举产生，每年更换一次。教授们公选出的校长和各学院院长独立负责大学或学院的学术事务。学生从来没有因为校长的去留而发生问题。蔡元培由衷地赞扬德国大学“教授治校”的民主管理制度：“照此办法，学校的内部，组织完备，无论何人来任校长，都不能任意办事。”[79]借鉴德国大学的管理经验，蔡元培在执掌国立北京大学后，打破了传统的集权式管理格局，推行教授治校的民主管理制度。
1.设立评议会
在蔡元培担任国立北京大学校长后，首先主持设立了评议会，作为全校最高的立法和权力机构。评议会由评议员若干人组成，评议员包括各分科预科学长和预科主任教员，各科本预科评议员各两人，由教授中选举产生，任期一年，期满后再进行选举。校长是评议会的议长，负责召集评议会会议和改选等事宜。评议会的具体职责如下：
（1）各学科讨论设立及废止；
（2）讲座之种类；
（3）大学内部规则；
（4）关于学生风纪事项；
（5）审查大学院学生成绩及请授学位者之合格与否；
（6）教育总长及校长咨询事件；
（7）凡关于高等教育事项，得以本会意见，建议于教育总长。[80]
从评议会的具体职责来看，其拥有着广泛的学校事务管理权力，学校各学科的设立及废止、各门课程的增损及改革、审核教师的学衔和学生的成绩等重要事项，必须经过评议会来审核通过。马叙伦曾回忆：“凡是学校的大事，都得经过评议会，尤其是聘任教授和预算两项。聘任教授有一个聘任委员会，经委员会核查，评议会通过，校长也无法干涉。”[81]
1917年国立北京大学评议会教师评议员一览表 （表3-3）显示，在19名评议员中，除校长和各科学长具有行政职务外，其他14名评议员均为各科中推选出的教授。这些教授虽然没有行政职务，却成为国立北京大学校务运作与管理的实际决策者，教授治校的民主管理制度在实践层面得到了推行。
表3-3 1917年国立北京大学评议会教师评议员一览表
2.设各科 （系）教授会
1917年12月，国立北京大学评议会议决各科设教授会。教授会会员从教授、讲师中产生，教授会主任由会员公举，任期两年。1919年改科设系后，改称各系教授会。各系系主任由教授会投票选举。教授会负责的事宜有二：一是议决本部教授法之良否，一是本部教科书的选择。而关于本部学科之增设及废止和本部应用书籍与仪器之添置，教授会有参与讨论的权责。[82]1918年，共成立了国文、英文、数学、物理、化学、法律、政治、哲学、经济商业、法文、德文共11个学科教授会，他们负责协调各学科的学术性事务，同时与校长、学长共同商讨学校规划和相关事宜。[83]
3.设行政会议
行政会议是全校最高的行政机构和执行机构，负责实施评议会议决的各项行政事务，掌握着学校行政大权。行政会议下设各专门委员会共11个，分管每一方面的行政事务，如庶务委员会、组织委员会、学生自治委员会、出版委员会、预算委员会、审计委员会、图书委员会、仪器委员会、入学考试委员会、新生指导委员会等。其中庶务委员会操斋务、卫生、杂务、收发之行政；组织委员会主管学校改组、整理起草章程、修改规律等事项；学生自治委员会接洽学生自治事项；出版委员会审查出版书籍，并策划出版部之行政；预算委员会定制大学预算；审计委员会审查大学账目；图书委员会操图书馆之行政；仪器委员会操仪器室之行政；入学考试委员会定入学考试之标准；新生指导委员会为新生入学时之顾问。[84]
4.设教务会议
蔡元培担任国立北京大学校长前，学校的教务一直由各科学长掌握。这种分散的管理形式使国立北京大学的教学管理极为松散，缺少全校性的沟通与协调。1919年，在蔡元培主持下，设立了教务会议和教务处，负责统一管理全校的教学工作。教务会议由各系系主任组成，主管全校的学术事宜。教务长由各学系主任互选，任期一年 （后改为固定职务）。教务处即为主持全校教务工作的常设机构。凡关于一学系之事，由本系教授会处理，涉及全校事宜的，每周由教务长召集各教授会会议以决之。[85]各学系主任由本学系教授会教授公举，规定：凡系中有教授一人者，即为主任；二人者，按期轮值，以先入者为始；三人以上互举，任期两年。[86]
5.设总务处
总务处负责管理学校人事和事务工作，设总务长一人，总务委员若干人，分管各方面事务。总务长由校长从总务委员中任命，任期两年，允许连任一次。
从以上五种管理部门的组织建构来看，评议会为国立北京大学最高立法和权力机构；行政会议和各行政委员会主管行政；教务会议、教务处、各科（系）教授会主管教务与学术；总务处管理人事和具体事务。除具体负责学校事务工作的总务处人员由校长任命外，其余各组织机构均由国立北京大学全体教授通过公开投票选举出来的各科教授组成。受德国大学理念影响，以追求民主与有效管理两大目标，国立北京大学 “评议会与教务会议之会员，由教授互选，取德谟克拉西主义；行政会议及各委员会之会员，为校长所推举，经评议会通过，半采德谟克拉西主义，半采效能主义。总务长及总务委员为校长所委托，纯采效能主义，盖学术中德谟克拉西，事务则中效能也”[87]。至此，教授治校的民主管理制度在国立北京大学得以真正确立，教授们的权力在各个层面得到细化、延伸和拓展。教授们不仅在学系一级是当然的决策者，而且对于学校层面也拥有绝对的管理权。正如蔡元培所言：“学校的内部组织完备，无论何人来任校长，都不能任意办事。”[88]教授治校民主管理制度的建立，破除了大学校长对大学事务垄断的专制管理，促进了国立北京大学教学与学术的繁荣。
从对德国大学理念的引介，到国立北京大学的办学实践，蔡元培成功地将西方现代大学理念植根于中国土地上，实现了教育理念的国际化转型。蔡元培在国立北京大学的改革，使国立北京大学从内容到形式发生了根本的改变，国立北京大学师生的精神面貌焕然一新。作为国立北京大学发展的见证者，冯友兰曾回忆：“从一九一七年到一九一九年仅仅两年多的时间，蔡先生就把北大从一个官僚养成所变为名副其实的最高学府，把死气沉沉的北大变成一个生动活泼的战斗堡垒。”[89]后来任国立北京大学校长的蒋梦麟也曾回忆说，在当时的国立北京大学中，“为学问而学问的精神蓬勃一时。保守派、维新派和激进派都同样有机会争一日之长短。背后拖着长辫，心理眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谑。教室里，座谈会上，社交场合里，到处讨论着知识、文化、家庭、社会关系和政治制度等等问题”。学生从迷恋官场到关心祖国民族的命运，教师从落后守旧到追究科学自由的现代学术精神，国立北京大学的师生面貌发生了彻底的转变。1919年，《东方杂志》刊载的一篇文章记载了国立北京大学的盛况，文章盛赞蔡元培：
学界泰斗，哲理名家，就职后，厉行改革，大家扩充，本其历年之蕴蓄，乐育国内英才，使数年来无声无臭生机殆尽之北京大学挺然特出，褒然独立，延名师，严去取，整顿校规，祛除弊习。……学风丕振，声誉日隆。各省士子莫不闻风兴起，担簦负笈，相属于道。[90]
办学理念是一所大学的灵魂，它集中体现了一所大学在长期的办学实践过程中凝练的精神特质，既体现出前瞻性的教育愿景，又彰显出对教育规律的认识与体悟。蔡元培汲取德国大学教育经验的精华，成功地将国立北京大学由官僚的养成所转变为新文化运动的策源地，不仅使国立北京大学实现了办学理念的国际化转型，同时也为我国近代大学确立了基本的发展框架。国立北京大学在当时的学界一枝独秀，独领风骚，引领了众多高校的发展。民国时期的清华大学、南开大学、东南大学等众多高校在现代化办学过程中均不同程度地受到了国立北京大学的影响。国立北京大学秉承德国经典大学理念，以学术立国为目标，奉行学术本位、学术自由、兼容并包、教授治校等理念，奠定了中国近代大学的基本结构，具有当时中国最高学府的领袖资格。
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