教会大学作为西方社会在中国兴办的一项文化事业，从其产生之日起就不可避免地受到来自中国近代社会的深刻影响。教会大学建立之初具有浓厚的宗教色彩，西方教会组织从事教育的目的既不是出于发展中国教育，也不是出于传教士的个人兴趣，而是为了完成传教使命，扩大西方国家的政治、经济和文化影响，实现 “中华归主”的旨归。随着中国本土化诉求呼声的日益高涨，为了能够在中国社会获得生存和发展空间，教会大学的主持人开始对其文化教育策略进行调整，力求促使基督宗教文化与中国文化相融合。
1877年，美国长老会传教士狄考文在上海举行的第一次传教士大会上，发表了题为《基督教会与教育的关系》的著名演讲，他认为，教育与基督教之间存在着“强烈的天生亲和力，这使它们总是紧密联系在一起”，[50]因此，基督教会应该把教育作为他们工作的一个重要组成部分。美国圣公会主教施约瑟与狄考文的观点不谋而合，“从教会的开始起，教育就一直是传播基督教的一个重要媒介……没有教育作为工具，我们在像中国这样的民族中传教的努力是最徒劳无功的。‘科甲出身’是中国所有通往出人头地之门的敲门砖。一所如我们所提议建立的大学，在中国将比在其他地方更可能产生也许远远超过我们最乐观期望的结果……我们所提议建立的大学，无疑将成为吸引帝国各地的青年，并把他们置于基督教和基督教文明影响之下最有效的手段”。可见，从计划在中国建立教会大学之日起，西方传教士就已经充分考虑到了中国的国情特点，正是为了取得中国民众的认可，获得在中国土地上的生存和发展，教会才将创办高等教育作为其传播福音的重要载体。随着教会大学在中国的不断发展，教会大学的主持人们日益取得共识：在中国发展高等教育，适应中国社会改革与发展需要的根本目的不仅不会消除或削弱宗教影响，反而会使这种影响通过潜移默化的方式发挥更加持久的作用。在这种教育目的驱使下，教会大学的教育本体功能不断加强，中国社会理念不断融入办学的各个层面。
首先，在校园建筑风格上，教会大学多采用中西合璧的方式，既展现出西洋建筑的宏伟气势，又兼具中国古典建筑的别致精巧。例如，被称为北平三大建筑之一的辅仁大学的主楼，就是采用中西合璧方式设计，雕花的木框、绿琉璃屋顶、佛龛式的窗户、灰砖石外立面，既古朴又庄严；华西协和大学的建筑设计采用中国传统的对称设计，青砖黑瓦、飞檐勾角、龙凤斗拱均体现出神秘古朴的东方之美，同时也融入西式风格，如楼基、墙柱等，形成了东西方的和谐统一；金陵女子大学建筑造型采用中国传统宫殿式建筑风格，建筑材料则采用西方钢筋混凝土结构，是中西合璧的建筑典范，被誉为“东方最美丽的校园”。
其次，在学校办学目的上，中国传统的文化理念也日益渗透到教会大学的办学实践中。例如，中国第一所教会大学——圣约翰大学，最初的校训为“LightandTrue”（光与真理），后来又加上 “学而不思则罔，思而不学则殆”。前半句取自基督教教义，后半句则取自中国儒家学说代表人物孔子的名言。辅仁大学的“辅仁”二字就是取自 《论语·颜渊》篇中的 “以文会友，以友辅仁”，以辅翼道德、开拓识见为办学宗旨。(www.xing528.com)
最后，在课程设置上，很多教会大学率先开设了中国社会急需的实用性、职业性课程。例如，燕京大学非常重视中西文化的交流与融合，强调关注中国社会现实问题，注重理论与实际相结合，增强课程设置的适用性。学校先后开设了畜牧科、制革科、劳工调查统计科等职业课程，设置了与社会密切相连的新闻专业和社会学专业。金陵大学率先设立了农科，之后又增添了林学、棉作学、蚕学等科系。值得一提的是，教会大学在大力开展科学课程的同时，越来越重视中国国文课程。“辅仁大学重视国学方面的教学与研究，并决心把汉学的中心从海外重新夺回中国。”[51]福建协和大学在招考中规定：“入学试验国文程度不及格者，概不收录。”[52]这种重视中国传统文化课程的做法，使教会大学逐渐摆脱了最初全面西式教育所导致的孤立状态，与近代中国社会的融合逐渐加深。
综上所述，教会大学在华办学期间，一方面试图将西方现代大学的教育理念、课程设置、管理体制、教学模式等移植到中国；另一方面，为了获得更多的发展空间，不断与中国文化相融合，逐步适应中国社会的发展需求。教会大学在70余年的办学历程中，尽管一路伴随着文化侵略的意图，但最终难以改变“入乡随俗”的发展道路。正如著名历史学家、中国教会大学史研究的奠基人章开沅先生所说：“西方传教士来华兴教办学，目的当然是为了‘化中国’，亦即是使中国‘基督化’，但结果更为明显的却是自身的‘中国化’。”[53]
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