东晋后，宋、齐、梁、北魏、西魏、北周诸朝又先后统辖西南地区。由于政权更迭频繁，再加上这些王朝仍然都以巴蜀为据点经略南中，但在巴蜀地区，人民的反抗此起彼伏，各朝无力南顾，于是在宁州继续保持着王朝统治的真空，大姓爨氏割据继续下去。而在和王朝信息交流减少的情况下，以爨氏为代表的汉族逐渐夷化，他们和一部分汉化的少数民族逐渐融合成了新的民族。
在西晋对南中地区经营的过程中，一部分大姓受到了王朝官吏的打击和压制，势力衰落了，而有的大姓则在投靠王朝官吏，吞并其他大姓财产、部曲的过程中得到了继续发展。到成汉政权时，霍氏和爨氏成为宁州势力最大的两支大姓势力，其中霍彪被任命为宁州刺史，爨琛则为交州刺史。但是在进一步的斗争和兼并中，大姓孟彦擒霍彪投向东晋，而孟彦则又为李寿所追杀，于是霍氏和孟氏在彼此的斗争中同归于尽，爨氏成为南中地区势力最强的大姓。据在晋建宁郡故地，今曲靖、陆良发现的《爨宝子碑》和《爨龙颜碑》记载，爨宝子为东晋孝武帝时生人，年仅23岁即已逝去。但就是年纪轻轻的他，已为振威将军、建宁太守。而爨龙颜则为刘宋元嘉中人，他本人是龙骧将军、护镇蛮校尉、宁州刺史、邛都县侯。其祖父在东晋为晋宁、建宁二郡太守、龙骧将军、宁州刺史，其父则为龙骧、辅国将军、八郡监军。由碑文可见，爨氏已是宁州事实上的统治者。但同时，东晋王朝多任命官员担任宁州刺史。《晋书·毛宝传》记毛穆之升平（357—361年）初迁督宁州诸军事、杨威将军、宁州刺史；《晋书·周访传》记兴宁（362—365年）初，周仲孙督宁州军事、振威将军、宁州刺史。对于这些官吏是否到任，寥寥数言的史料无法给出我们答案，但是可以肯定的是这些官吏和爨氏是有联系的。例如，在苻坚攻取梁、益二州时，曾任宁州刺史的周仲孙率五千骑逃往南中。而《宋书·符瑞志》也记载晋孝武帝宁康元年（373年）、太元十二年（387年）、十四年（389年），宁州刺史费统报宁州界内祥瑞事等。
如此状况在南北朝时期延续了下来。公元420年，刘裕建立宋王朝后，随即向宁州派遣了刺史。而在武帝时，宁州也向王朝进贡，其中有虎魄枕，“光色甚丽。时将北征，以虎魄治金创，上大悦，命捣碎分付诸将”。[52]景平元年（423年），刘宋王朝“省宁州之江阳、犍为、安上三郡，合为宋昌郡”。[53]元嘉十五年（438年），派徐循为宁州刺史。随即在元嘉十八年（441年），“晋宁太守爨松子反叛，宁州刺史徐循讨平之”。很可能是徐循想要改变在宁州被动的局面而和爨氏发生了矛盾，打算抑制爨氏的势力，但显然这一努力并未奏效，因为仅仅在一年后刘宋王朝就“以晋宁太守周万岁为宁州刺史”，[54]而爨氏家族中的爨龙颜在宁州仍然是“南中磐石，人情归望”，“独步南境，卓尔不群”，拥有绝对的支配力。大明八年（464年），萧惠开任宁州刺史。“惠开素有大志，至蜀，欲广树经略，善于述事，对宾僚及士人说收牂牁、越巂以为内地，绥讨蛮、濮，辟地征租。闻其言者，以为大功可立。”[55]从这一记载来看，虽然宁州仍然奉王朝为正朔并向其进贡，但事实上已经不再受刘宋的控制。
公元479年，萧齐取代刘宋，形式上仍然拥有宁州，并继续任命宁州刺史。据《南齐书·州郡志》载：“宁州，镇建宁郡，本益州南中，诸葛亮所谓不毛之地也。道远土瘠，蛮夷众多，齐民甚少，诸爨、氐强族，恃远擅命，故数有土反之虞。”[56]如此看来，曾有宁州刺史到达宁州，并且他们和爨氏还发生了矛盾，引起了爨氏的反抗，所以宁州才会“数有土反之虞”。否则，两者不相往来，何有数度土反之说？(www.xing528.com)
北魏延昌三年（514年），魏宣武帝以傅竖眼为益州刺史，经略边圉，宁州为北魏短期控制。其后宁州又为萧梁控制。武帝第八子武陵王纪自大同三年（537年）担任益州刺史。他在蜀十七年，“开建宁、越巂，贡献方物，十倍前人”。越巂又被纳入了王朝统治，梁和爨氏的关系也比较紧密，贡献了大量的财物。也就是在此期间（大同末年），萧梁以徐文盛“为持节、督宁州刺史”。“先是，州在僻远，所管群蛮不识教义，贪欲财贿，劫篡相寻，前后刺史莫能制。文盛推心抚慰，示以威德，夷獠感之，风俗遂改。太清二年（548年），闻国难，乃招募得数万人来赴。”[57]
西魏废帝二年（553年），大将尉迟迥攻取成都，“经略未附，夷夏怀而归之”。[58]在宁州，西魏并未任命内地的官员为刺史，而是封爨云为“南宁州刺史”，形式上将宁州纳入了西魏王朝的统治。北周代魏后，爨氏主动归款。“保定元年（561年），南宁州遣使献滇马及蜀铠。”而北周对宁州的经略也更进了一步。保定二年（562年）以南宁州东北之地设置了恭州（今云南昭通、会泽一带），天和五年（570年），“大将军郑恪率师平越巂，置西宁州”。[59]但这一时期由于北周的主要精力是巩固统治，所以尽管“土民爨瓒遂窃据一方，国家遥授刺史。其子震，相承至今。而震臣礼多亏，贡赋不入，每年奉献，不过数十匹马。其处去益，路止一千，朱提北境，即与戎州接界。如闻彼人苦其苛政，思被皇风”。[60]爨氏割据的局面一直延续到了唐代。
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