胡亥登上帝位之前就害死了自己的哥哥扶苏。胡亥和赵高、李斯一起伪造了诏书送到在北面边境戍守的扶苏和蒙恬处，假诏书斥责扶苏和蒙恬戍边十几年，不但没立战功，相反还屡次上书肆意非议朝政。扶苏更是对不能回京城做太子而耿耿于怀，怨恨不已，所以对扶苏赐剑自刎。蒙恬对扶苏的行为不进行劝说，实为对皇帝不忠，也令自尽。
扶苏接到诏书后，如晴天霹雳，肝胆俱裂。他失声大哭，转身回到帐中就要拔剑自杀。蒙恬与始皇素日相交甚厚，对这份意外的诏书产生了怀疑，劝阻扶苏道：“陛下而今出巡在外，又没有立定太子，诸公子必定都虎视眈眈，暗含窥伺之心。他委任你我监军守边，足见信任之深。今天忽然派使者送来赐死命令，还不知道其中有没有诈。不如提出恳请，弄清楚再死不迟。”那使者早就受了赵高、胡亥等人的指使，只在一旁不断地催促。扶苏一向仁孝，哪里还去想是真是假，悲伤地说：“君要臣死，父要子亡，还有什么好请求的呢？”言罢挥剑自杀。蒙恬不肯不明不白地就死，使者便将他囚禁在阳周（今陕西子长县北），兵权移交给副将王离，又安排李斯的亲信为护军，这才回去复命。赵高见障碍已除，建议胡亥赶快回咸阳继承皇位。
做皇帝后，胡亥对其他众多的兄弟姐妹更是残忍有加，毫无人性。
胡亥的天下本是篡夺而来，因此他害怕诸公子与他争帝位，再加上赵高的怂恿，他决定一不做二不休，残杀众公子。
胡亥屠杀自己兄弟最残忍的是在咸阳市（市即古代城市中的商业区）将12个兄弟处死，另一次在杜邮（现在陕西咸阳东）又将6个兄弟和10个姐妹碾死，刑场惨不忍睹。将闾等三人也是胡亥的兄弟，他们三个人比其他兄弟都沉稳，胡亥找不出什么罪名陷害，就将他们关在了宫内。等其他许多的兄弟被杀后，赵高派人逼他们自尽，将闾他们对来人说：“宫廷中的礼节，我们没有任何过错；朝廷规定的礼制，我们也没有违背；听命应对，我们更没有一点儿过失。为什么说我们不是国家忠臣，却要我们自裁？”来人答道：“我不知道你们为什么被定罪处死，我只是奉命行事。”将闾三人相对而泣，最后引剑自刎。(www.xing528.com)
在胡亥的众兄弟当中，死得名声好一点儿的是公子高。他眼看着兄弟姐妹们一个接一个被胡亥迫害致死，知道自己也难逃厄运。但逃走又会连累家人，于是下决心用自己的一死来保全家人的安全。他上书给胡亥，说愿意在骊山为父亲殉葬。胡亥很高兴，又赐给他十万钱。
据专家考证，秦始皇共有儿女33个，但史书中有名有姓的只有长子扶苏、幼子胡亥、公子高和公子将闾四人。对于这些人最后的下场，史书中是这样记载的：六公子戮死于杜，公子十二人死咸阳市，十公主死于杜，公子将闾兄弟三人被杀，公子高欲避祸，要求陪葬始皇帝陵。
自1974年发现秦始皇兵马俑之后，考古队又于1976年在秦陵东侧上焦村发现了17座陵墓，根据工作人员的清理，这些陵墓内埋葬的人有男有女，他们身首异处、肢体分离，有的头骨上插着箭头，有的下颚骨左右扭错，这些都是非正常死亡的标志。陵墓中的陪葬品既丰富又精致，绝不是普通百姓所能拥有的，再加上陵墓位置靠近秦始皇陵，因此人们猜测，这些人多半是被杀死的公子和公主。
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