学校根据《中华人民共和国高等教育法》的规定，实行党委领导下的校长负责制。学校党委按照《中国共产党章程》和有关规定，统一领导学校工作，支持校长独立负责地行使职权，校长作为学校的法定代表人，全面负责学校的教学、科学研究和其他行政管理工作。校党委书记、副书记、党委常委实行分工负责。书记统一领导学校的工作，全面主持校党委工作，主持校党委常委会议。副书记和党委常委按分工负责处理分管工作。副校长协助校长按分工独立负责地处理分管工作，受校长委托，负责其他方面的工作或专项事务。
中共武汉大学委员会常务委员会会议(简称党委常委会议)，是校党委对学校重大方针、政策等党政重大问题进行集体研究和决策的会议，由校党委书记或党委书记委托的副书记召集并主持，组成人员为校党委常务委员。
校长办公会议是学校行政领导集体研究和决策其职权范围内的重要行政事项的会议，由校长或校长委托的副校长召集并主持。
学校党政各职能部门是党委或行政处理日常事务的工作机构，根据党委和行政赋予的职权，各司其职，各负其责。(www.xing528.com)
贯彻落实三重一大制度。根据中央及教育部执行“三重一大”事项的决策制度的有关要求，学校于2009年7月出台了《中共武汉大学委员会关于执行“三重一大”制度的暂行规定》，界定了学校“三重一大”决策范围:将关系到学校改革、发展、稳定大局和涉及师生员工切身利益的重大问题20类(项)明确为重大事项;校级后备干部的推荐、选拔，学校中层干部的任免等7类(项)为重要人事安排;学校基本建设项目设计方案和工程预算等11类(项)为重要项目安排;100万元及以上预算范围内预备经费的使用和50万元及以上预算范围外的经费支出均为大额度资金使用。党委常委会和校长办公会是学校“三重一大”事项的决策机构，对涉及“三重一大”事项，区分不同情况，提交不同形式的会议集体讨论、民主决策。明确学院(系)党政联席会、机关职能部门部(处)长办公会等是二级单位“三重一大”事项的集体决策机构。“三重一大”决策制度在校、院(系)两级协同推进，成为促进学校民主科学管理的强大推动力。
学院(系)全面实行“党政共同负责制”。通过多年的实践和探索，2007年，学校党委推出《学院(系)党政共同负责制实施办法(试行)》。规定学院(系)党政领导班子在学校党委的领导下，对学院12类重大事项实行共同负责，并通过党政联席会议实行集体决策。强调学院党委与行政的分工与合作，行政侧重负责教学、科学研究、学科建设、师资队伍建设等方面的重大事项，党委侧重负责思想政治工作、干部队伍建设、德育工作、安全稳定和重大突发事件的处理等方面的重大事项;院长、书记是学院的主要负责人，相互支持在其职权范围内独立负责地开展工作。校党委对学院实行问责制，由于决策产生的失误，主要领导负主要责任，参与决策者负连带责任;执行中的失误，书记和院长(系主任)根据分工分别负领导责任，分管领导负直接责任。
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