作为一所具有鲜明医学特色的高等院校，学校致力于发挥医学优势，大力发展并扶持优势、特色、交叉学科，取得了显著的效果。
1991年经湖北省教委批准，口腔内科学、医学病毒学、泌尿外科学、胸心外科学等四个学科为省级重点学科。1995年口腔内科学、医学病毒学顺利通过省级重点学科检查评估。1997年胸心外科学、泌尿外科学顺利通过省级重点学科检查评估。在此基础上，心血管内科学、药理学、消化内科学、口腔颌面外科学、人体解剖学、肿瘤学等六个学科1997年获批省级重点学科。继1978年医学病毒学研究所获批省(部)级重点实验室后，口腔医学重点实验室(1998年)、药品临床研究基地(1999年)获批省(部)级重点实验室。1998年学校附属第二医院临床药理基地批准成为卫生部临床药理基地。1999年学校医学生物技术研究中心和细胞生物学实验室批准为省级重点实验室。
至2000年，学校有心血管内科学、医学病毒学、药理学、人体解剖学、胸心外科学、泌尿外科学、口腔颌面外科学、消化内科学、口腔内科学、肿瘤学等10门省级重点学科，以及外科学总论等8门省级优质课程和卫生学等12门校级优质课程。
口腔医学。一级学科博士点。该学科在人才培养、梯队建设上已进入良性循环，形成了一批留学回国的博士群体。合校前，学校已承担科研课题19项，取得成果14项，其中防龋基因疫苗和唇腭系统研究取得重大突破。1991年在世界上首次建立了口腔米勒氏链球菌的基因库。
胸心外科学。该学科在防治心血管疾病方面承担课题26项，取得研究成果20项，其中心脏介入性疗法、难治性心率失常、心肌保护、结肠代食管等研究在国内为首创，处于领先地位。1963年率先在湖北省开展体外循环手术获得成功。
肿瘤学。该学科在肿瘤学研究，尤其是在恶性肿瘤的诊治方面，享誉国内。目前该学科承担科研课题27项，在宫颈癌、卵巢癌、肺癌、胃癌、大肠癌等方面取得了15项具有国内领先水平的研究成果，特别是在宫颈癌的研究方面做出重大贡献。该学科研究人员扎根山区17年，普查已婚妇女8万多人次，查出宫颈癌患者436例，通过积极预防和治疗，使宫颈癌发病率下降了92%，死亡率下降了81%，生存率提高了56%。
显微外科学。该学科在国内独创了30多种新手术，他们完成的“带血管蒂股骨大转子骨瓣移位术”成为当今治疗中、青年移位性头下粉碎性骨折、陈旧性骨折和股骨头缺血性坏死的最有效方法，其基础及临床应用研究居国际先进水平。“带血管蒂股骨大转子骨瓣移位术”、“四肢非主干血管蒂股骨(膜)瓣新供区研究在战(创)伤中应用”两成果分别于1997年、1999年获得国家科技进步三等奖。
泌尿外科学。该学科在泌尿外科学方面做了一些开创性的研究和临床工作，尤其在小器官移植和男性学方面的科研成果具有国际先进水平，形成了自己的特色和优势。他们独创辜丸移植术，治疗先天性和后天性无睾症;首次揭示最常见的困扰男性性功能障碍的阳痿之谜，实施治疗阳痿新技术，使该项研究取得突破性进展;首创胎儿肾上腺移植治疗慢性肾上腺皮质功能减退症;1991年1月15日，成功施行了世界首例阴茎延长术和加粗术，对治疗阴茎发育不良、短小者或因外伤缺损的病人，可重建感觉和勃起功能的阴茎，该项新技术获得2000年国家科技发明二等奖(一等奖空缺)。
医学检验学。该学科在湖北率先开展生物和遗传疾病基因监测，尤其是脂蛋白研究处于全国领先水平，开展的检验项目居湖北省医院之最。
神经精神病学。该学科的研究人员围绕脑血管病、癫痫病神经内科和神经外科作了许多研究，取得多项具有国内先进水平的成果。
医学病毒学。该学科在国内最早成立了病毒学研究机构，在国内外享有很高的声誉。该学科的专家向近敏、陈敏诲教授等成功地与美国耶鲁大学、美国军事医学科学院等国际科研机构进行了“病毒唑治疗早期流行性出血热研究”、“流行性出血热病理解剖学的研究”等科技合作。他们研制出的病毒唑已作为五类新药被列入国家药典，作为流行性出血热早期患者的抗病毒综合治疗药物。他们采用分子生物学、细胞生物学、免疫学等方法进行了宫颈癌病毒病因及其防治、病毒性疾病的诊断与抗病毒药物的筛选等方面的研究，取得了丰硕的成果，其中甲肝、乙肝、丙肝诊断试剂盒、巨细胞病毒诊断试剂盒、病毒性心肌炎诊断试剂盒均系国内首创，处于国内领先水平。
学校省级重点学科及省(部)级重点实验室始终瞄准研究前沿，在以下领域体现其科学研究优势与特色:(www.xing528.com)
口腔疾病防治研究。变形链球菌免疫防龋研究、牙本质形成和损伤修复、牙髓炎症与根管治疗、牙周炎相关菌的遗传多态性分析和宿主自身免疫缺陷的遗传基因研究，口腔颌面部肿瘤防治及肿瘤所致缺损的修复，口腔印模材料和义齿粘附剂的研究，口腔修复的微生态环境研究。
外科疾病的基础与临床应用研究。心肌保护的基础理论及临床技术(特别是未成熟心肌保护)的研究，气管替代物的实验及临床应用研究，器官显微移植，胃代膀胱的研究，阳痿的基础与临床研究、股前皮神经转位重建再造阴茎感觉功能的研究。
严重感染性疾病的诊断与治疗研究。流行性出血热的分子流行病学研究，肿瘤病毒的基因治疗，分子病毒学与分子生物学技术，常见病毒系列诊断试剂盒的研制，新病毒及病毒病的监测。
心血管疾病的诊断与综合防治研究。在进行心律失常的细胞离子通道机制及药物干预、室上性心动过速射频消融的基础和临床研究的基础上，开展了介入心脏病学、风湿性心脏病和分子生物学研究。
医药生物技术及新药研制。生物药理学及某些中药活性成分的研究;采用现代生物技术精制奥肝肽(抗乙肝转移因子)、凝血酶、降脂酶、抗结核转移因子、病原诊断试剂盒;当归气血液、更年平调液的开发研究;抗病毒中草药筛选研究。
胃肠道疾病的基础与临床应用研究。消化道肿瘤的早期诊断和发病机制研究，消化系内镜的应用(诊断及治疗)，炎症性肠病病因与对策研究。
恶性肿瘤早期诊断与防治研究。卵巢癌五年生存率的对策研究、宫颈癌综合防治研究，照射诱导细胞凋亡的研究，放射线致神经酸氨的产生与P57、TNT-2表达的关系研究。
计划生育与优生优育。石榴肉单宁栓抗生育的作用研究、陶瓷宫内节育器的研究、抗磷脂抗体综合征与优生的关系，精子膜流动性对生育的影响研究。
疾病监测与健康评价。矽肺对接触者的免疫功能影响、从分子水平上探讨化纤行业接触二硫化碳的工人的健康效应，湖北省出血热疫区的血清学类型及鼠间流行性出血热传播因素。
卫生经济与卫生管理。卫生发展战略研究、区域卫生改革研究、市场经济下卫生经济政策研究、卫生筹资及卫生资源优化配置研究、医疗服务价格改革研究。
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