为更好地为科研服务，学校在改革开放以后设立了科研处和一批科研机构。1963年成立水利研究室，1979年4月成立了水利水电科学研究所和电力科学研究所，1984年成立了水利工程施工和机电排灌两个研究所，1985年成立了社会科学研究所，1986年设立了专利事务所。截至1998年科研机构达到22个，科研人员达490人。为使科研与教学紧密结合，自1984年10月起，实行了系、所合一的科研体制。
为了促进科研工作，学校先后出台了一系列科研制度。如建立“科技进步奖励制度”，自1981年起，学校从奖励基金中拿出一定数量的经费，对优秀科研成果进行奖励，每三年评选一次，1988年改为每两年评选一次，1992年起每年评选一次。为了突出科研重点，自1986年起，学校对国家下达的重点课题、攻关项目和科学基金项目，在人力、物力上予以保证。学校设立了青年科学基金，从1989年起，每年从科研经费中拨出10万元作为校青年科学基金，资助40岁以下的青年教师和科研人员;对确有科研理论水平，又有较好经济效益而无经济来源的项目给予短期贷款;同时实行科研工作量制度，自1989年起，将科研人员承担课题经费数按一定方式折算成科研工作量，与教学工作量同等对待。学校建立了科研工作综合考核办法，自1989年起，对教师的科研工作成绩实行综合考核，自1991年起，实行科研任务目标管理，将学校每年科技计划任务分解下达到系，并制定相应奖惩措施。
为了承担重大科技项目，学校根据科技项目构成的综合性、前沿性和创新性特点，积极组织跨院系、跨专业的科研合作群体，承担了大量水利电力行业的重大科技项目，取得了令人瞩目的成绩。1997年学校与华中电力集团公司签订1018万元的技术开发合同，1998年在参加三峡工程安全监测投标中，“三峡水利枢纽大坝及厂房二期监测工程”一举中标，合同经费达1572万元。1999年与东北电力集团公司签订了“水库调度自动化”的技术开发合同，总合同经费达1250万元。2000年学校承担百万元以上的大型科技项目共有15项。(www.xing528.com)
为了推动科技创新，强化科技成果推广应用，学校把转变机制、调整结构、科技创新作为进一步增强科技实力的突破口。进入“九五”以来，学校科技工作打破了传统的相对封闭的学院式科技模式，建立了灵活多样的、面向市场的开放式科技模式，初步形成了产学研相结合的运行机制。学校先后与长江三峡开发总公司、长江水利委员会、华中电力集团公司、葛洲坝集团公司、湖北清江水电开发有限责任总公司、东北电力集团公司等单位在人才培养、科技协作等方面建立了长期合作关系，开拓了科研工作渠道，增强了市场竞争力。同时学校还加强了科技成果转化的力度，1998年科技成果转让经费突破1000万元，部分成果在转化后已形成了产业化。
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