院系是高等学校内的基层组织，按学科专业设置，对学校教学、科研、思想教育、学科发展、队伍建设、社会服务、行政管理等起分支机构作用。我国对高等学校设置院系曾有一定之规。1929年后，大学分若干学院，各学院依学科性质分设学系。1950年8月教育部颁布《高等学校暂行规程》。该规程第六条规定:“大学如有必要，得设学院，并在学院内设若干学系;学院及学系的设立或变更，由中央教育部决定之。”1952年院系调整后，大学直接分设若干学系，不再设学院。20世纪80年代大学开始设置学院，学院内设学系。
有院有系时期，即1949—1952年。1949年武汉大学设有6个学院19个系。6个学院为:文学院、法学院、理学院、工学院、农学院、医学院。19个系即中国语言文学、外国语言文学、哲学、历史学(以上属文学院);法律学、政治学、经济学(以上属法学院);数学、物理学、化学、生物学(以上属理学院);土木工程学、机械工程学、电机工程学、矿冶工程学(以上属工学院);农艺学、园艺学、森林学、农业化学(以上属农学院)。医学院未设学系。
无院有系时期，即1953—1983年。1953年院系调整后，院的建制被撤销，武汉大学只有学系建制。是年，外国语言文学系改为俄文系，武昌文华图书馆学专科学校并入武汉大学，改为图书馆学专修科(属系建制)。经调整，1953—1955年，武汉大学只设有10个系，即中国语言文学、俄文、历史学、法律学、经济学、数学、物理学、化学、生物学、图书馆学专科。1956年恢复哲学系，图书馆学专科改为图书馆学系。1958年，俄文系改为外国语言文学系，法律学系并入原湖北大学。1958年后，几经调整，至1978年学系增至13个。1979年恢复法律学系。1980—1983年，相继增设法语系(1980年)、经济管理学系(1981年)，学系数在1983年达到16个。
重开学院设置时期，即1984—1998年。1984年，学校开启院系设置改革，恢复学院建制(不含当年经批准设立的研究生院，下同)。最先设置的是图书情报学院，时间为1984年4月。同年9月，成立经济与管理学院。其后相继成立的学院有:经济学院(1986年4月)、管理学院(1986年4月由经济与管理学院分出，单独建院，经济与管理学院被撤销)、法学院(1986年9月)、外语学院(1990年1月)、生命科学学院(1992年12月)、政治与行政学院(1992年12月)、电子信息学院(1994年10月)、新闻学院(1995年5月)、化学学院(1995年1月)、哲学学院(1996年12月)、旅游管理学院(1996年4月)、文学院(1997年6月)、计算机科学与技术学院(1997年1月)、理学院(1997年9月)、历史文化学院(1998年1月)、数学科学学院(1998年3月)。截至1998年3月，武汉大学共组建有17个学院，这些学院基本上是以一个学系为依托组建的。如文学院以中文系为依托，理学院以物理系为依托等等。此外，1984—1998年，学系的设置也增加许多，由1983年的16个学系增加到1998年的59个。
院系调整重组时期，即1999—2000年。1995年在学校党委领导下，武汉大学开展了全校性教育思想大讨论。1998年学校党委又一次发动展开全校性教育思想大讨论。这次大讨论的重要成果是就树立现代教育观、人才观、质量观，深化教学改革，整合教育资源，推进校内管理体制改革等重大问题统一思想、达成共识。在教育思想大讨论的基础上，在学校党委的领导下，学校按创新性、复合型人才培养目标，本着资源共享和学科互补的原则，对院系设置进行了调整重组。经过充分酝酿，全校师生员工积极讨论，学校党委最后审定，1999年4月，学校将原文学院、历史文化学院、哲学学院、建筑学系合并组建成人文科学学院;将原经济学院、管理学院和旅游管理学院合并组建成商学院;将原法学院和政治与行政学院合并组建成法学院;将原图书情报学院与新闻学院合并组建成大众传播与知识信息管理学院;将原数学科学学院和计算机科学与技术学院合并组建成数学与计算机科学学院;将原理学院与电子信息学院合并组建成物理与电子信息科学学院;将原化学学院、环境科学系、分析测试科学中心(学系)合并组建成化学与环境科学学院。外国语言文学学院和生命科学学院因有其特殊性，未作合并调整。17个学院59个学系变成9个学院41个学系，64个本科专业变成57个。这次院系调整重组为2000年8月武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学四校合并后院系重新调整奠定了良好的基础。(www.xing528.com)
1999—2000年武汉大学调整重组后院系及本科专业设置如下:
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