1947年5月，学校根据教育部的训令，将原有的4部11所合并改组为8个研究所，即中国文学研究所、历史研究所、政治研究所、经济研究所、物理研究所、化学研究所、土木工程研究所、电机工程研究所。研究所的设置数量与国立台湾大学相同，位列全国第六位，紧随国立中央大学、国立清华大学、国立北京大学、国立中山大学和国立浙江大学之后。
此外，学校还设有植物病理学等9个研究室，生理化学等18个实验室。这一时期，因物价高涨，各所开展科研活动不多。但是，物理系桂质廷教授主持的天空电离层的观测研究工作，由于美国的援助，在珞珈山重建观测站，使观测和研究工作得以继续。1947年11月，物理系梁百先教授在世界著名的《自然》(Nature)杂志上发表论文F2 Ionization and Geomagnetic Latitudes，通过分析研究F2电离层的临界频率foF2与地磁纬度之间的关系，发现了电离层赤道异常现象。这是中国科学家在电离层研究领域作出的第一个受到国际学术界重视的重大发现。梁百先的论文至今仍被美国、俄罗斯学者引用。
此外，医学院的华中区域流行病症及寄生虫问题的研究，农学院的粟米遗传性的研究和水稻优良品种的选育也取得很多成果。农学院还参加了农业部徐家棚棉业改良的建设，与湖北省行署农垦处复耕队签订合同，由学校划出磨山校产若干亩，共同建设磨山合作农场。(www.xing528.com)
武大复员后，在经费困难的情况下，继续出版乐山时期复刊的《文哲季刊》、《社会科学季刊》、《理科季刊》、《工科丛刊》(原名《工科年刊》)及武大丛书，发表了许多有影响的学术著作，如周鲠生的《远东和平之基础》、李剑农的《中国经济史稿》、刘乃诚的《比较政治制度》、方壮猷的《中国社会史》等。
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