自强学堂筹备时期，张之洞原计划由两湖茶商捐款解决学堂经费，后因茶商两次告到朝廷，只得停收茶捐改由湖北善后局拨付。据《湖北方言学堂一览》中记载:1893年，“岁在善后局领银八千两”。
甲午战争后，张之洞决心对自强学堂大加整顿改革，在经费上也慷慨大方。1896年6月30日，钱恂向姚锡光传达张之洞之意，自强学堂包括附设的译书局在内，以每年用银四万两作计划。姚锡光认为“自强学堂照此办法，不出二万五千两用费;翻书局不出一万五千两用费。果得四万两银，用费足矣”。关于经费来源，鉴于当时朝廷急需偿还法、俄两国债款，学堂经费若“作正开销，朝廷必不应允，只好由外筹款，以作外销，出奏时不请经费，方能举办”。实际使用的经费，据《湖北方言学堂一览》中记载:1897年起，“岁在善后局领银三万两”。
1902年改为方言学堂时，每月在善后局领款2500两，即每年3万两;1904年5月，改在官钱局每月领3800元;1907年4月，改在学务公所领款，同年5月起每月增加200元，即月领4000元，同年12月起每月又加700元，即月领4700元;到1910年每月仍是4700元，即每年5.64万元。方言学堂的办学经费，除官款外，还有自费生、走读生的缴费及收取的学生膳宿费。(www.xing528.com)
关于学堂经费的开支，早期的自强学堂与全国其他书院一样，凡录取的学生，除由学堂免费提供膳宿、书本文具、校服以外，每人每月还发给膏伙银5两。1896年自强学堂改革后，取消膏伙银。学堂经费开支较大的是汉洋教职员的薪金。但是，汉洋教职员的薪金差距相当大。1896年，总稽察姚锡光月薪仅40两银;1898年，学堂总办张斯栒月薪100两银，总稽察连捷月薪50两银，主讲黄仲弢月薪100两银，英文教习辜鸿铭年薪仅800金。而洋教习的薪金则高得多，如日文翻译兼教习大原武庆，月薪170银元;日文翻译中野太郎，月薪140两银;日文翻译木野村政德，月薪130银元;德文教习贝伦司多尔夫，月薪1000马克，并免费提供住宿。
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