内部纷争导致中央帝国军事指挥权调整，施琅获得统一指挥权

按理说，万正色调任陆路提督，攻台事务应该进展得比较顺利，但二人犯了窝里斗的毛病。施琅心里的算盘是自己包揽攻台一切大权，但姚启圣可不想被架空，于是双方的矛盾集中在出兵日期上。

姚启圣主张利用冬季的北风，这样水军舰船可顺风而行，分兵多路，直取台湾岛——当年“国姓爷”郑成功收复台湾时，依靠的也是三月的北风。但施琅认为，“北风刚硬，骤发骤息，靡常不准，难以逆料”，不但不利于航行，变幻莫测且强度较高的冬季风还会导致士兵晕船，战力丧失；而夏季“南风成信”，届时“风轻浪平，将士无晕眩之患”，可先乘南风攻取澎湖，“上风上流，势如破竹”，再图台湾。双方的分歧，导致清军无法顺利出兵，攻台计划也一再迁延不行。

姚、施二人激烈争论，并各自将意见向朝廷反映。康熙二十一年（1682年）七月十三日，施琅上疏：

倘荷皇上信臣愚忠，独任臣以讨贼，令督、抚二臣催趱粮饷接应，俾臣整搠官兵，时常在海操演，勿限时日，风利可行，臣即督发进取，出其不意，攻其无备，何难一鼓而下。事若不致，治臣之罪。

——《靖海纪事·决计进剿疏》

同年十月初六日，康熙帝征询诸大臣意见，权臣武英殿大学士明珠认为：

若以一人领兵进剿，可得其志。两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。

——《康熙起居注》康熙二十一年十月初六日

康熙帝遂决定由施琅统一指挥。(www.xing528.com)

十月二十日，姚、施接到兵部密札：“……总督姚启圣停其进剿，提督施琅如无机会，仍操演兵丁，若有可进机会，统伊所派船兵，相机进取台湾可也。”至此，施琅终于争得统一指挥权。

康熙帝得知了前线纷争的情况，为了统筹全局、加速决战，再次调整了人事格局。此次作战事务全部归施琅负责，后勤供应则委托给姚启圣。

同年十一月初三，施琅率领约21000人，238艘军舰前往福建兴化府训练军队，为接下来的渡海作战做好准备。兴化的这次训练军容甚盛，可谓集结了清朝水师的精锐，看上去台湾唾手可得。

然而，被架空了去搞后勤的姚启圣心里岂能乐意，自然不会安心配合施琅。于是，他转而与台湾郑氏谈判，以免战功被施琅独占。不过，巧合的是，台湾郑氏执掌军事的刘国轩不接受清朝剃发易服的要求，因此，由姚启圣操刀的海峡两岸谈判最终破裂，一切又回到了原点，还是要靠施琅解决郑氏问题。

施琅先前立场摇摆不定，曾两度降清，而今态度坚决，上《边患宜靖疏》，强调不能容许郑经等人顽抗，盘踞台湾，而把五省边海地区划为界外，使得东南地区人民愈加贫困，赋税缺减；必须速讨平台湾，由是可裁减江、浙、闽、粤的水陆军队，恢复地方经济，赋税得以增添，民生得以安宁，边疆得以安定。

施琅熟谙东南沿海地理、军事，屡次提出台湾不能轻易抛弃，应该尽早收复。当然，这样做的原因也不排除施琅本人对郑氏集团的私人仇恨。在施琅降清以后，他的父亲、弟弟等亲属被郑氏杀害，可谓是不共戴天之仇。

康熙二十二年（1683年）六月上旬，施琅调集各种战船300余艘，官兵21000余人，在福建漳州府铜山岛（今东山岛，与澎湖隔海相望）集结，迅速完成战前编组工作，十三日祭江，十四日辰时（上午七时）乘南风向澎湖出航。