魏晋南北朝时期，封建军阀割据混战，豪门世族在经济上占有大量的土地，在政治上处于统治地位，为了保证他们在政治上和经济上的特权，创立了九品中正选举制。这个制度根据门第选拔士子做官，以致贤愚不分，形成了“上品无寒门，下品无士族”的现象。
魏晋玄学是杂糅道、儒的唯心主义哲学，是士族腐朽生活在意识形态上的反映。在这种思想的影响下，产生了与儒家相对立的自然放任的教育思潮。如嵇康反对儒家的礼乐名教，他认为礼乐从各方面对人限制干涉，是违反自然的，六经、仁义等都要一概丢掉。玄学清谈的风气和自然放任的教育思潮阻碍了教育事业的发展，长期的动乱影响了学校的正常秩序。
古文经学得以立于官学是在魏初。两晋南北朝时期，经学虽退居次要地位，但在政治上仍有它的重要作用，学校的教学内容也主要还是经学。这个时期经学的特点是由汉代的注重章句训诂变为注重义理，从两汉师法家法的束缚中解放出来，而称为“魏晋经学”。实质上这已是儒、佛、道混合的经学。(www.xing528.com)
儒学与玄学相反，他们重视教育的作用。傅玄认为，人性是极活动的，容易受教育。葛洪也强调教育的作用和努力的必要，他曾说“才性有优劣，思理有修短”，但成功还在于自身的努力。这一时期学术思想自由，儒、道、佛三者互相斗争又互相吸取，天文、数学、医药在私学中广为传授，学术与文化都有一定的发展。教育的发展也起了继汉开唐的作用。
西晋以前，魏国曾立过太学。西晋创立国子学，并设置国子祭酒、博士各一人，教授学生。惠帝元康三年（293）明确规定，官至五品以上子弟许入国子学，而太学则成为六品以下子弟求学之所。这是九品中正制实行后，士族享有政治特权在教育上的反映。它是中国于太学之外另立国子学之始，也是后世国子监的开端。这种国子学与太学的分立，直接影响着南北朝和隋唐的教育制度。
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