清初，广东回族社区因战乱遭受了严重打击，但仍然顽强地支撑下来，不绝如缕。清初，清军屯军于广州内城的繁华地段，其中包括了怀圣寺周围的回族聚居区，这导致许多回族穆斯林无处居住。总督李衰泰后“择南门临濠一带给回众居住”，回民便在濠畔街和大南路一带集中。由于回民不断聚集于南门临濠一带，加之清代江南穆斯林商人傅云峰捐资重建了濠畔寺和南胜寺、光塔寺与先贤古墓等宗教活动场所。这使得清代以怀圣寺、小东营寺、南胜寺和濠畔寺为中心的广州回族聚居区格局奠定下来，并一直延续至今。
《南海百咏续编》中有关清代回族分布记载
a.19世纪初外国人描绘广州珠江照片
b.北城墙
c.大东门
d.大西门
e.东城门
f.大北门
g.小北门
肇庆回族社区也形成于清初。明末清初，明皇室桂王朱由榔监国于肇庆，竖起“抗清复明”大旗。清军征调各路兵马，其中包括各省的回族军士，重兵围剿肇庆。战事平定后，回族军士就地“编籍为民”。当时，肇庆城内设有85间“回回营”供回族军士居住。
据肇庆回族穆斯林保存族谱和墓碑记载，除“编籍为民”的回族军士外，还有陆续从陕西长安、山东济南、浙江宣平、山西太原、山东和海南等地，于乾隆和道光年间迁往肇庆任官职、经商和讲学的回族穆斯林。他们在肇庆落籍，世代绵延。乾隆十一年（1746年），两广总督府移至广州后，“回回营”被撤销，不少回族官员、军官便将家眷携至广州，同时，一些回族商人也因此将生意移至广州。据肇庆回族乡耄追忆，清末，肇庆回族人口仍有2000多人，主要聚居在西门祝家路、大井头，东门草鞋街、豪居路、水师营、高墩里等地。
怀圣寺“洪慈普世”匾
怀圣寺“正心诚意”牌匾等
怀圣寺“追前启后”牌匾等
清代，广州各清真寺也得到了不同程度的修缮。怀圣寺在康熙年间便得到重修，光塔、大北门外清真寺、濠畔寺和南胜寺也得到了数次修缮或捐助。清末，东郊清真寺建立。东郊清真寺位于广州市东校场（今广州市体育场）西侧东贤里，约建于宣统元年（1909年），系由广州市回族、香港和海外穆斯林联合捐资修建，规模较小。东郊寺一直维持到民国27年（1938年）。日军占领广州后，在该寺附近修建仓库，遂被拆毁，后一直未获重建。
a.《重修怀圣寺碑记》
b.康熙三十四年（1695年）重修怀圣光塔寺
a.嘉庆二十五年（1820年）怀圣寺旧貌的写生画
b.咸丰九年（1858年）的光塔
c.咸丰九年（1859年）的怀圣寺看月楼与光塔(www.xing528.com)
d.咸丰九年（1859年）的怀圣寺礼拜大殿
e.咸丰九年（1859年）的怀圣寺看月楼与光塔
f.同治年间的怀圣寺光塔
g.光绪三年（1877年）的怀圣寺旧貌
肇庆城东清真寺礼拜殿
肇庆城东清真寺礼拜殿近景
肇庆城东清真寺礼拜殿内景
肇庆城东、城西各有一座清真寺。城东清真寺俗称东寺，建于明末清初，位于肇庆市端州区水师营路。东寺曾于康熙、乾隆、道光年间进行过较大规模的修整。该寺现位于水师营路17号，占地面积约1684平方米，建筑面积540米。1984年11月，被定为肇庆市文物保护单位。清真寺主要建筑有门楼、朝厅、盥洗室、回廊、大殿、滩池和花园等。大殿为砖木结构，阔13米，深13.6米，面积189.9平方米。
肇庆城东清真寺
肇庆城东清真寺所藏清代石碑
肇庆城西清真寺俗称西寺，始建于乾隆三十二年（1767年），位于肇庆市端州区康乐中路56号。现占地面积为1693.9平方米，建筑面积约1540平方米。1984年11月，被定为肇庆市文物保护单位。城西清真寺由刘士芳等率人购地于1768年创建，刘士芳亦被众人拥为该寺首任伊玛目。城西清真寺最初仅有礼拜殿。嘉庆、道光年间得到两次较大规模的扩建。肇庆东西二寺的维修资金多来自于肇庆教亲的共同捐助，并得到了广州教亲的支持。可见，清代广东省内的回族穆斯林群体已经形成了密切联系和身份认同，以广州为中心的广东回族穆斯林社会网络逐渐成形。后由于时局动荡，缺乏修缮，城西清真寺一度丧失宗教场所功能。1984年，在肇庆市伊斯兰教协会及众乡老的支持下，城西清真寺的重建终告完成。现在，清真寺有大殿、经堂、望月楼、服务楼、办公室、接待室、会议室、停先阁、沐浴室、宰牲场地等设施。
a.肇庆城西清真寺礼拜殿
b.肇庆城西清真寺尖顶俯视下的宋城
c.肇庆城西清真寺礼拜殿内景
d.肇庆城西清真寺望月亭
清代先贤古墓
清代广州回族穆斯林墓碑
清代，先贤古墓及穆斯林墓地也多次得到修缮，并获得捐赠。先贤古墓在清代共重修三次，分别是乾隆四十四年（1779年）、嘉庆二十年（1815年）和道光二十九年（1849年）。广州回族穆斯林还经常捐地、捐款、捐房产、献匾牌，以保证先贤古墓、大北门清真寺和穆斯林公共墓地的日常开销与宗教活动的进行。除捐资购地、维修公墓道路之外，针对不法分子对穆斯林公墓这一神圣空间的破坏，回民也坚决予以抵制。光绪四年（1878年），一些不法之徒毁坏穆斯林公墓的坟冢，盗卖墓碑。广州回民即刻上告广州当地政府。清政府为此颁布禁止令，并立《广州府严禁土工毁坟盗卖告示碑》于大北门外清真寺旁，以保护穆斯林公墓免受侵犯。番禺县府也明令对县属北门天平架的江南回族义山进行保护，并立《番禺县府关于江南义山坟地告示》碑。由此可知，穆斯林公共墓地不仅仅是广东回族穆斯林怀念先人的场所，还是借以建立身份认同与强化民族感情的“象征符号”。清代广东回族穆斯林对于公共墓地的修缮和保护非常重视。对于任何破坏和侵占这一神圣空间的行为都坚决予以抵制。
《广州府严禁土工毁坟盗卖告示碑》
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