顺治七年（1650年）三月，清军进攻南明重镇广州，城内驻守的达官军拼死抵抗，羽凤麒、撒之浮、马承祖等达官军后裔壮烈牺牲。由于“教门三忠”的坚决抵抗，可以推测广州回族穆斯林社区也难以幸免。今日，有关明代广州达官军日常和宗教生活的遗迹与文物都难觅踪迹，这可能与当时回族社区受到战争的巨大破坏有直接关系。
但随着统治秩序的恢复，清军中来自各地的回族军士就地编籍为民，构成了广州回族穆斯林的新主体之一。据现存广州回族族谱记载，今天的广州回族穆斯林中有相当多是清军回族军士的后裔。乾隆十一年（1746年），清王朝将两广总督府驻跸从肇庆移至广州，原先留居肇庆的回族军士的后裔们也陆续迁入广州。广州回族穆斯林民谚“先抵肇庆，后住广州”是这段移民史的写照。清代广东回族中较为著名的回族将领有马景远、杨忠、海廷琛、沙士进、肖茂迪、蔡金章等人，其中，蔡金章为广东地方的军政大员。据光绪二十三年（1897年）的《蔡绶廷军门碑记》记载，蔡金章为安徽寿州回族，以行伍出身，屡建军功，后调至两广署理军务，便一直居留南粤。蔡金章在中法战争和甲午战争中积劳成疾，以身殉职，在广东回族父老中享有盛名。
《两粤萨氏宗谱》
广东回族羽氏族谱
a.德国营造师舒乐测绘的《广东省城内外全图》（局部）（1907年）
b.19世纪初外国人描绘广州珠江的写生画，可以看到珠江边的光塔
a.19世纪初外国人描绘广州珠江照片
b.200年前的广州
《保庆善堂族谱》
《保庆善堂族谱》世系图
《广东回族陈氏家谱》
《马扶风堂族谱》
《徐氏族谱》
肇庆回族《罗积源家族谱》(www.xing528.com)
a.蔡金章将军家人墓碑
b.节烈流芳牌坊在解放北路清真先贤古墓北侧，是为纪念前署陆路提督军门蔡金章的如夫人孙氏而建
除以军职立身扬名外，清代广东回族穆斯林中已有不少为官从政者。据估计，清朝时期在广州任职的回族官员不下百人，若加上其家眷和随从人员，人数则更多。广州先贤古墓园内有两方清代康熙年间钦天监墓（现已移至新市回族坟场）。从墓碑文字来看，一位墓主人为安少斋，于康熙二十七年（1688年）去世；另一位是伍汉章，为前者外孙。安少斋应是来自江南的回族穆斯林官员，任职于钦天监。钦天监为明清两代掌管天文历法的官署。自元代开始，就有不少来自西域等地的穆斯林任职于当时的回回司天监中，由此推测，安、伍二人应是沿袭了回族家学的专业技术官员。
清代广东回族为官从政者中，比较著名的是杨枢、杨晟等几位外交官。杨枢来自广州敬修堂杨氏（或称杨公馆杨氏）家族，据《广州杨氏族谱》所载，整个杨氏家族在清代担任官职者共49人。敬修堂杨氏家族的祖先杨忠（字荩臣）为沈阳人氏，因功被擢为正红旗领催，定居北京。康熙二十一年（1682年），杨忠调防广东，授汉军正红旗上甲喇领催，编隶广东，驻防旗籍，其子孙遂世居广州。杨忠后代继承先祖遗志，多受军职，为国尽忠。广东杨氏家族自七世子孙杨枢开始，逐渐有从军职转向文官的趋势。
江南钦天监安少斋之墓
伍汉章墓碑
杨枢（1844—1917年）
兵工厂
石井兵工厂旧照片
广东钱局
杨枢，字星垣，青年时入广州同文馆学习西文。入学后，勤奋好学，成绩优秀，为同文馆教习所赏识，参与翻译《国际公法》等西文书籍，获“六品顶戴”。光绪十年（1884年），两广总督张之洞委派杨枢为“广东道兼理洋务局差事”，创办广州机房和造币厂。后张之洞奏请委派杨枢为驻日本长崎领事，考察日本政治、军事、经济、教育等方面情况。杨枢从外务部员外郎累官至鸿胪寺卿外务部右侍郎等职。光绪二十九年（1903年），杨枢出任“钦差出使日本国大臣”。宣统元年（1909年），杨枢出任驻比利时公使。辛亥革命爆发后，杨枢告老还乡，定居广州福地巷杨公馆，于1917年病逝。另一位回族外交官杨晟也来自杨氏家族。杨晟，字小川，为杨枢堂弟。其在杨枢的关怀下，进入广州同文馆学习。后杨晟前往北京深造，担任京师大学堂教习，光绪二十八年（1902年）任山东候补道总办，后担任胶济铁路监督。光绪二十九年（1903年）十月，杨晟以四品卿衔任出使奥国大臣，后任出使法国大臣，光绪三十一年（1905年）任出使德国大臣，直至宣统二年（1910年），以“丁忧”卸任，回国服丧。辛亥革命爆发，杨晟一度出任民国外交部驻江苏省特派交涉专员和上海道尹等职务。自杨枢开始，杨氏家族中进入外交界工作的共有七人。
杨枢家人合影
“一门忠孝”牌坊。曾任清朝驻日大使及驻欧洲六国公使的广州回族著名人士杨枢，在宣统二年（1910年）为彰显其爷爷和父亲对朝廷的忠孝，奏请皇帝恩准，御赐在杨氏祖茔前，竖立“一门忠孝”牌坊
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