南宋末年，广州处于宋元交战的主要战场，遭受了比较严重的破坏。战火平息后，作为中外贸易的重要商港，广州海外贸易的恢复速度异常迅速，依旧吸引着来自各地的穆斯林商人。中央政府和当地官员对广州海外贸易非常重视，自至元十六年（1279年）起，广东招讨司达鲁花赤杨庭壁就曾多次出使东南亚，整饬广州市舶事务。
元代广州的海外贸易发展到了前所未有的高度，各地往来的商人和物品汇聚于此，盛况空前。成书于大德八年（1304年）的《南海志》记载了广州海外贸易的繁荣景象：“广为蕃舶凑集之所，宝货丛聚……而珍货之盛，亦倍于前志之所书者。”书中记载了当时与广州有直接贸易关系的140多个国家和地区。意大利旅行家、天主教传教士鄂多立克于至治二年（1322年）来到广州。他写道：“我到此邦的第一个城市叫辛迦兰（即广州），它是一个比威尼斯大三倍的城市。……该城有数量极其庞大的船舶，以至有人视为不足信。确实，整个意大利都没有这一个城的船只多。”中世纪四大旅行家之一的伊本·白图泰于至正七年（1347年）前后来到中国，他称：“隋尼克兰（即广州）是一大城市，街市美观，最大的街市是瓷器市，由此运往中国各地和印度、也门。”从以上外国旅行家对元代广州城市建设和海外贸易兴盛形状的描述可知，经过元代的恢复和发展，广州作为国际商贸巨埠的地位已经不可动摇。伊本·白图泰写道：“城（即广州）的一个地区是穆斯林居住区，内有清真大寺和道堂。”从白图泰的记载来看，当时广州城内仍像唐宋两代一样，有着穆斯林聚居的社区。其实，元代穆斯林社区的范围已较前代扩大。至元二十八年（1291年），行枢密院副使、广东宣慰使阿里疏浚了开辟于北宋景德年间（1004—1007年）的南濠，使得中外商船皆可在内港（即古西澳，今濠畔街一带）停泊上岸，改变了以往蕃舶只准在外港扶胥镇（今黄埔南岗、苗头村）纳完税后才进入广州的历史。因此，原在怀圣寺周围聚居的穆斯林开始沿玉带濠向西南一带扩展，玉带濠西段（今人民中路附近）遂发展成为穆斯林聚居区。
大德《南海志》
伊本·白图泰
元代，更有不少跟随蒙古人从西域来到广州的军士和官员，如广州怀圣寺中的一方阿拉伯文古碑就记载了一位来到广州的阿拉伯青年武官事迹。碑文写道：“受祝安的先知曾训示说：死在异乡者，已成为烈士了。”“伴随这坟墓的，是一位阿拉伯青年武官，名为阿拉丁·本·嘎西木，他在七二七年八月的战役中牺牲，祈求清高的真主对他慈悯。”根据碑文所载的年代，可以推测出这位青年武官于伊斯兰教历727年战殁，也就是元仁宗皇庆元年（1312年）。
至元二年（1265年）二月，元世祖忽必烈诏命“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回充同知，永为定制”。因此，元代前往广东充任地方行政长官的回族人应不在少数。
元至正三年（1343年），广州怀圣寺毁于火灾。至正十年（1350年），在回族官员的主持下，怀圣寺得到重建。关于重建怀圣寺的情形，正可见《重建怀圣寺记》碑记载。碑云：
（阿拉伯文）清高的真主说：“只有笃信真主和后世者才配管理真主的清真寺。”先知穆罕默德——祝他平安——说：“谁建造一座清真寺，真主将在后世为他兴建七万座乐园。”
广州元代阿拉伯文古碑
这座尊贵的名为先贤大寺，系马斯欧德和马合谋大元帅（重建）。（缺字）祝马合谋大元帅永享崇高（缺字）。
时在七百五十一年七月□□日
重建怀圣寺记
奉议大夫、广东道宣慰使司、都元帅府经历郭嘉撰文
政议大夫、同知广东省宣慰使司、都元帅撒的迷失书丹
中奉大夫、江浙等处行中书省参知政事僧加（嘉）讷篆额
白云之麓，坡山之隈，有浮图焉。其制则西域，嵥然石立，中州所未睹。世传自李唐迄今。蜗旋蚁陟，左右九转，南北其扃，其肤则混然，若不可级而登也。其中为二道，上出惟一户。石碑漫漶，而莫之或纪。寺之毁于至正癸未也，殿宇一空。今参知浙省僧家讷元卿公实元帅，是乃力为輂砾树宇，金碧载鲜。征文于予，而未之遑也。适元帅马合谟德卿公至，曰：“此吾西天大圣擗奄八而马合麻也。其石室尚存，修事岁严。至者乃弟子撒哈八以师命来东。教兴，岁计殆八百，制塔三，此其一尔。因兴程租，久经废弛。”选于众，得哈只哈散使居之，以掌其教，噫！兹教堀于西土，乃能令其徒颛颛帆海，岁一再周，堇堇达东粤海岸，逾中夏，立教兹土。其用心之大，用力之广，虽际天极地，而犹有未为已焉者。且其不立象（像），教惟以心传，亦仿佛达磨。今观其寺宇空洞，阒其无有像设，与其徒日礼天祝厘，月斋戒惟谨，不遗时刻晦朔，匾额“怀圣”。其所以尊其法，笃信其师教，为何如哉！既一毁荡矣，而殿宇宏敞，广厦周密，则元卿公之功焉。常住无隐，徒众有归，则德卿公之力焉。呜呼！不有废也，其孰以兴？不有离也，其敦与合？西东之异俗，古今之异世，以师之一言，历唐宋五代，四裂分崩，而卒行乎昭代。四海一家之盛世，于数十万里之外，十百千年之后，如指如期，明圣已夫！且天之所兴，必付之人。虽灰烬之余，而卒昭昭乎成于二公之手，使如创初，又岂偶然哉。遂为之辞曰：
元至正十年（1350年）《重建怀圣寺记》古碑(www.xing528.com)
天竺之西，曰维大食。有教兴焉，显诸石室。
遂逾中土，阐于粤东。中海外内，窣堵表雄。
迺立金鸡，翘翼半空。商舶是脉，南北其风。
火烈不渝，神幻靡穷。珠水溶溶，徒集景从。
甫田莽苍，复厦穹窿。寺曰怀圣，西教之宗。
至正十年八月初一日，当代主持哈只哈散。
中顺大夫、同知广东宣慰使司、都元帅府副都元帅马合谋。
从撰文者奉议大夫、广东道宣慰使司、都元帅府经历郭嘉的记述可知，至正十年（1350年），马斯欧德和“同知广东宣慰使司、都元帅府副都元帅”马合谋主持重建怀圣寺。“中奉大夫、江浙等处行中书省参知政事”僧加（嘉）讷、“政议大夫、同知广东省宣慰使司、都元帅”撒的迷失亦有襄赞。怀圣寺在重建之后，更选“哈之（即哈吉，前往圣地麦加朝觐，并按教法规定履行了朝觐功课的穆斯林的尊称）”哈散为主持（即伊玛目），管理怀圣寺的宗教活动和日常事务。使得怀圣寺不仅恢复了建筑形态，而且还恢复了宗教功能。重建广州怀圣寺表明，来自西域的回族人广泛且深入地卷入到当地穆斯林社区的事务当中，为后世回族民族共同体的形成奠定了坚实的基础。
由于元王朝具有较之前朝更加宏伟的疆域领土和便利的交通设施，除了穆斯林商人、军士和官员之外，作为海上贸易枢纽的广州也成为穆斯林旅人经行和停留的重要地点。1985年7月，在离宛葛素墓西侧十公尺的木棉树下，出土了一方篆刻有阿拉伯文和汉文两种文字的石碑。这块石碑被称为剌马丹墓碑，篆刻于至正九年（1349年），是现今广州市保存最早的伊斯兰教石碑。整块石碑高64公分，宽42公分，厚达6公分。石碑四沿刻有伊斯兰教图案，中间为横文阿拉伯文字，共有九行，两侧为竖写楷书汉字。汉文为：大都路宛平县青玄关住人剌马丹，系高丽人氏，年三十八岁。[令]除广西道容州陆川县达鲁花赤。于至正九年三月二十三日殁后葬于广州城北流花桥畔。
阿拉伯文译为：人总是要死的。
真主，除他外绝无应受崇拜的。他是永生不灭的，是维护万物的。瞌睡不能侵犯他，睡眠不能克服他。天地万物都是他的，不经他的许可，谁能在他那里替人说情呢？他知道他们面前的事和他们身后的事，除他所启示的外，他们绝不能窥测他的玄妙，他的知觉，包罗天地；天地的维持，不能使他疲倦。他确是至尊的，确是至大的。
真主的使者曾说：“死在异乡者，已成为殉教烈士了。”
这座坟茔是阿老丁之子剌马丹臣仆归宿之处，祈求真主慈悯宽恕他们（下缺词一组）。旅行库尔德的阿勒颇（下缺词一组）时在七百五十一年真主吉祥的七月□日丹书
据碑文记载，墓碑主人剌马丹（1311—1349年）为元大都附近宛平县人，是信仰伊斯兰教的色目人，其祖籍为高丽人氏。剌马丹非常虔诚，生前曾到过叙利亚附近地中海东海岸的阿勒颇，可能是希望赴麦加朝觐。他后来可能在从海路返回中国时，不幸殁于广州，或可能是回国之后在任职广西道容州陆川县达鲁花赤职务时，来广州朝觐宛葛素墓时归真。在广州归真后，剌马丹被当地的穆斯林安葬于先贤古墓内（位于宛葛素墓西侧）。
剌马丹墓碑
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