1279年，元世祖忽必烈灭亡南宋。蒙古人建立了军事力量空前强大的元王朝，疆域得到极大的扩展。元王朝带给中国的不仅仅是一个疆域辽阔、气势恢宏的大帝国，蒙古势力的西进还给中国带来了多种多样的民族和文化。对于中国穆斯林族群来说，从元代开始，被称为“回回”的穆斯林族群在中国孕育并发展壮大。在这之后的七百多年时间里，包括回族在内的各穆斯林民族成为中华民族大家庭中不可或缺的重要组成部分，为中华民族文化增添了炫目耀眼的光辉。
1206年，铁木真被蒙古各部推举为“成吉思汗”，蒙古政权正式形成。1219年起，蒙古人开始大举西征。在蒙古人三次西征中，信仰伊斯兰教的花剌子模、木剌夷王朝和黑衣大食（阿拔斯帝国）相继灭亡。黑海以东、葱岭以西的穆斯林民族均臣服于蒙古政权。西征之后，蒙古政权将为数众多的阿拉伯人、波斯人和中亚各族人迁移到东方，这些人就是元代官方文书中的“回回”人，其中包括了当地社会上层、工匠、军士和妇孺百姓等等。
在政治领域，蒙古统治者将中国境内的各民族和族群分为四等：蒙古人、色目人、汉人和南人。各民族和族群按照所属等级享有不同的政治、社会和经济地位。为了牵制占据人口大多数的汉人和南人，蒙古人将“回回”人归属到第二等的色目人，希望利用“回回”上层来统治汉人和南人，并达到分化和削弱被统治民族的目的。因此，元代回族人在政界、科举、经济、司法等领域均享有一定的特权。据统计，回族人在元代担任右丞相、左丞相、平章政事、右丞、左丞和参知政事的人，自世祖朝至顺帝朝共有30人。
元世祖孛儿只斤·忽必烈（1215—1294年）
a.元代疆域图［至元十七年（1280年）］［谭其骧主编：《中国历史地图集》（元·明时期），中国地图出版社1996年版，第3～4页］
b.成吉思汗孛儿只斤·铁木真（1162—1227年）
在军事领域，蒙古人编制了包括大量回族军士在内的西域亲军和探马赤军等军事力量。其中，探马赤军自1273年之后就“随地入社，与编民等”，被称为“回回户”。居住在中国西北的陕西、甘肃和宁夏等地的“回回户”，以屯垦牧养为主要生计方式。除西北外，在西南边陲的云南和长江中下游的江南地区也形成了回族人聚居区。宋末元初的诗人周密写道：“今回回皆以中原为家，江南尤多，宜乎不复回首故国也。”
刘贯道所绘《元世祖出猎图》，其中，元世祖身边有来自中亚的侍从(www.xing528.com)
赛典赤·赡思丁墓。赛典赤·赡思丁（1211—1279年），塔吉克人，一名乌马儿。赛典赤在阿拉伯语中为贵族之意。原为不花剌人，于成吉思汗西征时归顺，充任宿卫，后任云南行省平章政事，为云南设立行省的第一任行政长官
由于元王朝版图的扩张和其对发展海外贸易的重视，海上交通获得了更大的发展。灭宋后，忽必烈即命令蒲寿庚等人负责招徕海商，派人前往海外贸易。元代，东南沿海和波斯湾的航路得以继续保持，并逐渐深入到开罗和亚历山大港一带。中西交通的发展和海外贸易的兴盛使得阿拉伯和波斯商人继续前往东南沿海的广州、泉州和宁波等地从事远程贸易。这些商客有些便在东南沿海的港口城市定居下来，与唐宋时期的蕃客后代混居一处。而这些大量东来的“回回”官员、工匠、军士、商人及其家庭就成为日后中国穆斯林的来源之一。
始建于元代的纳家营清真寺
始建于元代的云南金牛街清真寺
相较于唐宋王朝，元代穆斯林族群逐渐摆脱了“蕃客”“蕃商”等宽泛称呼，而有了较为具体的称呼，如“回回”“莫斯兰”“没速鲁曼”“木速曼”等等。其中，“莫斯兰”“没速鲁曼”“木速曼”都是穆斯林的音译，而“回回”则作为穆斯林的称号在元代被确立下来。这表明，元代，随着大量穆斯林族群东来，中国社会对穆斯林族群的认知和了解也逐渐加深。
元代剌桐海船模型
浙江省元代晚期海船遗迹
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