10世纪以后，佛教从邻近的国家古格传播到拉达克，宁玛派（Nyigmapa）是最早出现在拉达克的教派。宁玛派，俗称红教，始建于8世纪，是莲花生大师传下的最为古老的佛教教派之一，主要吸取西藏苯教的部分元素并且传承了吐蕃王朝时的密教教义。迄今为止，在拉达克地区宁玛派寺庙数量极少，以塔克托克（Takthok）寺庙最为著名。
萨迦派（Saskyapa，俗称花教）于11世纪下半叶形成，为灰土之意，由于最初建造的寺庙所在的山上岩石风化继而形成灰色的土而得名萨迦。1073年，贡却嘉波——吐蕃王国昆氏贵族家的后裔，在西藏日喀则萨迦地区建立了萨迦寺，开始了萨迦派的传承。又因其寺庙墙体外围涂有红、白、蓝三色条纹，故名花教。拉达克的玛卓（Matho）寺系萨迦派寺庙，建造者是仲巴多杰桑布（Drung-pardorje-bzang-po），玛卓寺的另一属寺名曰格芒寺（Bskyid-mangs），为堪钦曲贝桑布（Mkhan-chen Chos-dpal-bzang-po）所建，其地址至今尚未查明，但是确有此寺存在。
噶举派（Kargyupa，俗称白教）形成于11世纪中期，特点是口口相传佛法教义，强调耳听至心领，侧重密法，同时它也是支系最多的佛教教派，止贡派（Digungpa）就是噶举派的分支之一。1215年，久丹贡布（Vjig-rten-mgon-po）——止贡派的创始人受到俄珠贡（Dngos-grub-mgon）国王的资助，开启了另一个时代。自此以后，止贡派开始影响拉达克王国，著名的喇嘛玉如（Lamayuru）寺——目前可考证的拉达克土地上最古老的寺庙，就隶属于止贡派寺庙，是拉达克的中心。据传，喇嘛玉如寺的选址和修建都是由是玛尔巴（Mar-pa）的著名老师纳罗帕（956—1040）完成的。为了修建寺庙，他排净了湖里的水。森格岗（Senggesgang）是喇嘛玉如寺中历史最为悠久的建筑，据说是由仁钦桑布译师或者是他的一名弟子所建。
止贡派的僧人喜于社交，国王俄珠贡因此命令拉达克的新进僧人到卫藏地区受戒学习，后来逐渐形成了探访的制度。短期看来，这种做法对拉达克地区的佛教发展很有帮助，但是长远来说，这代表着对卫藏地区的一种精神依赖，人们乐于去学习而摒弃了创新精神。拉达克本土的原创立说不复存在，而卫藏的高僧又常常自恃过高，多次与拉达克寺庙的管理者产生矛盾冲突。1959年后，前往卫藏的探访之路已经封闭，当地文化无从发扬，源头被截断，这直接导致拉达克僧人受教育的程度大幅度降低，本土的学习机构、研究处所无法满足上层僧侣的精神文化要求。这在当时来说，在一定程度上阻碍了拉达克止贡派建筑的发展。
15世纪，格鲁派（Gelugpa）传到了拉达克并被拉达克国王所接受，建于14世纪的格鲁派，又称黄教（僧人衣帽穿着黄色），为善规之意，要求僧侣严格遵守戒律。格鲁派是佛教教派中兴起最晚的教派，创始人是宗喀巴。在格鲁派寺庙中，斯皮托克寺是其在拉达克最为著名的寺庙，建于17世纪后；蒂克塞（Thikse）寺也是格鲁派的典型代表，建于相同的时期。随着格鲁派影响力的急速扩大，拉达克国王接受了使者的建议，为这个新的教派将贝土寺重新修建成格鲁派风格的寺庙。贝士寺原本由古格王国的沃德在11世纪所建，改建者扎本德将其彻底重新修建并改成黄教寺庙。拉旺洛追（Lha-dbang-blo-gros）的活动紧紧捆绑住了拉达克地区格鲁派的命运。关于贝土寺的修葺存在两种不同的说法，一种认为贝土寺的修葺完成于扎本德统治的时代，拉旺洛追对于此工程功不可没，这种见解得到了卫藏地区参考文献的肯定；另一种认为由于年代的因素及根据可靠文献记载，贝土寺是由一位南卡巴（Nam-mkhav-ba）住持在拉旺洛追时代所完成的[7]。
利吉尔寺也是格鲁派时期的古老寺庙，建于11世纪，随后格鲁派重新将其修建。与贝土寺的争议相同，关于修建者也存在两种观点，其一是根据18世纪利吉碑文显示，寺院住持南卡巴——拉旺洛追继任者建造了利吉尔寺；其二是当地后期资料显示拉旺洛追是其当之无愧的修建者[8]。所以关于贝土寺和利吉尔寺的修建者仍悬而未决，需要大量资料来再度考证。在同一时期，还有很多关于格鲁派活动的记录。当地史料记载，宗喀巴的弟子堆·喜饶桑波（Stod Shes-rab-bzangpo）在赤泽（Khrigrtse）北部建造了历史悠久的达摩拉康（Stag-mo Lhakhang）佛堂，而赤泽寺本身则由堆·喜饶桑波的侄子贝·喜饶扎巴（Dpal Shes-rab-gragspa）建造，是黄教著名的尼姑寺和巴郭拉（Bakula）活佛驻地。15世纪40年代，杜增·扎巴贝丹（Vdul-vdzin Grags-pa-dpal-ldan，1400—1475）作为一世达赖喇嘛的重要弟子之一，到位于克什米尔边境的玛域之地以及玛旁雍错湖展开旅行，在其寺庙古老的氛围中艰苦地修行。喜饶桑波就是他在当时遇见的，从此开始随其对密典进行学习研究，概括来说杜增·扎巴贝丹在阿里及拉达克居住了7年左右。总之，此时拉达克的佛教建筑的发展及精神生活方面等等都十分活跃。后来，随着君主制的衰落，格鲁教派的财富和信众日益增加。直至今日，在拉达克社会中，巴郭拉活佛仍占据重要地位。
格鲁派在拉达克的历程可概括为：15世纪下半叶，止贡派衰败，格鲁派出现并取而代之，占据了在拉达克的主导地位，这种优势保持了一个多世纪，期间与卫藏地区的格鲁派寺庙联系，紧密维持了良好的关系。16世纪末到17世纪初，曲杰·丹玛（Chos-rje Ldan-ma）凭借着自我努力和个人的号召力使止贡派出现了短暂的复兴，止贡派的中心岗俄（Sgang-sngon）寺就是由他修建并保存至今的。当时的拉达克国王扎西南吉（Bkra-shis-rnam-rgyal）在曲杰·丹玛的要求下，命令家里若有一个以上的男孩，必须有一人为僧[9]。虽然现在看来这一要求极不合理，但是足可见那时止贡派的影响力。
17世纪上半叶，穆增（Rmug-rdzing）将支竹巴派（Drugpa）——噶举派的分支之一传入拉达克，开创了竹巴派（Drugpa）的先河。随后，达仓热巴（Stag-tshang Ras-pa）稳定了竹巴派在拉达克的地位，赫密斯寺（Hemis）是竹巴派的主要寺庙，它与拉达克王室的关系比较亲密，寺庙相当富足，此时，竹巴派已成为当地地位最高的教派，但是并未能完全支配整个拉达克王国。
18世纪最后的25年中，在第六世朵丹仁波切·丹增曲扎（Rtogs-ldan Rinpo-che Bstan-vdzin-chos-grags）的带领下，止贡派又重新占领了一席之地。他生于吾如朵（Dbu-ru Stod），曲吉尼玛（Vbri-gung Gdan-rabs Chos-kyi-nyima）——第28代止贡法嗣为他剃度。结束了之前在藏地夏然寺的住持职务后，朵丹仁波切·丹增曲扎前往拉达克的岗俄寺担任该寺庙的住持，让曾经辉煌的古老的止贡派寺庙焕发活力、重获新生。朵丹仁波切·丹增曲扎是次旺南吉（Tshedbang-rnam-rgyal）和他的继任者次旦南吉（Tshe-brtan-rnam-rgyal）的上师，在拉达克，他的影响力十分巨大。后来，他重返卫藏，任央日噶寺（Yang-ri-sgar）的主持，打理止贡派寺庙。此后，继任者们驻锡在岗俄寺。今天在拉达克，第十世朵丹活佛是著名的阅历丰富、满腹经文的高僧之一，在当地颇具影响。而格鲁派活佛巴郭拉近年来也在拉达克政治社会中占有一席之地，实际上第一世活佛巴郭拉于19世纪晚期才第一次前往拉达克[10]。
综上所述，在拉达克的历史长流中，止贡派、格鲁派和竹巴派三个喇嘛教派分别扮演了各自在其特定时期的本职角色，按照时间先后顺序排列为：止贡派、格鲁派和竹巴派。除此之外，宁玛派和萨迦派两个早期教派在拉达克也有其对应的寺庙建筑。虽然在拉达克被道格拉（Dogra）人侵占前只存在这两个教派，但是对于拉达克的政治层面而言，宁玛派和萨迦派都未造成影响。(www.xing528.com)
据我们对当地的调研，近些年来，卫藏地区又有大批人进入拉达克并在当地建造了小型的佛堂，分别隶属于宁玛派、萨迦派和噶玛派（噶举派的分支之一）。
下文总结出拉达克地区主要的寺庙名录，并归纳了拉达克的寺庙教派所属（表4-1）。
宁玛派（Nyigmapa）：塔克托克寺（Takthok）、查达寺（Brag-stag/Brag-ltag）；
萨迦派（Saskyapa）：玛卓寺（Matho）；
止贡派（Digungpa）：喇嘛玉如寺（Lamayuru）、皮央寺（Phyang）、岗俄寺（Sgang-sngon）；
竹巴派（Drugpa）：赫密斯寺（Hemis）、雪依寺（Shey）、洁哲寺、瓦姆勒寺（Wam-le）、达纳寺（Stag-na）；
格鲁派（Gelugpa）：阿奇寺（Alchi）、利吉尔寺（Likir）、赤泽寺（Khrigrtse）、巴郭寺（Basgo）、日宗寺（Rizong）、蒂克塞寺（Thikse）、斯皮托克寺（Spituk）、桑喀尔寺（Gsang-mkhar）。
表4-1 拉达克地区主要的寺庙
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