以银柴胡的叶片、鲜根和干根为材料,分别采用2%CTAB 法、4% CTAB 法、SDS 法、试剂盒法、高盐低pH 值法和尿素法共6 种方法提取3 种材料的DNA。提取的DNA 经紫外线检测、琼脂糖凝胶电泳和PCR 扩增确定最适方法。
1.3.1 2%CTAB 法 取银柴胡叶片(长0.5~1.0 cm)、鲜根(长0.2~0.5 cm)和干根(长0.2~0.5 cm),经70%乙醇擦洗表面后放入600 μl 2% CTAB 缓冲液[2%CTAB、100 mmol/L Tris-HCl (pH 值8.0)、20 mmol/L EDTA、1.4 mol/L NaCl、2%可溶性PVP]中,并加入2% β-巯基乙醇,再加2 枚直径为0.45 mm 的小钢珠,叶片和鲜根置于研磨仪上,以1400 次/min 研磨4 min,干根以1600 次/min 研磨6 min;65℃水浴30~45 min,4℃、12000 r/min 离心10 min;在上清液中加入等体积三氯甲烷、异戊醇(体积比为24∶1)充分混匀,4℃、12000 r/min 离心10 min;取上清液,重复以上步骤1~2 次,直到界面清晰为止;在上清液中加入2~3 倍体积的-20℃预冷的异丙醇,于-20℃静置30 min,4℃、12000 r/min 离心20 min;沉淀用70%乙醇洗涤2 次后,4℃、12000 r/min 离心2 min,沉淀晾干后加入100 μl TE 缓冲液(由Tris 和EDTA 配制而成)溶解,-20℃保存备用。
1.3.2 4% CTAB 法 具体步骤参考1.3.1 节,提取液为4% CTAB 缓冲液[2% CTAB、100 mmol/L Tris-HCl(pH 值8.0)、20 mmol/L EDTA、1.4 mol/L NaCl、3%可溶性PVP、2% β-巯基乙醇]。
1.3.3 SDS 法 具体步骤参考1.3.1 节,提取液为SDS 缓冲液[10% SDS、50 mmol/L Tris-HCl(pH 值8.0)、100 mmol/L EDTA、1%可溶性PVP、2% β-巯基乙醇]。(www.xing528.com)
1.3.4 试剂盒法 在材料中加入GP1 缓冲液,参照1.3.1 节的方法研磨,采用植物基因组DNA 提取试剂盒(离心柱型)提取DNA,详细操作参照试剂盒说明书。
1.3.5 高盐低pH 值法 根据文献[9]的操作步骤进行试验,材料处理方法同1.3.1 节,提取缓冲液含0.1 mol/L NaAc、0.05 mol/L EDTA、0.5 mmol/L NaCl、3% PVP、3% SDS、1% β-巯基乙醇。
1.3.6 尿素法 在材料中加入尿素裂解液[7 mmol/L 尿素、0.3 mol/L 氯化钠、0.034 mol/L 十二烷基肌氨酸钠、50 mmol/L Tris-HCl(pH 值8.0)、20 mmol/L EDTA(pH 值8.0)],参照1.3.1 节的方法研磨,摇匀,65℃水浴20~30 min;12000 r/min离心10 min,吸取上清液,将上清液移入另一新管中;加入等体积的三氯甲烷、异戊醇(体积比为24∶1)溶液,振荡数次混匀,12000 r/min 离心10 min;重复上述步骤;在上清液中加入2/3 体积的-20℃预冷的异丙醇,混匀,-20℃沉淀30 min,12000 r/min 离心10 min;在沉淀中加入200 μl 70%乙醇洗涤2 次,4℃、12000 r/min离心2 min,沉淀晾干后加入100 μl TE 溶解,-20℃保存备用。
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