附小二部的全部工作分两类：事务类有教务、管训、卫生、园艺、运动、庶务、会计、统计八股，曹鸿年负责前四股。教学类有修身、地理、历史、理科、体操、手工、图画、唱歌、英文九科，曹鸿年负责“修身”一科。除国文、算术由三位级任教员担任外，其余事务类的四股和教学类的八科，由这三位教员和一位庶务分别担任。曹鸿年以主任的身份总其成。他在对学生进行德、智、体教育方面，强调一定要形象化。
（1）德育——“修身”作为小学校的一门课程，相当于现在的思想政治工作。当时我国外有列强觊觎，已临被瓜分的危险，内有军阀混战，国弱民贫，这种形势也就成为“修身”一课的主要内容。
附小二部的图书室挂着两幅寓言式的地图，形象地画出了列强环伺中国的形势。一幅用各种动物象征各国，在中国的位置上画了一只肥猪，北面画了影射帝俄的大章鱼，东面是影射日本的飞鹰，西南是影射英国的猛虎。另一幅寓意相同，用人形来表示，中间是一位愁容满面的病夫，四周是一些恶棍。无须说明就能了解中国的处境，触目惊心，是一堂无言的爱国主义教育课。
曹鸿年常用古代名人的故事教育学生，他常讲的一则故事是东汉光武帝刘秀的将领之一冯异，每战争作前锋，但为人谦逊。事后诸将争功，冯异则远坐大树下，时人称之为“大树将军”。附小二部有一棵老槐树，曹鸿年请木工沿着树的周围做了一个环形的椅子，钉一块木牌：“大树将军椅”，既可乘凉，又可教育学生养成谦让的美德。
（2）智育——当时各小学都用“教育部审订”的教科书，附小二部也不例外，但教学方法不同于一般的小学校。据《优良小学事录第一辑》关于附小二部的“教授实况”记载：“教授采用自习主义，每日上下午授课前自习45分钟。将本日应讲之功课所有生字难句，摘录于黑板，经级长或组长照《辞源》或字典加注于生字下，各生抄于国文笔记。及授课时可收事半功倍之效。且讲授多利用学生助手自动，课业亦多采用问答法，教法多用三阶段。星期六下午第一课时复习本周内已讲授者……”在完成基本训练的过程中，养成学生自学的习惯来发展智力，是小学教育极为重要的收获。
此外，有两项课外训练，也就是曹鸿年所说：“虽一物之微，一事之细，皆当精心缔造”的具体表现，也值得一提：(www.xing528.com)
在操场的入口处设有一个四方形的沙盘，上有用细沙堆成的山脉、河流、湖泊、道路，绿树成行，小桥、小庙、小塔点缀其间，这是教授地理课用的沙盘，给学生留下了深刻的印象。
在第二教室背后走廊的尽头，有书桌一样高的砖台，放着几块大方砖，旁有水罐，插着用藤条作成的“笔”。学生用“藤笔”蘸水在方砖上练习书法，字迹转瞬消失，可供长期使用。
（3）体育——附小二部每日朝会全体师生作呼吸运动，唱校歌。除课内体操外，“每日下午课后使年龄稍长学生练习筐球（篮球）、跳高、跳远、赛跑、足球、拳术、剑术等运动。每日休息时间，使幼年儿童练习笼球、豆囊等运动。”
曹鸿年根据瑞典式教育体操和当时的操典，编成了《新式体操》一书，自绘连环插图，于1917 年以石印出版，很受学生欢迎。他本人也从事体育锻炼，每天练“八段锦”和剑术。
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