海洋保护区是指以海洋自然环境和自然资源保护为目的，依法把包括保护对象在内的一定面积的海岸、河口、岛屿、湿地或海域划出来，进行特殊保护和管理的区域，包括海洋自然保护区、海洋特别保护区。全国已建有各级、各类海洋保护区200余处，保护面积超过330万公顷。连云港海域内有2个海洋保护区、1个鸟类保护区和1个海洋公园。
连云港海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区
连云港海州湾海湾生态与自然遗迹海洋特别保护区总面积达490.37平方千米，海岸类型齐全，保护区内有江苏独有的基岩海岛、40千米沙滩、30千米基岩海岸、泥质海岸及海岛森林，是典型的海洋海岸岛礁自然地貌区。秦山岛上有“神路”之称的4.5千米长连岛沙坝、“大将军”和“二将军”之称的海蚀柱、龙王河口南岸的羽状沙嘴，形态典型，极具科学意义。赣榆区沿海有海滨沙矿，曾有矿金开采。东郊的数道贝壳沙堤，在宋庄附近保存较好，标志着不同时期的海岸线，见证了自然变迁的过程。
江苏省海州湾中国明对虾国家级水产种质资源保护区
2009年建立了海州湾中国明对虾国家级水产种质资源保护区，保护对象是中国明对虾，根据中国明对虾的洄游路线、产卵习性和分布特点等，划分出1个核心区和2个实验区，在特殊保护期内（4～5月，9～11月），未经农业部或省人民政府渔业行政主管部门批准，保护区内禁止从事任何可能损害或影响保护对象及其生存环境的活动。实验区处于核心区外围，起着保护核心区的作用，主要作为科学研究基地。
该保护区的建立既能有效保护中国明对虾，也能让黄鱼等国家重点保护经济水生物种和地方珍稀特有水生物种数量得到恢复。(www.xing528.com)
江苏省前三岛鸟类特别保护区
前三岛是连云港境内车牛山岛、达山岛和平山岛的统称，共由六岛六礁组成，总面积为0.32平方千米。前三岛是我国沿海候鸟南北迁徙的中间站。岛上鸟类有18目41科，共计200多种鸟类在此繁殖，如黑鹳、海鸬鹚、赤腹鹰、白尾鹞、燕隼、灰背隼等，其中许多属于国家一、二级保护鸟类。每年春秋两季，鸟类云集。目前前三岛鸟类特别保护区被列为江苏省沿海唯一的鸟类自然保护区。
江苏连云港海州湾国家级海洋公园
江苏连云港海州湾国家级海洋公园位于江苏省连云港市海州湾海域，总面积514.55平方千米，是我国首批国家级海洋公园之一，是全国最大、江苏唯一的海洋公园。根据不同的主导功能，分为重点保护区、生态与资源修复区、适度利用区及预留区。主要功能是减少或禁止破坏海洋生态系统的开发活动，保护海岸原生动植物资源、野生鸟类栖息地和迁徙通道，保持现有海洋以及海岸的生态环境和生物多样性。
海州湾国家级海洋公园
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