青年军的各级军官，从师长以下至连排长，大部分来自陈诚的第十八军或是其他部队的佼佼军事骨干，如训练总监罗卓英是陈诚的保定军校的同学，又都属于黄埔系，陈诚是企图通过罗卓英来掌握这支新的武装力量。当然经过选拔的军官们都经过青年军编练总部军官训练团受训，但对于政工人员隶属和听从军方的传统仍浓厚存在，军队主管官要求严格纪律和绝对服从，政工体制则强调独立自主的工作，所以军事与政工干部之间并不融洽，时有龉龃，各自上告到训练总监部和总政治部。青年军建立之初，陈诚拟通过其保定军校同学罗卓英及黄埔系来掌握这支新军的实权，而蒋经国以其独特的政工体制，“以政制军”控制这支武装力量。所以这个问题的实质是陈诚与蒋经国之间的斗争。
这种情况，在部队的基层军、政组织中最为突出表露出来。就是政工人员之间，也是各自为政，除尊重蒋经国一人外，并不重视上下级的关系，因绝大多数政工人员，都是刚出校门的大专学生，他们把蒋经国看成是传奇人物，把青年军的政工系统看做是他们施展才干和表现自己的场所。他们具有爱国心，但缺乏工作经验，对国民党军队的内情，更是一无所知。青年军当时虽做为一支新军来标榜，但所发生的问题，以蒋经国为首的总政治部感到棘手。如总政治部附设有出版社，拟出版对青年军各师官兵进行宣传的刊物，经过长时间的筹划，始终未见到一份象样的刊物问世。再如，在重庆复兴关运动场举行球王李惠堂的足球表演赛，轰动整个重庆市，人山人海地去参观比赛。总政治部所在地距运动场很近，但总政治部领导人员参观者寥寥无几，至于年青的工作人员几乎是都去了。这说明他们纪律松弛，行为不严谨，缺少自我约束的素养。
青年军各师的军官，虽都属黄埔系，由于来自不同的部队及各原所属长官的背景，提拔任用各方面也存在矛盾，如罗卓英是广东大埔人，他喜欢任用大埔人而又是第十八军系统的干部，这必然引起其他干部的不满。再如，各师招收的青年学生来自不同的省市地区，二零四师的士兵来自湖北、河南，因此发生地区矛盾，就各自以研究学术为名，组织同乡会，而政工干部却利用这些组织拉拢青年。此外，二零七师的士兵以陕西人为最多，但师长方先觉为江苏徐州人，而当时属黄埔系的第五军也驻在昆明，军长杜聿明是陕西人，意欲控制该师，因而两人之间矛盾屡有发生，最终方受到排挤，该师为杜的亲信罗又伦（广东梅县）所接替。再如，二零七师六二一团第一营某连，发现一张对生活不满的标语，连长认为这是共产党人的破坏行动，令全连人员写字以核对笔迹，连训导员认为这是对其人身侮辱，拒不书写，连长上报给师参谋长，在未同政治部联系的情况下，擅自将训导员扣押，后经多方交涉始得开释。因此，基层政工人员因与军事干部无法相处，纷纷请调政治部，弄得政治部人浮于事，训导员唯有听命于军事干部，否则就会遭到奚落。(www.xing528.com)
一九四五年八月抗日战争胜利结束，国民党政府不得不履行其诺言，分批地办理青年军退伍复员的工作。因为明文规定，一旦抗战胜利，青年军便可脱下军装，回到原先的工作单位或学校。那么，它的编练总监部、总政治部，也必然随之撤销，这与蒋氏父子建立青年军的意图则大相径庭。因此，既要履行退伍复员的诺言，又要牢牢掌握这支新生力量不放，他们就从美国军方的预备干部制度中寻求两全其美的办法加以解决。从此青年军向名亡实存的方向发展了。
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