抗日战争初期，萧振瀛回国。最初，他曾到保定、河间看望二十九军的故旧，而后又经武汉到重庆。在重庆的几年中，萧振瀛在政治舞台上已无立足之地。蒋介石曾派他到香港和日本人进行了一次试探性的秘密和谈，弄得声名狼藉，蒋介石迫于舆论不敢再用他。在魏德迈代替史廸威出任中国战区参谋长以后，萧又想走美国人路子，经于斌介绍，和魏德迈见了面，陈述东北资源如何丰富，建议美国政府早点有所布置，以免将来落入苏联之手。出乎萧振瀛的意料，魏德迈对他的建议毫不理会。萧在政治上找不到出路，便只好转向商业活动，在孔祥熙的帮助下，打捞了一只过去沉没的清朝贡船，那是四川总督骆秉章和各府道为了向慈禧太后祝寿用的。由于打捞这只贡船萧发了一笔大财，于是在重庆大买地皮，开设了大同银行，并打算在全国各大城市设立分行。
抗战胜利后，萧振瀛悄然回到北平，住在东城西堂子胡同十三号。当时李宗仁是北平行辕主任，傅作义负责十二战区和华北军事，孙连仲是第十一战区司令长官兼河北省政府主席。萧和这些国民党华北军政大员毫无渊源，亦无往来，萧振瀛被人们忘却了。甚至在一些公开的场合，萧振瀛也难于出头露面。如十一战区举行接受日本华北派遣军司令官下村定在太和殿受降的仪式时，孙连仲本想请萧振瀛出席观礼，由于河北省政府秘书长时德霖不同意，这位老西北军将帅只好收回成命。北平市市长熊斌在怀仁堂宴请北平各名流耆老和各界人士时，也未给萧振瀛面子，虽然他们俩过去是亲日的好友。
蒋介石和何应钦到北平时，萧振瀛曾到圆恩寺（蒋的住所）拜见蒋介石，毫无所获；而何应钦又根本不理睬他。(www.xing528.com)
政治方面已无一丝起死回生的征兆，那商业方面又如何呢？那时，大同银行在北平、天津都开设了分行，萧振瀛拉老关系，有许多故旧捧场，在他的银行里存了款；也有些不知萧底细的人认为他财大气粗，又有孔祥熙给他撑腰，所以想巴结他，便也在他的银行里存了不少钱。大同银行逐渐兴隆起来。然而，好景不长。在国民党的统治下，物价飞涨，货币贬值，经济上濒于崩溃的边缘，大同银行的存户纷纷提取存款。当时大同银行只是一个空架子，因为萧振瀛早把存款的十分之六、七用作投机倒把的生意了。萧振瀛为了保住自己的名誉，抵押房产，周转借贷，应付存户提款，搞得焦头烂额。
政治上失意，经济上又濒于破产，萧振瀛忧急交加。一九四七年春天，因患脑溢血，在北平他的家里死去。
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