天汉二年（前99年）发生的一件事，改变了司马迁的命运。
汉武帝有好几位皇后和夫人。第一位皇后是姑母馆陶公主即窦长公主之女陈皇后。汉武帝刘彻幼年时，被封为胶东王。相传有一天窦长公主（馆陶公主）把刘彻抱到膝上问他：“你想娶媳妇吗？”窦长公主将身边的女官指给他看，没有一个看上的。窦长公主指着自己的女儿问他：“阿娇怎么样？”刘彻回答说：“好。如果能娶阿娇作媳妇，我会盖间金屋子把她藏起来。” 馆陶公主于是帮助刘彻成为太子，刘彻则娶馆陶公主之女阿娇为妃。陈皇后多年无子，元光五年（前130年）被废。元朔二年（前127年），汉武帝又立其姐平阳公主家歌女卫子夫为皇后。卫皇后立三十八年，生三女一子，即卫太子、卫长公主、诸邑公主、阳石公主。后来，卫皇后色衰爱弛，霍去病、卫青都相继去世，卫氏家族势力衰落，征和二年（前91年）春闰月，诸邑公主、阳石公主都在公孙贺父子案件中被诛杀。秋七月，卫皇后自杀。其子卫太子，随后自杀。
后来，汉武帝立乐人李氏为夫人。李延年，中山人，为协律都尉，他知音律，善歌舞，武帝十分喜爱，每次演唱新曲，闻者无不感动。延年陪皇帝翩翩起舞，歌唱道：“北方有佳人，绝世而独立，一顾倾人城，再顾倾人国。宁不知倾城与倾国，佳人难再得！”汉武帝叹息：“太好了！世间真有这个人吗？”平阳公主对汉武帝说，李延年的妹妹擅长舞蹈。汉武帝召见她，她确实妙丽善舞，立为夫人，从此汉武帝宠幸李夫人。李夫人生一男，名刘髆，天汉四年（前97年）六月乙丑，刘髆受封昌邑王，前往昌邑国（今山东省巨野县前昌邑村、后昌邑村）。
李夫人还有一位哥哥李广利。太初元年（前104年），汉武帝为了得到大宛[8]的汗血马，[9]也为使李夫人的哥哥封侯，任命李广利为贰师将军，征发典属国六千骑兵及郡国恶少数万人，伐宛，取汗血马，可是没成功，于是命他们留在敦煌屯田。天汉二年（前99年）秋，贰师将军李广利率三万骑兵，出击匈奴右贤王于祁连天山，伐宛取汗血马。李广利取宛良马数十匹，中马以下牝牡（牝，pìn，指雌性；牡，指雄性）三千匹，可是损失却不小：出敦煌兵六万，自备干粮从行者不算，还有牛十万头、马三万匹以及数以万计的驴、骆驼运输粮食，兵弩设备精良。有五十个校尉配合贰师将军伐宛。又征发十八万甲卒，到酒泉、张掖以北，设置居延县（今内蒙古额济纳旗东南）、休屠县（今甘肃武威北），来保卫酒泉。又征发七种罪人，负责运输粮食供给贰师将军。运输车、士卒连绵不绝，直到敦煌。大军返回时，“入玉门者万余人，马千余匹”，士卒死亡者多。可是汉武帝仍封李广利为海西侯（今江苏灌南县），食邑八千户，从军者为侯者一人，为光禄大夫、少府九卿者三人，诸侯相、郡守二千石者百余人，千石以下者千余人。
在五十个校尉中，就有著名的飞将军李广的长孙骑都尉李陵。李陵带领五千人出居延北约千余里，分散匈奴兵力，来减轻贰师将军的压力。李陵完成任务返回时，单于率兵八万，突然包围李陵军，李陵军兵器弓箭用光，士卒死者超过半数，所杀伤匈奴兵亦万余人，且战且退，连斗八日，离居延还有百余里，匈奴又于狭路拦截。李陵军士缺粮，救兵不到，士兵死伤众多。匈奴急攻，欲招降李陵。李陵说，我无颜报答陛下，遂降匈奴。余下逃散归汉者四百多人。匈奴单于生擒李陵，素闻李家名声，就把女儿嫁给李陵。
李陵刚投降时，消息传到长安，汉武帝食不甘味，卧不安席，听朝臣奏事并且要做决定时，心神不宁。大臣忧惧，不知怎么办。司马迁作为一个六百石太史令，不自量力，宽慰皇上说，李陵平日与士兵同甘共苦，能使人为他效力。现在虽然身陷匈奴，看他的意思，是想找合适机会报答汉朝。光以他杀伤匈奴万余人看，也是无愧于天下。汉武帝一听，这是为李陵游说，诋毁贰师将军。诋毁贰师就是诋毁皇帝，于是就把司马迁交给廷尉治罪。
这时死刑条款及案例很多，人们动辄得罪，至死都不明白什么原因。汉武帝元朔至元封年间（前128—前105年），法律条文繁多，死罪条款有四百多条，死刑案例汇编达一万三千四百七十二事，文书堆满了架阁，主管者看不过来，法官可以比附案例判罪。汉朝规定，死罪可以交纳金钱或粟、马等赎罪。将军张骞、李广、公孙敖、赵食其都因作战不力当死，赎为庶人。天汉二年（前99年），江充为绣衣直指（官名），弹劾贵戚近臣奢靡违制，奏请没收他们超标的车马，让他们待在北军，抗击匈奴。贵戚子弟惶恐，都给汉武帝叩头哀哭，表示愿意入钱赎罪。汉武帝同意，于是贵戚子弟按照禄秩，把钱交给北军，这样北军积累了数千万钱。后来还规定，死罪犯人交赎罪钱五十万，可减死罪一等。汉武帝姊妹隆虑公主的儿子昭平君，婚配汉武帝女儿夷安公主。隆虑公主病困时，以金千斤（金一斤值万钱）、钱千万，合计二千万钱，为其子昭平君预赎死罪。汉武帝同意了。隆虑公主死后，昭平君越来越骄纵，喝醉酒，把隆虑公主的保姆杀了。汉武帝痛哭流涕，他姐妹年老时才有这个儿子。他不仅预收隆虑公主预交的赎罪金钱，而且面临着自己女儿夷安公主守寡的难题。可是，如果杀人者能赎罪，那么死者何罪？家属又该怎么面对亲人无辜被杀？最终，廷尉按律条，法办昭平君，汉武帝也只好接受。这件事说明，死刑可以赎罪。
死刑可以赎罪，司马迁有财物赎罪吗？太史令每年俸禄六百石，按照汉代一般粮价，每石米三十钱计，每年俸禄，折钱不足二万钱，约可折合二金，刚刚够中等人家年收入十金的五分之一。就算不吃不喝，要攒够五十万钱，需要二十五年。皇帝身边的人，他的同事，有人为他说句公道话吗？没有，也没人敢。司马迁祖先不是功臣，主管文史星历，近于太卜、太祝之间，都是太常下的小吏，微不足道。司马迁后来说：“家贫，财赂不足以自赎，交游莫救，左右亲近不为一言。身非木石，独与法吏为伍，深陷囹圄之中。”这时，李陵投降匈奴，娶单于女儿。消息传来，汉武帝更加生气。李陵投降等于打了司马迁的脸，司马迁必死无疑。(https://www.xing528.com)
司马迁怕死吗？人情莫不贪生怕死，顾念父母妻子儿女。司马迁早失父母，无兄弟之亲，只有老妻和女儿。他说，人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。可是，司马迁能死吗？父亲的遗命没有完成，《史记》没有完成，他不能死，“草创未就，会遭此祸，惜其不成，是以就极刑而无愠色。仆诚巳著此书，藏之名山，传之其人，通邑大都，则仆偿前辱之责，虽万被戮，岂有悔哉？”司马迁之身躯乃《史记》之身躯，非司马迁自己所有，他惋惜《史记》未成，请求减死罪一等，就腐刑（宫刑），保存生命，继续完成父亲的遗命。大概汉武帝惋惜其才，而不忍诛杀。[10]所以，司马迁下蚕室（温室），受宫刑。汉文帝时已经废除宫刑，汉武帝时又恢复了，说明这时法律的严酷程度。
古人说，身体发肤，受之父母。《礼记》说，刑不上大夫，对士大夫不要用刑法，要用礼法。人生在世，首先不要使祖先受辱，其次不使身体受辱，再次不使面子受辱，最后不辱辞令。在身体受辱的各种刑罚中，弯腰下跪受辱最轻，然后是穿上囚徒的赭色衣服受辱，然后是披枷带锁受辱，然后是被鞭打受辱，然后是髡刑（剃掉头发），然后是受肉刑受辱，最严重的是受腐刑。如此奇耻大辱，为什么还要苟且偷生？
古来生前富贵而死后名声不传者，不可胜数。只有卓异洒脱非常之人，才能被后世称道。文王被拘禁在羑里，把相传伏羲画的八卦，推演成六十四卦，就是《周易》；孔子周游列国，在陈蔡两国受困，返鲁后创作《春秋》；楚国大夫屈原被流放后，才作成《离骚》；军事家孙膑，被庞涓陷害砍掉脚，才著书论述《兵法》；《诗》三百篇，大都是圣贤发愤所创作的。[11]这些人大都思想郁结，不能实现理想壮志，于是总结以往历史，给将来人启发借鉴。这样来抒发思想的郁结，让著作留传后世。
抱着这样的思想，当天汉二年（前99年）遭遇李陵之祸受宫刑，司马迁就忍辱负重地活着。太始元年（前96年）出狱后，他被任命为中书令，类似于秘书。中书令职卑而权重，被士大夫视为尊崇之职。因为在皇帝身边，任此职者都是宦官。司马迁受宫刑，与宦者无异。司马迁身体受创，又为中书令，心灵遭受极大创伤。
他认为，贪财好利是最大的灾祸，心灵受到创伤是最大的悲痛，侮辱祖先是最丑恶的行为，遭受宫刑是最大的耻辱。受过宫刑的人，不可能和常人一样，谁看得起受过宫刑的人？古来就是如此。过去，卫灵公与宦者雍渠同车，让孔子坐后车，孔子以为耻，就离开卫国到陈国（今河南睢阳）去了。商鞅到秦国，通过宦者景监的引见，才见到秦孝公。后来赵良劝商鞅中游引退，认为商鞅因景监见秦孝公，是不光彩之事。汉文帝外出乘车，宦者赵谈陪乘，袁盎看见，在车前劝说汉文帝：“臣闻天子所与共六尺舆者，皆天下豪英。今汉虽乏人，陛下独奈何与刀锯人载？”汉文帝笑着让赵谈下车，赵谈哭着下车。
司马迁亲闻此事，写于《袁盎传》中。现在想来，与刑余者为伍，自古以为耻辱。每念及此，司马迁都备受打击，精神为之气馁，肠一日而九转，平时若有所失，出门不知所往，每念及这种耻辱，未尝不汗流浃背，“所以隐忍苟活，幽于粪土之中而不辞，恨私心有所不尽，鄙陋没世而文采不表于后也”，苟活于尘世，恨不能报答父亲的殷切期望，也怕自己死后，不能完成《史记》。司马迁忍辱负重，继续撰写《史记》。征和二年司马迁在《报任安书》中，表达了上述思想。
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