蒙哥的帝位越来越稳了，这使素有帝王之志的忽必烈，会在某种程度上动摇信心。刘秉忠了解忽必烈，他怕蒙哥的在位影响忽必烈的帝王之志，便上书告诫说：“从前，周武王是哥哥，周公是弟弟，周公为天下思考问题，夜以继日，坐以待旦，周王朝能够延续八百多年，这是周公之力。现在皇帝是哥哥，大王是弟弟，正好比周公与周武王，希望大王学习周公的事迹，为我朝的长治久安出力。千载难遇的良机，就在今天了。”
刘秉忠的这番话，表面上看是让忽必烈尽心尽力辅佐蒙哥，但把忽必烈比作周公，也是有其深意的。在中国文化中，历来把周公视为圣王之一，所谓尧、舜、禹之后，就是周文王、武王、周公、孔子，向来相提并论，是同等地位的圣贤。刘秉忠这样比拟，是让忽必烈明白自己也是圣贤之王，虽然目前不能在位，也要以在位之帝的角度思考治理天下的问题，其真正的用意是让忽必烈不要因蒙哥的在位，而忘了实现自己的帝王之志。
忽必烈经这批深受中国文化熏陶的汉族谋士的随时点拨，对于如何应付当前的环境与将来的目标，越来越心中有数，有条不紊地朝着既定目标前进。
忽必烈了解中国文化的深奥与作用，所以大量网罗汉族知识分子作为自己的智囊团，相比之下，蒙哥对中国文化知之甚少，非常隔膜。
一次，西夏人高智耀晋见蒙哥，告诉蒙哥：“儒者所学，无非尧、舜、禹、汤、文、武之道，自古以来，治理天下者，用之则治，不用则乱。对于儒士，国家应该养活他们，让他们研究学问，培养人才，以备国家之用。请皇帝下令免除他们的徭役与赋税。”
蒙哥听了却说：“儒家何如巫、医？”高智耀回答：“儒以三纲五常治天下，巫医方技之流哪里比得上！”蒙哥似有所悟，感叹说：“从来没有人为我说过这些事。”尽管如此，他仍不能像忽必烈一样，诚心召集和任用汉族知识分子作为自己的谋士，而是笃信佛教，尊奉来自西域的僧人纳摩、鄂多齐为国师，并赋予二人大权，常让此二人佩戴金符，巡视各地。对这些情况，忽必烈身边的谋士们不可能不知道，所以刘秉忠把他兄弟二人比作周武王与周公，其真正用意就不言自明了。
北方的少数民族都是长于骑射的民族，他们进攻中原的王朝，历来都是潮起潮落式的，忽地一下来了，忽地一下又退走了。每次进攻都以烧杀抢掠为主，对内地的社会与经济造成很大破坏，而他们的所得也仅能供一时之需，不能解决根本的问题。所以，他们要一次又一次南下攻击。这种状况，从契丹的辽，到女真的金，再至蒙古人，都是如此。然而，忽必烈的谋士们，为忽必烈出了一个主意，从而改变了骑射民族的惯有思维与历来的做法，结果就使蒙古人得以在中原建立起元王朝。这个主意其实也不是什么新鲜东西，乃是中国历史上常见的屯田制。
屯田始于西汉，最初在边境地区实行，由士兵、犯人和招募的农民垦荒耕种，由官府发给耕牛与种子，收获的粮食充作军粮。其后东汉、曹魏、隋、唐、宋在战争时期都实行这种制度，以解决军队调动与补给问题。此时忽必烈听从了姚枢的建议，也开始实行屯田制。地点是在与南宋对峙的长江以北地区，垦荒耕种者，则主要是当地的农民。由蒙古人发给兵器与耕牛，平时进行农业生产，一有战事，就编成军队作战。这样一来，历来像潮水般流动的蒙古人，就能在中原地区扎下根来，以便与南宋进行长期的拉锯式战争，也避免了以往北方骑射民族每次进攻中原后的烧杀抢掠，使他们懂得了保护占领地区的经济与生产，对于他们实现战略目标更为有利。
屯田制的实施，对于农业民族，是顺理成章的事，但对于骑射民族来说，就是革命性的改革。忽必烈能接受并认真实施这一制度，表现出他对汉文化的彻底认同，蒙古人所以能最终战胜南宋王朝，从而在汉族地区建立起元王朝，与忽必烈实行这个制度有着直接的关系。
忽必烈的网罗人才，势力日见发展，引起其他亲王的忌恨，于是有人向蒙哥进谗言，企图打击忽必烈。蒙哥听信了谗言，派阿勒达尔到京兆设立行省，成立了所谓的“钩考局”，专门收集忽必烈手下的官员在钱谷方面的所谓不轨之迹。阿勒达尔派出亲信向各级官吏甚至商贩人等进行调查，网织了一百多条罪名，无所不至，并放出话来：“等调查完毕，向皇帝报告，恐怕牵涉于此案的人全都要杀头。”虽然他们还不是直接向忽必烈开刀，但调查的都是忽必烈重用的人才。对此状况，忽必烈感到忧心忡忡。(www.xing528.com)
此时姚枢为他献计：“蒙哥是君，又是兄长，大王是皇弟，是臣，处于这种关系，就算他们栽赃诬告，大王也难以在蒙哥面前一一为他们分辩清楚。若过分辩护，恐怕还会招致更大的祸难。目前的关键是采取低姿态，让蒙哥放心，消除他对大王的疑心。只要做到了这一点，其他的问题都好办。”
忽必烈问：“怎样才能让皇帝消除疑心，不再怀疑我呢？”姚枢说：“目前最好的办法，是把大王的全部家眷送回都城和林，并做出久居不走的样子。蒙哥看到大王的家眷全部掌握在他的手中，自然会消除疑心。为了确保蒙哥对大王不再怀疑，还需大王亲自去见蒙哥，与他叙兄弟之情，巩固蒙哥对大王的信任，这样的话，其他人的挑拨，也就不起作用。至于这次受到诬告的官员，在蒙哥与大王冰释前嫌之后，也就可为他们开脱，大王的这些人才也就会重新发挥作用。”
忽必烈认为为了长远的目标，目前暂时忍让，完全有必要，而且估计蒙哥也不会马上屠杀自己的家人，于是采纳了姚枢的计策，把家眷们全部送回和林，让蒙哥吃下定心丸。不久他又亲自返回和林，晋见蒙哥，在见面时，忽必烈畅叙从幼自长的兄弟情谊，不禁动了感情，兄弟二人都流下了热泪。此时，蒙哥念兄弟之情，不让忽必烈再提钩考的事情，随即废除此局，召回阿勒达尔。于是一场关系到忽必烈政治生命的轩然大波，消失在无声无形之中。
1258年，即蒙哥上台后的第八年，他认为再次南下攻宋的时机已经成熟，就集中蒙古的全部兵力，分三路向南宋进攻。蒙哥亲率西路军，从甘肃、陕西一带向四川进攻，命兀良合台率南路军，从云南向湖南一带进军，命塔察儿率东路军，向湖北一带进军。西、南两路进展顺利，东路军则出师不利，蒙哥于是更换主将，让忽必烈代替塔察儿，率领东路军。
忽必烈在这次南征中，最初未被委以重任，表明蒙哥对他还有疑心。后来不得不用他，则是因为除了忽必烈，无人可以担当指挥东路军的重任。忽必烈受命之后，迅即部署，南下攻宋。此时，他仍不忘沿途招徕中原的汉族知识分子。如他进军到濮州时，就召见了当地的名士宋子贞，向他询问南征的方略。宋子贞为他分析形势：“蒙古的兵力强大，威武有余，但在仁德方面不足。这样造成的后果是，南宋军民害怕落到蒙古人手中而只有死路一条，所以不得不拼命抵抗，这就大大增加了南征的难度。如果能实行投降者不杀，胁从者不问的政策，相信南宋各地的守将与士兵，就不会拼死抵抗，宋之郡县就可传檄可定。这就是所谓的‘招降纳叛’之计。”
忽必烈听了宋子贞的话，联想到手下的谋士在蒙古军队每次发动军事行动前都要告诫自己“不要滥杀无辜”“统一天下，以德不以力”“王者之师，是仁义之师”之类的话，才明白那不是儒士们的老生常谈，其中确实含有深意，并能即时收到显著的效果。
忽必烈走到相州，又召见当地隐士杜瑛，同样询问南征之策。杜瑛回答说：“自汉、唐以来，君主统治国家，主要靠三件事：法、兵、食。一个国家没有法，就不能存在。天下人若没有食，就无法生存。天下大乱，没有兵就无法守卫。而现在的宋，对这三件事都不重视，恐怕将要亡了，继之而起的，就是大王的圣朝。现在的形势，只要大军控制了襄樊，然后顺流东下，直捣其背，大业可定。”忽必烈大喜，说：“儒士之中竟有如此人物！”希望杜瑛随军而行，杜瑛借口有病，推辞不去。忽必烈并不勉强，只要得到他的见解，已足够了。
就在这时，蒙哥统率西路军进攻宋军坚守的合州（今重庆合川）钓鱼城，受到顽强抵抗，蒙哥亲临前线督战，被宋军炮石击中，死于军中。蒙哥在位仅仅九年，死时年仅五十二岁，此时忽必烈四十五岁，正是年富力强之际。如果蒙哥不是死得这样早，忽必烈多年深藏内心的帝王之志，也许还不知等待多少年才有机会实施，然而上天好像在帮助这位善于网罗人才、虚心学习汉文化的有志之人，在他下了决心要长期等待下去的时刻，突然有了意想不到的大好机会，帝王之志很快就有可能美梦成真了。
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