战时西北联大的办学，困难重重，归结起来主要有三点：
第一，在经费方面，这段时间学校经费由1937—1938 学年8 万元，减少为5.1 万元。在支出方面，教职员薪资占3.5 万元左右，仅余1.5 万至1.6 万元，包括全校公费开支在内，所以还是难以为继。
第二，办学困难不仅限于经费拮据，其实交通方面的困难也不小。1938 年10 月20 日至22 日，在重庆召开全国高级师范教育会议，通知西北联大常委兼师范学院院长李蒸参加会议，同时由李常委向教育部汇报西北联大校务。其结果，历经艰辛，耗时两个多月。李蒸回忆：
此次常委会议指派本人向教部报告校务，同时奉令出席全国高级师范教育会议，开会日期，原定十月十五日起，会期三日，部方给我的通知，十月七日才收到，距开会只有八天的日子，只有坐飞机或汽车，才能够赶上；大家还记得，城固一带从八月底起，一连下雨五十多天，汽车无法行驶，托人在汉中买飞机票，又没办好，当时电请教部可否将会议展期举行。城固到汉中，因沙河营渡桥拆毁，这段路走了两天，由汉中乘滑竿去宁羌走了三天，过沔县时接到教部来电，允将开会日期展到十二月二十日开幕，我计算日程，仍不能按期赶到，于是打电报与高等教育司吴司长。提出会议案五项，均蒙提出会议讨论。由宁羌得乘四川公路局汽车走了四天到成都，已经是二十二日会议开幕之日，到二十五日始到达重庆。幸在所提的议案，经大会通过大半，将来《教育通讯》上公布会议记录时，大家都会看到的。学校驻在交通不便的地区，各方面都感觉吃亏，本期从四川来的新同学，因为搭车十分困难，教育部，四川教育厅，四川大学，还给我们学校帮忙不少。四川公路局的汽车，大部调往前方，后方又不易购买汽油，我在成都候车回校，费了三礼拜的时间，要不是我们学校派汽车来接，怕现在我还留在成都。(www.xing528.com)
我们学校，请教授，购图书仪器，因为交通的关系，比其他大学格外困难，此次我在四川买五架显微镜，价值比在北平时候昂贵几倍。由香港购买图书仪器，最多能运到昆明，还不保险，要费很久的日期，才能到重庆，重庆运回学校，又要需时若干，这种困难情形，影响到学校一切的发展。本期新请几位教授，因为重庆买不到车票，有的就取道嘉陵江坐船，绕道嘉定，再赶汽车到成都，这段路都要十几天的日子，成都来汉中，又要等候公路局的车子。教部派定本校新生名额四百余名，可是到校的才有二百多名，其余百多名，由于交通阻滞，尚未按期到校。[11]
李常委的重庆之行，生动折射出在偏远地区战时办学的艰难。
第三，战时环境虽处后方，但仍不免遭到敌人频频轰炸。在1939 年2月13 日举行的校本部第十一次纪念周会议上，李蒸常委即告诫学生：“昨天有两次警报，虽说敌机未来，以后恐怕要常有的；大家应当留意，因为学校没有防空设备。在西安的时候，学校还挖了几个地洞，有三丈多深，此地土质太松，挖不成功，就是有几个土洞，也不甚安全，所以我们听到警报，最好是向城外疏散。不过城固城门太小，拥挤不便，学校已向县政府接洽，准备在考院与司令部之间，再开一城门，便于大家听到警报，及时疏散。”而且，战时的社会环境，如难民、社会治安等也给教学活动带来诸多影响，1939 年4 月26 日即发生法商学院教师在城固县城郊的住处遭土匪抢劫，法商学院龚锡庆副教授遭杀害、赵先生身受重伤的事件。
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