除病原微生物之外，其他微生物对于水质的影响主要表现在物理性质方面。当它们大量繁殖时会使水发生浑浊、呈现颜色或发出不良气味，因而影响工业和生活上的应用。这类微生物包括藻类、原生动物等，其中以藻类更为重要，这是因为一般天然水所含有机物较少，往往不适于异养微生物的繁殖，但却含有足量的无机养料，可供自养型的藻类很好地利用。一般说，当藻类或较高等的植物生长较好，能提供足够的有机养料时，异养型的生物才能比较旺盛地繁殖起来。因此，对于天然水来说，病原微生物以外的各种微生物的控制主要是消除藻类。
藻类问题主要发生于水库、湖泊中，因为在这些水体中的水速小，有利于藻类的繁殖。杀藻常用的药剂有硫酸铜和漂白粉（氯）。对水库、湖泊投加时，可把药剂放在布袋中，系在船尾上，浸泡在水里，然后在水中按一定路线航行。投加的药量随藻类的种类和数量以及其他有关条件而定，表6.4及表6.5所列数字可以参考。一般说，硫酸铜效果好，药效长，每升水中投加0.3～0.5mg，在几天之内就能杀死大多数产生气味的藻类植物，但往往不能消除死藻放出的致臭物质。漂白粉或者氯能去除这种致臭物质，但投药量要多些，如0.5～1mg。应当注意，加氯不应过多，否则反而又会增加水的气味。药剂的正确用量可由试验确定。硫酸铜和氯也被用来防止水管和取水构筑物内某些较大生物如饰贝等软体动物的孳生。
表6.4 几种致臭微生物和杀藻（虫）剂用量
续表
表6.5 藻种和藻量与杀藻剂用量和效果的关系(www.xing528.com)
如水源水中存在着由于死藻而产生的致臭物质，则可在水厂的一级泵房投加一定量（如1～2mg/L）的氯，以消除臭味。
对于鱼类，硫酸铜也有毒性，其致命剂量随鱼的种类而异，约为0.15～2.0mg/L（见表6.6）。这个数字在灭藻所需剂量范围的附近，但由于计算加药量时一般是根据水库、湖泊上层水（距水面1.5～3mg的深度范围）容积计算的而非总容积。因此，鱼类可以在施加药剂时躲藏到药量不太多的水体部分。有时在灭藻以后，也会发现水中鱼类大量死亡，这往往是由于死藻的分解，耗尽了水中的溶解氧所致。对于用水者来说，水中硫酸铜高达12mg/L时，尚不致发生铜中毒。
表6.6 对鱼类安全的硫酸铜用量 单位：mg/L
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