原生动物的生殖有无性生殖（asexual reproduction）及有性生殖（sexual reproduction）两种方式。无性生殖存在于所有的原生动物，在一些种类中它是唯一的生殖方式，例如锥虫。
1.无性生殖
无性生殖有以下几种形式：
（1）二分裂（binary fission）。如图4.27所示，它是原生动物最普遍的一种无性生殖，一般是有丝分裂（mitotic），分裂时细胞核先由一个分为2个，染色体均等的分布在两个子核中，随后细胞质也分别包围两个细胞核，形成两个大小、形状相等的子体，二分裂可以是纵裂，如眼虫；也可以是横裂，如草履虫；或者是斜分裂，如角藻（Ceratium）。
（2）出芽生殖（buddingreproduction）。实际也是一种二分裂，只是形成的两个子体大小不等，大的子细胞称母体，小的子细胞称芽体。
（3）多分裂（multiplefission）。分裂时细胞核先分裂多次，形成许多核之后细胞质再分裂，最后形成许多单核的子体，多分裂也称裂殖生殖（schizogony），多见于孢子虫纲。
（4）质裂（plasmotomy）。这是一些多核的原生动物，如多核变形虫、蛙片虫所进行的一种无性生殖，即核先不分裂，而是由细胞质在分裂时直接包围部分细胞核形成几个多核的子体，子体再恢复成多核的新虫体。
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图4.27 原生动物的二分裂过程
（a）鞭毛虫；（b）变形虫；（c）孢子虫；（d）纤毛虫
2.有性生殖
有性生殖有两种方式：
（1）配子生殖（gamogenesis）。大多数原生动物的有性生殖行配子生殖，即经过两个配子的融合（syngamy）或受精（fertilization）形成一个新个体。如果融合的两个配子在大小、形状上相似，仅生理机能上不同，则称为同形配子（isogamete），同形配子的生殖称同配生殖（isogamy）。如果融合的两个配子在大小、形状及机能上均不相同，则称异形配子（heterogamete），根据其大小不同、分别称为大配子（macrogamete）及小配子（microgamete），大、小配子从仅略有大小的区别，分化到形态与机能完全不同的精子（sperm）和卵（ovum）。卵受精后形成受精卵，亦称合子（zygote）。异形配子所进行的生殖称为异配生殖（heterogamy）。
（2）接合生殖（conjugation）。原生动物另一种有性生殖方式是纤毛虫所具有的接合生殖。两个二倍体虫体腹面相贴，每个虫体的小核减数分裂，形成单倍体的配子核，相互交换部分小核，交换后的单倍体小核与对方的单倍体小核融合，形成一个新的二倍体的结合核，然后两个虫体分开，各自再行有丝分裂，形成数个二倍体的新个体。
原生动物的生活史也有多种类型。有的种类生活史中仅有分裂生殖，从未出现过有性生殖，那么子体与母体都是单倍体（haploid），用“N”表示，例如锥虫。一些鞭毛虫及孢子虫，生活史中出现了无性生殖与有性生殖，但生活史的大部分时期为单倍体时期（N），即细胞核内染色体的数目为受精后染色体数目的1/2，受精后染色体数目比配子的多一倍，形成二倍体（diploid），用“2N”表示。其二倍体时期很短，当孢子形成时又进行减数分裂（meiosis），所以减数分裂是出现在受精作用之后。如果二倍体时期延长，减数分裂仍在受精作用之后，结果单倍体与二倍体交替出现，单倍体时期为无性世代（asexual generation）。二倍体时期为有性世代（sexual generation），例如有孔虫就是这样。原生动物的纤毛虫类及多细胞动物生活史的绝大部分时期为二倍体，减数分裂发生在受精作用之前，减数分裂之后才产生单倍体的配子，配子在受精作用之后个体又立刻进入二倍体时期。
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