为了研究的方便，细菌都必须给予名称或名字。细菌的命名（也包括其他所有微生物的命名），与动物和植物的命名一样，都是采用瑞典植物学家林奈（Linnaeus）创始的双名制命名法，即属名加种名。
一种细菌的名称由两个拉丁文单词组成，第一个是属名，用拉丁文名词表示，词首字母大写，它描述细菌的主要特征；第二个是种名，用拉丁文形容词表示，词首字母小写，它描述细菌的次要特征。属名和种名的书写必须是斜体。有时候在前面所述的两个单词之后还会存在一个单词，这个单词往往是说明细菌的命名人。如果细菌只鉴定到属，对具体种的地位还不能肯定，则可以用sp.（单数）或spp.（复数）来表示。
如金黄色葡萄球菌Stapylococcus aures，其中Stapylococcus是指其属于属，aures为其种名。又如：大肠埃希氏杆菌Escherichia coli，破伤风梭菌Clostridium tetani。
以上各学名中的第一个词是属名，为拉丁文名词，如金黄色葡萄球菌，用来描述细菌的主要特征是“葡萄球菌”，第二个词是种加词，为拉丁文形容词，用以描述细菌的次要特征是“金黄色”的。(www.xing528.com)
图1.15 细菌在肉汤培养基中的生长特征
自然界中的细菌种类太多，有时会发生同物异名或同名异物的现象。为了避免混乱和误解，常需要在种名之后附有定名人的姓，例如，大肠埃希氏杆菌的名称是：Escherichia coli Cadtellaniet Chalmers。另外，大家熟知的学名，其属名可以缩写，如E.coli，但属名第一字母用记号，即用实心圆点。有时由自然界分离到的某一微生物，已根据其主要特征明确它属于某一菌种，但在某些特征上与典型种又有差异，则这个微生物称为其变种（variety），此时在微生物的双名之后再加上其变种名称，其书写方式为：var.（正体）+变种名称（斜体），如：枯草芽孢杆菌黑色变种Bacillussubstilis var.niger。
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