截至2010年，甘肃省境内共有4个口岸，分别是马鬃山公路口岸、兰州陆运口岸、兰州中川机场航空口岸、敦煌机场航空口岸。
一、马鬃山公路口岸
1991年底，甘肃省政府投资在中蒙边境182界桩处建设了国门、口岸检查厅以及商检、动植检、卫检和海关、边检的工作和生活设施。在公婆泉建设了简易的马鬃山区边贸市场。
1992年4月，在马鬃山区所在地公婆泉，甘肃省政府代表团与蒙古戈壁阿尔泰省、巴彦洪果尔省代表就开放马鬃山边境口岸问题进行会谈，就开设马鬃山—那然色布斯台口岸签订会商备忘录。甘肃商检局代表参加了会谈。6月1日，甘肃省人民政府向国务院上报《关于开设中蒙边境马鬃山（那然色布斯台）口岸的请示》（甘政发〔1992〕101号），申请开设马鬃山口岸。9月1日，马鬃山口岸首次开关，甘肃商检局、兰州动植检局、兰州卫检局赴马鬃山实施进出境商品、动植物、动植物产品、运输工具、人员的检验检疫。10月19日，国务院同意马鬃山（那然色布斯台）作为季节性口岸对外开放，允许中蒙双方人员、边贸货物和交通工具通行，中方的边境贸易地点设在马鬃山区政府所在地公婆泉。
1992年11月10日，甘肃商检局制定《甘肃省边境贸易进出口商品检验管理办法（试行）》，规定了马鬃山口岸过境的进出口商品的检验和监督管理要求，明确马鬃山口岸的进出口商品检验工作由酒泉商检局具体组织实施。同年，兰州动植物检疫局出台《马鬃山口岸中蒙边贸进出境旅客携带动物和动物产品检疫管理办法》《马鬃山口岸植物检疫管理办法》等管理文件，对进出境旅客携带物检疫做出明确规定。
1993年8月1日，蒙古国以保护国内自然保护区为由单方面提出关闭口岸，经甘肃省政府请示外交部，同意蒙方要求暂时关闭口岸，保留继续开关的权利。
从1992年9月1日—1993年8月，马鬃山口岸开关期间实施季节性对外开放，每季度开放一次，每次开放时间为15天。经过4次开关、3次过货，马鬃山口岸共完成易货贸易总额443.54万元人民币，其中进口额254.29万元人民币，出口额189.25万元人民币。累计进口蒙方各类皮张68927张，羊毛8吨，板材140立方米，钢材10吨；我方共出口面粉649.85吨，各类布料13.12万米，白糖5吨，暖瓶4100个，吉普车1辆及大量日用百货；查验出入境人员2184人次，查验车辆286辆次。
截至2010年，马鬃山公路口岸处于关闭状态。
二、兰州陆运口岸
1993年11月13日，甘肃省政府在兰州市534处开设以转关装卸进出口货物为主的兰州陆运口岸（二类口岸），只限于中国籍火车开办进出口货运业务，兼办兰州至阿拉木图国际客运行李托运出入境查验业务和兰州至香港直通货柜汽车进出口货物查验业务。11月17日，甘肃商检局向甘肃省口岸办公室报送《关于开设兰州陆运口岸有关商检问题的报告》，提出了兰州陆运口岸商品检验工作要求。12月18日，兰州陆运口岸发运出口第一批货物，出口至香港，共11车，货值213.7万人民币。此次发运后，兰州陆运口岸业务暂停。
1999年，甘肃检验检疫局配合甘肃省口岸办、外贸厅，先后赴郑州口岸和甘肃省兰州、天水、金昌等市实地调研，提出开展甘肃省陆运口岸建设工作的意见。1999年10月20日，兰州陆运口岸在兰州市西津西路185号兰州铁路西货场挂牌，当日发运2个出境集装箱的商品，此次发运后，兰州陆运口岸业务暂停。
三、兰州中川机场航空口岸(www.xing528.com)
1992年7月15日，国务院批准兰州航空口岸有限开放，开辟兰州至香港的包机航线。同年11月24日，兰州至香港旅游包机首航成功，每周二、五通航。
1996年10月，兰州动植物检疫局、甘肃商检局检务处等三家单位被甘肃省口岸办公室授予全省口岸系统精神文明建设先进集体。
2001年3月，甘肃检验检疫局向甘肃省口岸办公室报送《关于兰州机场国际厅检疫设置的意见》，对兰州航空口岸国际厅出入境通道等检验检疫相关设施建设提出指导意见。
2003年1月，甘肃检验检疫局建议质检总局将兰州航空口岸列入重新讨论扩大开放的口岸，补列入“十五”口岸发展规划中。6月，甘肃检验检疫局向质检总局上报《关于口岸检疫基础设施建设规划方案的函》，对兰州航空口岸检疫基础设施建设相关的检疫用房、安装设备等方面列出计划。
2004年，兰州中川机场被批准成为我国第4个穆斯林朝觐出入境指定机场，承担甘肃、宁夏、青海、西藏等省区的穆斯林出入境保障任务。
2008年1月，质检总局批准甘肃检验检疫局设立兰州机场办事处，规格正处级，机构编制15名。
2009年2月，甘肃检验检疫局致函甘肃省商务厅，就航空口岸检验检疫人员核定标准、航空口岸检验检疫用房要求、航空口岸出入境旅客及其携带物检验检疫现场设施要求、航空口岸检验检疫出入境货物堆场要求、航空口岸出入境航空器检验检疫设施要求等提出了具体的技术要求。
2009年2月，质检总局对兰州机场旅检口岸卫生检疫查验新模式进行检查。甘肃检验检疫局根据检查组建议进行了整改，补充查验设施，校准仪器设备，为应对口岸突发卫生事件和日常检疫查验做好准备。2010年8月，甘肃检验检疫局完成兰州中川机场航空口岸出入境查验通道视频监控设备的安装、调试、验收和使用。
2010年11月，甘肃检验检疫局就兰州中川机场国际航空口岸检验检疫用房需求致函甘肃省口岸办公室，明确兰州中川机场口岸联检综合大楼规划设计检验检疫环节要求及检验检疫用房设施、交通工具需求。
四、敦煌机场航空口岸
2000年4月，敦煌市政府申报设立敦煌航空口岸。2007年，敦煌机场国际联检厅建成，海关总署同意敦煌口岸临时开放，当年10月，首架日本福岛—中国敦煌的国际包机通航。其后截止2010年，该口岸停运。
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