（一）进度付款支付程序
首先，由承包人每月末提交各类报表和有关的结账单，即由承包人提出支付申请。该结账单包括以下栏目：
（1）自开工截至本月末止已完成的工程价款。
（2）自开工截至上月末已完成的（已实际结算的）工程价款。
（3）本月完成的（应结算的）工程价款，即（1）和（2）。
（4）本月完成的（应结算的）计日工价款。
（5）本月应支付的暂定金额价款。
（6）本月应支付的已进场将用于或安装在永久工程中的材料、设备预付款。
（7）根据合同规定，本月应结算的其他款项。
（8）费用和法规的变更发生的款额。
（9）本月应扣留的保留金和扣回的材料、设备预付款及开工预付款。
（10）根据合同规定，本月应扣除的其他款项。
其次，监理工程师审查并确认支付报表和结账单，根据合同规定，监理工程师有权对支付报表和结账单中的错误和不实之处进行修改指正，然后向业主签发进度付款证书。如果该月应结算的价款经扣留和扣回后的款额少于投标书附录中列明的期中支付证书的最低金额，则该月监理工程师可不核证支付，上述款额将按付款周期结转，直至累计应支付的款额达到项目专用合同条款数据表中列明的进度付款证书的最低金额为止。
最后，发包人应在监理人收到进度付款申请单且承包人提交了合格的增值税专用发票后的28 d内，将进度应付款支付给承包人。
发包人不按期支付的，按项目专用合同条款数据表中约定的利率向承包人支付逾期付款违约金。违约金计算基数为发包人的全部未付款额，时间从应付而未付该款额之日算起（不计复利）。
（二）交工支付程序(www.xing528.com)
在合同工程交工证书签发42 d内，承包人应以监理工程师批准的格式向监理工程师提交一份交工结账单，并附上用详细资料说明的证实文件。
（1）合同规定，直到交工证书中写明的交工日期为止按合同完成的全部工程的最终价值。
（2）承包人认为应付给他的其他款项。
（3）承包人认为合同项下（整个合同期）到期应付给他的各项款额的估算值。
上述三款各项款额估算值应在完工结账单内单独填报。
交工支付的审查要求与进度付款的审查要求相同，但其难度更大，也更复杂。如遗留下来的工程变更、费用索赔的处理，需要监理工程师在事过境迁的情况下进一步查实索赔（或变更）原因和核实索赔（或变更）金额，这本身就是一项难度很大的工作。
另外，交工支付的准确性要求更高。进度付款不准确，可通过下一进度付款进行纠正，而交工支付一旦出错，可能是无法挽回的。因此，对交工支付的审查，更应做到深入细致，一丝不苟，准确无误。
（三）最终支付程序
1.最终支付的申请
在合同缺陷责任终止证书签发28 d内，承包人应以监理工程师批准的格式向监理工程师提交一份最后结账单，并附上用详细资料说明的证实文件。最终支付涉及的主要款项有：承包人在缺陷责任期内完成的合同剩余工程；在缺陷责任期内承担的监理工程师指示的附加工作或变更工程；应退回给承包人的保留金。
在提交最后结账单时，承包人应给业主一份书面清账书，并抄送监理工程师，确认最后结账单中的总金额代表了根据合同规定，直接付给承包人的全部款项的最后结算。
2.最后支付证书的签发
在最后结账单和清账书收到后14 d内，监理工程师应签发一份最后支付证书报业主审批，并抄送给承包人。
3.业主付款
业主应在收到最后支付证书后42 d内对监理工程师提交的最后支付证书进行审批，将应付款项支付给承包人，如果业主未能在规定期限内付款，则业主应按投标书附录规定的利率支付全部未付款额的利息。
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