学校首届工会委员会于1982年6月成立，段锡明担任工会主席。1984年6月召开第二届工会会员代表大会，选举朱谱祥兼任主席，曾毅、汤兆和、周裕华（专职）为副主席。1988年5月召开第三届工会会员代表大会，选举桑燕珠为工会副主席（专职）。1993年6月召开第四次工会会员代表大会，选举朱谱祥为主席（专职、副校级），并印发了《南昌水专工会工作规则》。1997年3月召开第五届工会会员代表大会，经选举朱谱祥连任主席。
校工会实行三级建制，下设工会分会，分会下划分若干小组，分会委员会和小组长由会员直接选举产生，负责组织本分会各项工作的开展。1988年3月，设立工会办公室，属学校一级机构，正科级建制，负责工会的日常工作。
校工会成立时，隶属于南昌市教育工会，1990年后隶属关系改为江西省教育工会。
校工会自成立以来，协助校党委开展教职工思想政治工作，协同有关部门开展“三育人”和评优表彰活动；及时向学校党政反映教职工的意见和要求，帮助解决实际困难，慰问病困教职工，主动送温暖。同时，还组织教职工开展扶贫济困捐赠活动，为灾区、贫困地区捐款、捐赠书籍、衣物等。(www.xing528.com)
校工会经常开展有益于教职工身心健康的文娱、体育活动，组织教职工外出参观疗养、参加校内、省内以及水利部举办的文艺演出和体育比赛，获得多项奖励。
校工会作为教职工代表大会的工作机构，发挥了其应有作用。每届教代会召开前，组织教职工选举代表、提出议题建议、征集与整理提案交教代会提案小组审理。大会期间会同有关部门做好组织与会务工作。会后组织教职工代表传达会议精神，督促与检查大会决议和提案的落实情况，促进了学校的改革与发展。1998年校工会被省教育工会评为“省级先进工会”。
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