1987年学校由水利部直接管理后，到1999年共新建科技馆（分一馆、二馆、三馆），游泳池与浴室，学生宿舍第2、第3、第4、第5、第6栋，教工宿舍第2、第4、第7、第9栋，改造了学生食堂和礼堂，建筑面积近3.8万m2。
由于学校校园面积适应不了发展的需要，1999年经报水利部和南昌市政府，南昌市土地管理局同意，在学校毗邻的南昌市玻璃二厂，征用8.8亩土地，于2000年5月中旬办妥全部手续，征地经费492万元。至此，学校占地面积扩大到122.2亩，计81469.4m2。(www.xing528.com)
2000年，我校由水利部直接管理改为中央与地方共建以地方为主的管理体制。水利部承诺，基建经费仍按过去三年平均数继续拨给3～5年。学校利用其中部分经费，加上国债一期项目共1039.8万元，在新征土地上兴建了综合实验楼，并自筹567万元兴建了第7栋、第8栋学生宿舍。同时，经过1994年对第9栋教工宿舍改造，1997年对图书馆改、扩建，1998年对校食堂、礼堂的改造，2000年9月对学生宿舍1栋，2001年对学生宿舍2栋、3栋、4栋的改造装修。至此，彭桥校区原1980年洪都钢厂退还的五六十年代建筑的三栋砖木结构楼房第1栋、第2栋和招待所，已分别于1988年、2000年和2006年全部拆除，现有房屋均为从1980年后开始新建的，共有建筑面积81881m2，其中教学区建筑面积56309m2，教学、生活和运动场地的设施基本齐全，教学区的基建已基本完成。家属区房屋面积25572m2，其中，教工宿舍24041m2。2001年3月下旬，按照江西省房改办的部署，并经水利部报财政部同意，学校家属区公房共出售314套计23416.82m2，收售房款493.4万元。
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