学生的日常管理工作由学工处（团委）负责。1985年9月至1988年9月，因学校只有两个系，学生人数也不足1000人，学生工作由学生科统一管理。1988年9月以后，由学校统一管理学生改为分系管理，并配备了系党总支书记，明确学生管理工作由党总支书记负责，同时，每班配备一名班主任（同专业同年级可2～3个班），班主任由校长聘任，任期三年（一般从学生入学到毕业），并实行班主任津贴，以激励班主任全力做好学生工作。班主任对所在班学生工作实行全面负责制。为加强学生思想政治工作，每150名左右学生还配备一名专职政治辅导员，从各系政工干部和优秀教师中选聘，任期不少于三年。
为使学生工作有章可循，学校于1997年对以前学校印发的有关学生管理方面的文件，进行了清理、修订并汇编成册后重新印发。如《班主任工作条例》、《班主任工作考核办法》、《政治辅导员工作条例》、《政治辅导员工作考核细则》等。同时还建立了由学工处召集、原则上每周召开一次的《学生工作例会制度》、由系召集原则上每周一召开一次的《班主任例会制度》、由班主任主持或召集的每周一次的《班级例会制度》等。
为加强学生课外管理，对学生公寓（宿舍）实行社区化管理，建立在学工处学生社区管理中心领导下的社区学生民主管理委员会，实行楼（栋）长负责制。制定了《社区学生操行分评定暂行规定》。经常开展丰富多彩的社区文化活动，并会同保卫处举办学生安全教育讲座，坚持学生工作人员每天到社区值班，及时进行检查评比。(www.xing528.com)
为加强学生档案的管理，学校制订了《学生档案管理办法》，自主研制开发了《南昌水专学生信息管理系统》，并由学生工作处通过微机建立了学生档案库。
在学生日常管理中，充分发挥学生宿舍、学生食堂、学生教学各个民主管理委员会的作用，开通“学生之家”网站（www.studenthome.cn）全方位反映我校学生工作，从中随时可获取有关信息，提高了为学生服务的水平。
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