水利分院纳入高等教育序列以后，进入了正常招生、教学和管理轨道，激励了全院师生员工办学的积极性，决心把水利分院办成有特色的、符合水利事业需要的新型学校。上级领导机关也给予水利分院大力支持和关心。为使水利分院有效地开展教学、管理工作，1981年4月经省水利厅党组批准，校内设置了行政办公室（含人事科）、教务处、总务处、基建办公室、保卫科。同年8月，江西省委组织部任命王济龙为院党委书记兼院长、省水利厅党组成员。同年12月，任命李淑杜为副院长。1982年3月，任命尹伟模为副院长，同年4月学分院召开第二次全体党员大会，大会选举产生了水利分院第二届党委会，由王济龙、李淑杜、尹伟模组成，王济龙为党委书记。校内机构设立了党委办公室、马列主义教研室、基础课科、水工建筑科、水电站动力设备科、图书馆和后来增设的水土保持专修科等二级行政机构和教学机构。领导力量也开始向加强教学环节转移，充实了教学部门的领导力量，加大了对教学资金的投入。
1983年5月教育部在武汉召开全国高教工作会议，要求加快高等教育发展，调整本科、专科的发展比例，适当加快专科发展速度，以适应改革开放和社会主义现代化建设对人才的需求。会议期间，水利电力部教育司和江西省教育厅的领导，就水利分院的发展问题进一步协商，形成了办专科的共识，并要求以这一“意向”来统一水利分院教职工的思想认识，确立一心一意办专科，面向南方、面向基层，面向中小型水利水电工程的办学思想、办学方向。后经省有关方面的反复研究认可，同年12月4日江西省人民政府以赣府字[1983]232号文下达《关于对水利院校调整改革问题的批复》，同意将水利分院更名为“江西水利专科学校”，并明确指出不得将“江西省水利水电学校”并入到江西水利专科学校。1984年3月省委宣传部任命王济龙为校党委书记，朱谱祥、雷克昌为副校长。原副院长李淑杜调省水利厅水科所任书记，尹伟模退居第二线。同年6月，学校召开党员大会，选举第三届党委会，王济龙、朱谱祥、颜见智、吴信守当选（1985年增补雷克昌为委员），王济龙任党委书记。1985年8月27日，中共江西省委办公厅以赣办字[1985]10号文通知，经省委常委会研究决定，江西水利专科学校等15所省高等专科学校均列为副地级单位。
新的校领导任命后，一方面抓党的组织和思想建设，一方面抓人事管理制度的改革，调整了内部机构和中层干部，1984年9月12日，经省水利厅（84）赣水人字第058号文《关于江西水利专科学校机构设置的批复》，同意学校机构设立党委办公室、保卫科、团委、工会（均合署办公）、行政办公室、教务处、总务处、图书馆、人事科、基础课教研室、马列主义教研室、水利机电设备科、水土保持科、水利工程管理科。为此，学校成立了“改革工作小组”，对人事制度的改革进行了一些探索，实施“三组”：组机（机构）、组阁（中层领导）、组员（各机构人员的结合）。从1984年开始，学校在管理改革中简政放权，下放了一些权力，初步简化了一些原先繁琐的办事程序，理顺了管理工作中多种关系。
由于学校的行业性很强，专业设置面窄，如果面向一个省，很难发挥出最佳的社会效益和办学效益。为此，学校多次请水利电力部考虑，按照江西省、水利电力部表明的意向须尽快解决好管理体制问题。于是在1985年11月水利电力部（85）水电教字第72号函复江西省人民政府，同意将江西水利专科学校改为部、省双重领导，以水利电力部领导为主的领导体制。之后，国家教育委员会于1986年10月22日水利电力部、江西省人民政府（86）教字第172号文《关于同意改变江西水利专科学校领导受理体制的批复》，同意改变江西水利专科学校的领导体制，以水利电力部领导为主。同年11月20日，江西省人民政府、水利电力部签署了《关于改变江西水利专科学校管理体制后有关几个具体问题的协议》，从1987年1月1日起学校的人事、财务、教学等行政管理关系由水利电力部接管。学校党的组织关系，也由省水利厅转至中共江西省直机关工委管理，从而完成了学校领导体制的转制工作。为学校的进一步发展，提供了新的机遇，创造了新的条件。江西水利专科学校机构设置见图2-1。(www.xing528.com)
图2-1 江西水利专科学校机构设置图
（1979～1986年）
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