经过改革开放初期对功能区的初步探索，我国经济功能区在1991—2013年间纵深推进发展。这一阶段着重发展建立了海关特殊监管区，涵盖出口加工区、保税区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区和综合保税区等六种主要模式。
赵秉瑛（1996）较早明确提出，我国的保税区是借鉴国际上通行的做法并结合我国国情而实行的新型经济开放区域；同时指出，保税区运行三年来在管理效率、管理法规和管理技术等层面涌现出的问题，并提出相应的对策措施。[174]林康（2000）在保税区建设初期，将世界已有自由贸易区和我国保税区的功能和作用做了对比，便于我国对保税区进行科学的定性定位。对比发现，我国保税区具有独特的政策优势，尽管也具备许多世界自由贸易区的特点和功能，但仍存在一定差异。他认为，为了更好地建设和发展保税区，应在今后的建设中注重对标国际惯例和标准。[175]李玫（2007）指出，我国保税区和出口加工区从产生至今，被笼统地称为按国际惯例运作且办事最迅速的“关外境内”区域，其法律地位始终没有得到解决和确定，严重影响了实行“境内关外”经营模式区域的健康发展和与国际惯例的真正接轨。通过分析，他认为，我国设立的保税区和出口加工区都不是国务院批准建立的实行“境内关外”特殊监管模式的姐告边境贸易区模式，也不是真正意义上的WTO所描述的特殊经济区含义的“境内关外”经营模式。因此，他建议从国家层面制定一部较为宏观的《“境内关外”特殊经济区管理法》，明确“境内关外”的法律地位，从设立“境内关外”特殊经济区的地方层面上，依照该管理法制定和完善充分保护区内商业主体经济利益优惠、体现区内良好法律秩序的《管理规定》。[176]蔡春林（2019）分析了中国保税区规模的影响因素。他认为，区域的对外开放水平与人力资本水平对保税区贸易规模呈现正向关系；由于投资存在“替代效应”，区域的投资水平与保税区贸易规模呈现负向关系。同时，产业结构、投资水平与保税区出口规模呈现负向关系，开放水平与保税区出口规模呈现正向关系；人力资本水平与进口规模呈现正向关系。因此，中国应当坚持对外开放战略，提高区域劳动要素质量，强化保税区政策的区域差异性，提高中国保税区贸易发展的规模和质量，发展更高层次的开放型经济。[177](www.xing528.com)
李海莲（2010）主要探讨了海关特殊监管区存在的税收问题，认为相关职能部门应统一保税监管区域的入区退税政策与内销征（补）税政策，明确区内企业获得增值税专用发票的合理途径，改革与完善区内物流企业的税收政策以及采取出口退税等政策，促进保税监管区域的良性发展。[178]张玉芹（2012）针对中国海关特殊监管区域的发展现状和功能定位，研制了一套科学合理的海关特殊监管区域评价指标体系，并对上海、深圳和苏州等地主要海关特殊监管区域进行调研，进一步完善了该海关特殊监管区域的评价指标体系，对保证海关特殊监管区域健康有序发展、节约土地资源和管理资源、切实提高经济效益、有效降低海关监管风险、科学全面反映特殊监管区域的发展成果等方面具有重大意义，为政府相关部门对海关特殊监管区域加强公共管理提供了重要的参考依据。[179]余心玎等（2016）认为，部分或全面取消中间品进口关税，有助于推动一国在全球价值链中的融入并提升其贸易竞争力。而中国设立的包括保税区、出口加工区和保税物流园区等在内的海关特殊监管区正是这一作用的体现。[180]翟东堂等（2018）从贸易便利化角度切入，总结出我国保税物流监管存在法律法规不完善、监管体制和机制不佳、自由贸易试验区监管创新制度目标推进实效低于预期等问题，并建议从健全保税物流监管法律体系、优化调整保税物流监管运行机制和推动自由贸易试验区保税物流监管创新制度改革等方面进行改善。[181]
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